1644年（崇祯十七年）正月，李自成在西安称帝，建国“大顺”，三月十九日清晨，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎接大顺军，李自成由太监王德化引导，从德胜门入，经承天门步入内殿。崇祯帝前往景山自缢，史称甲申之变。李自成下令将朱由检“礼葬”，葬于田贵妃墓中。
京师失陷，天子殉国，明朝宗室及文武大臣多辗转向南。此时大顺国据有淮河以北原明朝故地，张献忠的大西政权据四川一带，大清据有山海关外的现今东北地区，且控制蒙古诸部。
李自成攻占北京和崇祯皇帝的自尽，标志大明王朝的覆灭。但淮河、长江以南的广大地区仍然是明朝政府的属地，而且尚有五十万大军。
陪都南京，作为明朝发祥地，有现成的一套朝廷大臣及其健全的机构，所以很快就形成了南明政府的政治和文化中心。但惟一缺少的就是亟需要找一个皇帝。
最终福王朱由崧在卢九德的帮助下，获得了高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清以及凤阳总督马士英的支持，成为最终胜利者。五月初三，朱由崧监国于南京，五月十五日即皇帝位，改次年为弘光元年，意思是弘扬光大，重振明室，再度中兴。
南明时代开始。
朱由崧是明神宗朱翊钧的皇孙、福王朱常洵的长子。朱翊钧当年本来一心想由朱常洵来继承他的皇位，但终因拗不过李太后的懿旨，最后还是由长子朱常洛来接他的班。这样一来，朱常洵就只有带着他的儿子朱由崧去封地当王爷了。虽然他父子曾几番作乱，但都被继位的朱常洛一一击败了，只好俯首称臣。
李自成攻破洛阳，老福王朱常洵被乱军俘杀，他的儿子朱由菘跑得快，这才侥幸逃离险境，开始了他颠沛流离的生活，他本来压根儿就没想过，自己会当上皇帝，但哪知时来运转，阴差阳错地又被人推上了皇帝的宝座。
不久，吴三桂降清，引清军入关击溃大顺军队，李自成先后丢失北京和西安，退往湖北。
1645年（弘光元年）三月，多尔衮将军事重心东移，命多铎移师南征。
从当时来看，西自长江武昌以南，东迄黄河下游一带，半壁锦绣河山，都在南明的掌控之中。且尚有五十万军队，且物产丰富，有充足的资源，物力财赋也超过了清军刚入关时的实力，也远胜于当年南宋的状况。又有文臣武将和忠于太明的子民，应该说中兴不是没有可能的。当年南宋尚能偏安百年，何况今日堂堂大明。
新朝初建，重建军事力量是迫在眉睫的事：招收溃兵、流寇及定策之兵等基础上，开始军事重建之路，最终形成几支较强大的支撑本政权的军事力量存在。
从来守江南者必於江北，当酌地利设四藩：以淮、扬、庐、泗自守，而以凤、徐、滁、六为进取之基；督师史可法驻扬州，居中调遣。
这种地缘和财赋的优势，迫使多尔衮曾一度想实行“南北分治”。
可见，弘光政权完全是可以大有作为的。然而，偏偏朱由崧十分昏庸腐朽，只知吃喝玩乐，整日沉湎于酒色之中，不理朝政，再加上一大帮只顾内耗和争权夺利的臣工，所以南明在一瞬之间改变了方向。
朱由崧即位后，下令选淑女入宫，派宦官于南京城中四出搜巷，凡是有女之家，必以黄纸贴额，持之而去，南京城中骚动。朱由崧又下令修西宫西一路为慈禧殿，以安置继母邹太后。当年八月邹太后自河南至南京，八月十四日谕户、兵、工三部“太后光临，限三日内搜括万金，以备赏赐”。
弘光皇帝为了及时行乐，加倍地贪淫好色玩女人，光靠自身的能量是不足以应付这种超常的消耗的，必须借助于春药。
朱由崧对选送到宫里的美女，他专挑年幼的陪他玩，据史料记载，有一天晚上，他豪饮大醉后，将两名幼女肆意蹂躏，活活将他们折磨死了。
事实上，马士英、阮大铖等以拥戴有功，把持朝政，起用阉党余孽，贪赃枉法，与高弘图等东林余党针锋相对，及史可法、左良玉、钱谦益等文臣武将们，也忙于党祸内讧之争。
清顺治二年正月，兴平伯高杰被暗降清军的河南总兵许定国诱杀，巡抚越其杰、参政袁枢和巡按陈潜夫只身返金陵。清军迅速南下，连续破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。
大清豫亲王多铎指挥军队血洗扬州十日、嘉定三屠。
直到镇江失守后，朱由菘才慌忙朝芜湖方向逃窜，但不久，即被已降清的田雄等人活捉，当即被押回南京。围观的市民，都指着他唾骂不止，恨不得一口吃了他。
不久，朱由菘被解送到北京。多尔衮听说朱由崧被押到北京来了，有人问他见与不见。多尔衮说，：“这种东西，还是不见为好。”然后挥手说，“杀了他。”
至此，才一年的南明弘光政权灭亡了。