一是胡亥的侄子，即秦始皇嫡长子扶苏之子子婴。《秦始皇本纪》立二世兄之子公子婴为秦王。（《六国年表》作高立二世兄子婴），这种说法认为兄子就是兄长的儿子，因为当时扶苏已死，胡亥无子，子婴作为秦始皇的嫡长孙最有资格继承帝位，所以这种说法比较可靠。
二是秦始皇的弟弟。《李斯列传》：高自知天弗与，群臣弗许，乃召始皇弟，授之玺。子婴即位，患之，乃称疾不听事，与宦者韩谈及其子谋杀高。其实，这种说法不攻自破，始皇帝只有一个弟弟，名叫成，他在秦始皇当称皇帝之前就已经死了，其余的两个假兄弟（与赵姬媾和所生之子[私生子]）不到两岁时就被秦始皇摔死了，所以胡亥死时，其余兄弟都已经作古了。
三是秦二世胡亥的哥哥。这一派认为《六国年表》的有关章句：高立二世兄子婴 应该理解为赵高拥立秦二世的兄长子婴为秦王。这种说法更站不住脚，因为秦始皇死时，只有扶苏和胡亥两位公子存活，所以赵高、李斯、胡亥要密谋除长以立幼，只要嫡长子扶苏或者其他比胡亥年长的始皇帝之嫡子活着，胡亥就没有资格即位，胡亥之所以能够继承帝位，之所以名正言顺，那就是因为他就是当时始皇帝存留在世间的唯一的年龄最大的嫡子，由此可知，包括扶苏在内的胡亥的17个哥哥都已经死了。
这几种说法当中，二世/兄之子/子婴 一说较为流行。迄今为止，从东汉班固到近现代，多采用此说。学界中大都支持支持第一说，就连近几年修订出版的《辞海》和《辞源》这两部著名的大辞典，也都一致认为子婴是二世兄之子，并指出是扶苏之子（扶苏之长子）。
也有论者如杨善群、王蘧常等人支持第二说。论点包括：子婴的遭遇、才干及影响力绝非秦二世或同辈所能及。
据《秦始皇本纪》、《李斯列传》记载，胡亥对待自己的兄弟绝不手软，子婴若为胡亥的兄长，为何能存活下来？秦始皇死时年仅50岁，扶苏年龄大约为30岁左右。而《秦始皇本纪》中叙述子婴与其子二人谋杀赵高（与《李斯列传》中所述杀赵高过程不同），其子年龄至少有15-20岁左右，推断子婴年龄当为35-40岁左右，比秦始皇小10-15岁左右，与扶苏年纪大致相当。
在两汉时期的史书《史记》、《汉书》原文及《史记》三家注、颜师古注并无提及子婴为扶苏之子。
尚有学者李开元、马百非等人提出第四说，论点如下：
有关《李斯列传》集解引徐广说一本曰‘召始皇弟子婴，授之玺’中的弟子婴，应理解为弟弟的儿子婴。但秦始皇的弟兄见于文献记载的只有成、母赵姬与所生二子。所以被认为是成的儿子。
《释名释长幼》：人始生曰婴。婴之名，有初生儿，年幼儿的含义。
据有关史料推测，成大约出生于前256年，子婴大约出生于前240年。成于前239年降赵时，其子此时约为2岁左右，并且可能留在秦国。因与胡亥同辈且年龄较大，所以《六国年表》高立二世兄子婴中的二世兄应理解为秦二世的从兄。与胡亥无皇位争夺的利害关系，所以不在二世所欲清除的兄弟姐妹中，反而能站出来劝谏二世不要滥施诛杀。
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