崇德元年（1636年）被清朝封为怀顺王，隶汉军正黄旗；顺治元年（1644年）随清兵入关后，镇压农民起义军；顺治六年（1649年）改封靖南王，与吴三桂、尚可喜合称清初三藩，不久因为私藏逃人，畏罪自缢于进军广东途中的江西吉安。
人物生平
早年从军
耿仲明是清初的三藩之一，出生年不详。 早年就投降了后金，担任千总。 后率辽民投奔皮岛，追随明朝总兵毛文龙。 耿仲明深得毛文龙重用，被倚为心腹，收为养孙，赐名有杰，累至参将，并掌管军中财务。 耿仲明身材高大，面色黝黑，手掌却洁白如玉，他不仅骁勇善战，在毛文龙军中还以狡猾多智闻名。
崇祯二年（1629年）毛文龙死于袁崇焕之手后，耿仲明不服陈继盛管辖，投奔孙元化，随他去了山东登州，耿仲明都与孔有德在一起做事，孙元化以耿仲明为中军参将。 当时明朝总兵黄龙镇守皮岛，他有一个部将李梅，是耿仲明的党羽，私自通洋。事情被揭发，黄龙将他打入大牢。耿仲明的弟弟都司耿仲裕在黄龙的军队里，于崇祯四年（1631年）十月底率领所部军队以索要军饷为名，包围了黄龙的衙门，把黄龙押到演武场，将其腿打断并且割去耳鼻，并要杀掉他，因诸将劝阻而未遂。不久后，黄龙在尚可喜的帮助下恢复权力，捉到并杀了耿仲裕，并上疏请加罪于耿仲明；孙元化则弹劾黄龙贪污军饷导致发生兵变。崇祯帝派人查核耿仲明主使之状。 杨嗣昌后来表示此事实为抚（孙元化）、镇（黄龙）之间的利益冲突。
作乱登州
崇祯四年（1631年）闰十一月，孔有德等出兵抵御后金，途中发动吴桥兵变，率领军队回到山东攻打登州。孔有德初欲求抚，孙元化主抚，命耿仲明去城外教场负责安抚，他们打算将城外教场居住的辽兵家眷移入城内，以便步兵居住，但登州士绅出于对辽人的歧视，拒绝辽人入城，据说还搜戮城中辽兵。于是耿仲明就纠集了很多辽东的同乡作为孔有德的内应，于翌年正月初三献城。孔有德攻陷了登州之后，推举孔有德为元帅，孔有德接受了耿仲明等人的部署设置，称总兵官。 同时耿仲明还杀死了登州城中的黄龙家眷。
此后孔有德等率军攻打莱州，留耿仲明守护登州，耿仲明多次挫败官军进攻。天津的裨将孙应龙向别人自夸与耿仲明关系友善如同兄弟，能够让他捉拿孔有德来投降，天津巡抚郑宗周信以为真，于崇祯五年（1632年）四月派遣他率领二千人从海上前往离间耿、孔。耿仲明将计就计，假装有了孔有德的首级，等到水城的城门开了之后，孙应龙进入城里，耿仲明率军杀出斩杀了孙应龙，围歼了他的部众，得到了明军的大型战船，并且组成了水师。
降金封王
明朝的官军越发急迫的攻打登州，叛军不支，崇祯六年（1633年）二月，孔有德、耿仲明等弃城逃海上，黄龙、周文郁等率各路官军穷追不舍。耿仲明因为是后金逃将，起初不欲降金，而是“请修筑南关、复金州自赎” ，但因为他和黄龙结怨太深，所以求抚失败，唯有投奔后金一途。四月，孔有德和耿仲明等渡海来到辽东，归降后金，后金大汗皇太极亲率诸贝勒出盛京10里迎接，并给予女真人最隆重的“抱见礼”，对待他们非常优厚，授予耿仲明总兵官的职务，并且称呼他们带来的军队为“天佑兵”。 投降后金之后，耿仲明侵夺孔有德的部众，于是他的部众向孔有德诉说。于是孔有德弹劾耿仲明，耿仲明于是引咎，上书请求将自己侵夺孔有德的那些部众归还孔有德。皇太极下诏嘉奖孔有德，并且下令孔有德好好安抚耿仲明；也下令耿仲明善待安抚自己的部下，不要贪念以前的恶习。当日皇太极就召他们入宫并赐宴。过了不久，皇太极又派人赐羊酒，并且下诏说：“我听说诸位汉官和你们一起在教场竞技射击，所以今天设宴款待你们，是想让你们为国家效力。你们距离自己的家乡远，可以借这次赐宴作为教场竞技射击的答谢。”不久皇太极就让耿仲明和孔有德一起驻守辽阳。
崇德七年（1642年）八月，皇太极将汉军（乌真超哈）分为八旗，耿仲明隶属于正黄旗。九月，耿仲明所部的甲喇额真石明雄弹劾耿仲明私自藏匿松山、杏山的人户；有逃人被依法处决，耿仲明为其收尸并且设置祭祀；接着他的部众又出现妄杀无辜的现象，情况被查实之后，耿仲明被罚白金千两。
征战南方
顺治三年（1646年），孔有德为平南大将军，率领大军南征南明永历政权，耿仲明、尚可喜率领部众跟从孔有德南下。顺治四年（1647年），耿仲明与明将杨国栋在牛皮滩大战，耿仲明大破杨国栋的军队；接连攻克衡州、祁阳、武冈等郡县；擒获了明将郭肇基。 耿仲明等占领湖南后，乘胜进攻广西，却在全州遭到南明何腾蛟、瞿式耜等人的迎头痛击，耿仲明退守永州。 顺治五年（1648年），因全州守将唐文曜、王有成投降耿仲明，清军进占全州，与孔有德、尚可喜合军直扑桂林，又被南明击退。不久后，清廷命孔有德、耿仲明和尚可喜班师回京。
顺治六年（1649年），耿仲明改封为靖南王，并赐给他金册金印。
自缢身死
耿仲明自从归降了清朝之后，多次跟从外出征战，这些出征都和孔有德在一起，从未独自出征的时候。顺治六年（1649年）开始耿仲明与孔有德分道出兵。孔有德南下攻打广西，耿仲明与尚可喜征讨广东。耿仲明率领原有的兵马二千五百人、新增兵七千五百人，合为一万人，以徐得功为左翼总兵，连得成为右翼总兵。就在耿仲明打算大显身手、整军出发的时候，刑部上奏耿仲明的部下梅勒章京陈绍宗等放纵自己的部下私自藏匿逃人，触犯了逃人法，论罪应该被杀。 摄政王多尔衮于是询问耿仲明，稽查私自藏匿逃人的随征将士。耿仲明查到了三百余人，所以上书请罪，大臣们商议耿仲明应该被削去爵位，清廷说应该宽大处理，绍宗等人也免于死罪。然而，在顺治六年（1649年）十一月，来不及知道清廷宽大之命的耿仲明走到江西吉安的时候自缢而死。 另有说法是总督张存仁受清廷密令，设计逼耿仲明自杀。 耿仲明死后，多尔衮说他不是令终，不予赐祭，亦不允袭爵，到顺治帝亲政后才让其子耿继茂承袭爵位。
主要成就
崇德元年（1636年），皇太极出师讨伐明朝，讨伐李氏朝鲜，耿仲明都跟从皇太极。顺治元年（1644年），耿仲明跟从睿亲王多尔衮入关，又跟从豫亲王多铎进入陕西征讨李自成，不久又率领大军平定江南。顺治三年（1646年），耿仲明跟从孔有德南征，与明将杨国栋在牛皮滩大战；连克衡州、祁阳、武冈等郡县；擒获了明将郭肇基。顺治六年（1649年），耿仲明又与尚可喜征广东。
家族成员
兄弟
• 弟弟：耿仲裕
儿子
• 耿继茂，顺治初授世职昂邦章京。仲明死，继茂在军中，代领其众，请袭爵，睿亲王方摄政，持不可。继茂从可喜俱南，定广东诸郡县。八年，世祖亲政，继茂嗣为王。
• 耿精忠（和硕额驸）
• 耿昭忠（多罗额驸）
• 耿聚忠（和硕额驸）
人物评价
《清史稿》：有德、仲明，毛文龙部曲；可喜，东江偏将；志祥又文龙部曲之馀也。文龙不死，诸人者非明边将之良欤？大寿大凌河既败，锦州复守，相持至十年。明兵能力援，残疆可尽守也。太宗抚有德等，恩纪周至，终收绩效。其于大寿，不惟不加罪，并谓其“能久守者，读书明理之效”。推诚以得人，节善以励众，其诸为兴王之度也欤！
史书记载
《清史稿·卷二百三十四·列传二十一》
陵寝墓地
耿仲明墓在辽阳的梅家花园，这一观点的产生，是源于民国时期的两份地方史料，即《辽阳古迹遗闻》和《辽阳县志》的相关记载。
• 辽阳观点
1、民国十五年（1926年）编辑的《辽阳古迹遗闻》载：“耿仲明为明总兵官，子继茂袭爵，葬仲明于辽阳城东南梅家花园村南。至今碑碣无存，坟墓湮没，无迹可考矣”。
• 盖州观点
2、清·钱仪吉辑《碑传集》收录的徐乾学撰《额驸将军勤僖耿公昭忠墓志铭》的记载是：“……方公之颂系也，以两先王兆域在闽，虑底定之日，或不能无侵越之者；疏乞垂恤旧勋，保全返葬。上怜而许之。至是，始得奉两世遗骸，归窀穸于盖平。”
3、民国九年（1920年）纂修《盖平县乡土志·古墓》的记载是：“耿仲明墓，在城东连阴峪，所谓清初耿怀王坟是也。现尚有石人、石马在焉。”
4、民国九年（1920年）纂修《盖平县乡土志·名宦录》载：“迄今邑东怀王坟前石人、石马，欹侧于荒烟蔓草间，尚有可考。”