建文元年燕王反叛之初，建文帝以及方孝孺等人，并没有将朱棣放在眼里。以为燕王一隅之兵，要翻天是件天大的难事。善良又有点迂腐的建文帝朱允甚至还给手下授了了一道奇特的口谕，不准任何人伤害他的叔叔朱棣，以免让他担上杀叔罪名。
正是这道口谕，燕王朱棣在四年的靖难之役中，才敢于亲冒矢石，在两军阵前纵横驰骋而毫发不损。联想到建文初年，徐达之子徐辉祖曾力劝建文帝扣压朱棣之子，建文帝十分犹豫，居然没有同意，结果放虎归山，让朱棣可以无所顾忌了。二是方孝孺向建文帝推荐了平叛的统帅，他的好友、李文忠之子李景隆。正是这个浑蛋，既打了败仗，又打开金川门迎贼。在此之前，已有人对建文帝说李景隆有异志，但帝雅信孝孺，遂不复疑，坐成开门之变，盖不免于误国云（明姜清《姜氏秘史》）。等到最终方孝孺如梦初醒，强烈要求建文帝杀李景隆时，一切都为时已晚了。三是朱棣军渡过长江，南京危在旦夕之时，方孝孺又支了一个最臭的招儿。其时，帝忧惧，或劝帝他幸，图兴复。孝孺立请守京城以待援兵，即事不济，当死社稷。
眼看南京不保，有人劝说建文帝暂避，毕竟，大半个中国，仍在建文帝控制之下。好汉也不吃眼着亏嘛。可是方孝孺力主守城，以待援兵。他甚至说：即事不济，当死社稷，居然要让皇帝以死酬志，可见迂腐之极。结果是陈碹以战舰降燕，李景隆打开了城门，建文帝也在一场大火之后不知所终了。
靖难之役简介
明太祖朱元璋把儿孙分封到各地做藩王，藩王势力日益膨胀。因太子朱标早死，皇太孙朱允继位，年号建文，是为建文帝。建文帝与亲信大臣齐泰，黄子澄等采取一系列削藩措施，决定先削那些力量较小的藩王，于是首先袭执周王朱，把他废为庶人，又拘代王朱桂于大同，囚齐王朱于京师，湘王朱柏自焚死。与此同时，也在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。
建文帝以为准备停当了，便秘密下令擒拿朱棣，但是没有成功，再加上削藩措施严重威胁藩王利益，坐镇北平的朱棣于1399年（建文元年），起兵反抗，随后挥师南下，史称靖难之役。
战争持续四年。此时建文帝已无大将可用，只好起用幸存的老将耿炳文统兵北伐，又派李景隆继续讨伐，而建文帝也缺乏谋略，致使主力不断被歼。朱棣以北平（今北京）为基地，适时出击，灵活运用策略，经几次大战消灭官军主力，最后乘胜进军，于1402年（建文四年）攻下帝都应天（今江苏南京）。战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。同年，朱棣即位，就是明成祖。
第二年，改元永乐，改北平为北京。1421年，迁都北京，称北京为京师，南京为留都。