史料来源及可信度
清朝官修史书：《明史》作为清朝官修史书，有观点认为其对张献忠屠川的记载存在故意抹黑的嫌疑。清朝为了证明自身统治的合法性，可能会夸大张献忠的残暴行为，将其塑造成一个嗜杀的屠夫形象，以凸显清朝入关是为了拯救百姓。
传教士记载：法国传教士古洛东编著的《圣教入川记》是张献忠屠川的重要 “证据” 之一。但该书的来历可疑，学界对古洛东所说的得到利类思和安文思手抄本一事一直持怀疑态度，且该书存在大量叙事矛盾，有学者认为古洛东可能是根据中国民间传说重新编写了张献忠杀人故事。
屠杀规模
《明史》记载张献忠在四川共计杀害了百姓约六亿人，这一数据明显与当时中国的人口总数不符，严重夸大。一些私人史书如《见闻随笔》所记载的杀人数目动辄上千万，也显然不是真实数字。学界普遍认为这些数据来源是大西政权所记各军所杀人数，而军队又普遍虚报以贪军功，导致所载数据完全不具可信度 。
屠杀性质
镇压与滥杀之争：部分学者认为张献忠的行为是对四川当地反抗势力的镇压，而非无差别滥杀。在当时的历史背景下，四川各地存在着明朝残余势力、地主武装等对大西政权的强烈反抗，张献忠为了巩固统治采取了一些强硬措施。
替罪羊之说：有观点认为张献忠屠川存在被清朝统治者和一些文人夸大的情况，清军在入川后也进行了大规模的屠杀和镇压，但清朝为了掩盖自己的罪行，将大部分屠杀行为都归咎于张献忠。
实物证据
七杀碑传说：相传张献忠曾在四川立碑，上书 “天生万物以养人，人无一善以报天，杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀”，但根据 1934 年四川广汉发现的石碑原件，真正的碑文应当是 “天生万物与人，人无一物与天；鬼神明明，自思自量”。这使得部分学者认为清政府所修《明史》以及一些私人史书对张献忠存在污名化的情况 。