对于杨文干事件，正史（具体而言，就是《旧唐书》和《新唐书》）当中是这样描述的：太子李建成屡次谋害秦王李世民不成，气急败坏的他终于决定铤而走险。武德七年六月，他趁李渊带着世民和元吉去仁智宫避暑的机会，勾结自己的死党庆州都督杨文干，让杨文干为自己招募骁勇，阴谋发动政变。结果，负责送盔甲给杨文干的尔朱焕和桥公山在极端的恐惧之下，主动向李渊报告了这件事情。又气又怕的李渊赶忙召李建成觐见，阴谋败露的李建成只得前来认错。与此同时，李渊也派遣使者宇文颖下诏给杨文干，召其觐见。杨文干见事情败露，便发动了蓄谋已久的兵变。为了平息暴乱，李渊允诺，只要李世民平息了叛乱，未来的太子之位就是他的。后来，杨文干兵败被杀。可是，在太子党徒的蒙蔽之下，昏聩的李渊又一次忽悠了李世民，宽宥了胆大妄为的李建成。
但是，通过深入研读和分析大量史料之后，此次事件疑点甚多：首先，如果李建成确系谋反，那他为什么非要跑到李渊那里去认罪呢。是的，如果他真的谋反，眼见事情已经败露，与其甘为鱼肉，为何不放手一搏，索性发动政变，拼上一拼呢，说不定还会拼出个柳暗花明新天地呢！其次，李建成让杨文干为自己招募骁勇充当卫士和送杨文干盔甲这两件事情并不足以成为他谋反的证据。李建成是太子，他有权力选拔一些素质优良的人来充当卫士。况且，当时的法律并不禁止太子做这件事情。别说太子了，任何一个王爷（包括秦王李世民）都可以这么做。李建成送杨文干盔甲，那很有可能是为了表达自己对当年老部下的关怀以及对杨文干为己招募骁勇的感谢之意。更何况，他仅仅送了一副盔甲（如果是一万副，那事情的性质肯定就变了）给杨文干。再说了，李建成为什么不写一封密函，白纸黑字难道不会比盔甲的暗喻更加明显嘛，犯得着让大老粗杨文干抓耳挠腮地去费力猜测吗？
再次，如果真如正史所言，李建成主动承认了谋反的事情，那么李渊为什么还要召杨文干觐见呢？杨文干已经谋反了，你召他，他会来吗？这样做不是摆明了脱裤子放屁――多此一举吗？唯一合理的解释是：李渊觉得事件本身有蹊跷，所以他要召见杨文干前来对质，澄清疑点。又次，7月21日杨文干正式发动叛乱，仅仅过了4天，到了25日，他就兵败身死了。如果真是蓄谋已久的叛乱，怎么会出现士兵纷纷溃散、仅仅维持了四天就失败的结果呢？可能的合理的解释是这样的：杨文干的反叛是临时决定，仓促之间他既没有做好士兵的思想动员，也没有在军事上做任何有力的准备，所以很快就遭到了失败。最后，如果说是李建成谋害李世民，那么李世民就完全没有过错，而且他不仅没有过错，还在平叛的过程中立下了大功。如果真是这样，那么对李世民和秦王党理应加以封赏。可是，在事件最后的处理当中，秦王党的杜淹和太子党的王均遭流放。可以说，李渊对秦王党和太子党各打了五十大板，这又是为什么？
透过以上五处疑点，得出了一个惊天骇地的结论：“杨文干事件”实际上是李世民为了扳倒太子而精心策划的一个大阴谋。整个事情的经过实际上是这样的：就在太子党不断寻衅对付秦王党的同时，秦王党也策划了一次精妙的反攻。武德七年六月，滚滚热浪席卷了整个长安城。最近的这几年，两个儿子之间的争斗已经让李渊很难受了，偏偏老天爷又来凑热闹。心情烦躁的李渊决定外出散散心，去仁智宫（在今陕西耀县）避暑。避暑归避暑，儿子们之间的争斗不能不管，所以他决定留下太子建成监国，自己带着世民和元吉。把他们几个分开，这样他们就不能掐架了。
事实证明，这是李渊一厢情愿的想法。就在他自以为得计的时候，他的宝贝二儿子正精心地编织着一张天罗地网。据东宫线人的报告，最近太子李建成和庆州都督杨文干书信来往甚秘。太子让杨文干从庆州为自己挑选一些素质较高、体能较好的骁勇做东宫的卫士。而且，太子还打算让自己的部下郎将尔朱焕和校尉桥公山送一副精致的盔甲给杨文干。李世民顿时感到这是个扳倒太子一党的绝佳契机。他收买了尔朱焕和桥公山。尔朱焕和桥公山到了幽州，就改道直奔仁智宫，在李渊的面前狠狠地告了李建成一状。让太子党的人去告太子本人，这样李渊就不会怀疑到自己的身上。这招借刀杀人，委实是厉害得很呢。果不其然，李渊起初并没有看出什么破绽。
尔朱焕和桥公山向李渊告状的消息很快就传到了李建成的耳中。李建成当时就慌了，因为他根本就没有政变的意思和举动。尔朱焕和桥公山摆明了是被李世民收买了。他不知道该怎么办了。正在他慌张犹豫的工夫，李渊的诏书到了。李渊在诏书中只字未提，只是以另外一个借口，召李建成到仁智宫见驾。接到了这个诏书，李建成更慌了。父亲明明知道这件事情，可他偏偏找了另外一个理由召自己。这说明什么，这说明李渊确实怀疑自己。李渊当然会怀疑李建成。事实上，他下这道诏书正是在考验李建成。他也知道，尔朱焕和桥公山向自己告密的消息肯定会通过李元吉很快地传递到李建成的耳中。他之所以这样做，是为了试探李建成。以他对建成的了解，他不相信建成会发动政变。但事情毕竟是发生了，虽然不可全信，但是确实是不得不防。
所以，他决定试探一下。如果李建成不来，那就说明他心里确实有鬼，确定谋反无疑。如果，他来，那就说明事情本身可能还有蹊跷。李建成同样面临着两难的抉择：去吧，万一父亲不听自己的解释，那就是一个死;不去吧，自己就真的坐实了谋反之名，也是一死。害怕，十分害怕。他问计于自己的幕僚。太子舍人徐师谟劝他占据京城，发兵起事;詹事主簿赵弘智劝他免去太子的车驾章服，屏除随从人员，到高祖那里去承认罪责。经过一番痛苦的思想斗争，李建成最终选择去见李渊。武德七年六月廿四壬戌日（624年7月14日），建成决定前往仁智宫。他知道自己去了或许还有一线生机，不去就死定了，因为他了解他的父亲。
李建成来了。还没有走完六十里的路程，建成便将所属官员，全部留在北魏毛鸿宾遗留下来的堡栅中，带领十多个人骑马前去觐见高祖。果然不出李渊的意料，李建成承认的是错误，而不是罪责。他百般解释，长跪不起，甚至身体猛然用力，自己摔了出去，几乎晕死过去。在这一瞬间，李渊当然怀疑，他不仅怀疑李建成，也怀疑李世民。事关自己的安危，在那一瞬间，他谁也没相信。眼见李建成请辞恳切，李渊确实动了恻隐之心。但是，他还是不敢全信，万一李建成说谎蒙骗自己怎么办？李渊仍然怒气不解，叫人把他看押起来，当天夜里，高祖将他囚禁在帐篷里，给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他。