历史上的康熙皇帝在其61年的在位时间里，经历了许多场影响深远的战争，包括平定"三藩之乱"、打败郑氏集团收复台湾、组织两次"雅克萨自卫反击战"抗击沙俄侵略者等。
在这几场战争中，康熙皇帝都是坐镇北京指挥，并没有亲临前线，可唯独在面对蒙古准噶尔部首领噶尔丹的时候，康熙一连三次都是御驾亲征，直至将其彻底消灭。
而康熙之所以要亲自率兵征讨噶尔丹，并不是为了要昭示自己的英明与勇武，在他看来，噶尔丹的"身份"太过于特殊，并且是他本人以及整个大清王朝最为危险、也最为强大的敌人，这也就迫使康熙不得不在每一次面对噶尔丹的时候选择御驾亲征。
噶尔丹，其原本就是藏传佛教的活佛，并凭借此身份迅速实现崛起与扩张。
其实早在噶尔丹出生之前，就已经建立了与藏传佛教的深厚缘分。
噶尔丹的父亲巴图尔珲台吉在很早的时候便与三世温萨活佛所结识。在当时，三世温萨活佛不仅是藏传佛教格鲁派公认的高僧，更是四世班禅额尔德尼的老师，在所有藏传佛教信众中享有极高的声望。
崇德八年（1643年），知道自己命不久矣的三世温萨活佛对巴图尔珲台吉的妻子、即噶尔丹生母玉姆夫人说，她生下的孩子便是自己的转世，将袭承温萨活佛世系。不久之后，三世温萨活佛圆寂。
果然，在第二年、也就是顺治元年（1644年）的时候，噶尔丹出生，而他也顺理成章的成为了四世温萨活佛，并且在其幼年的时候就以极为隆重的仪式被迎请到了西藏，开启了活佛生涯。
顺治十二年（1656年），12岁的噶尔丹正式前往日喀则札什伦布寺师从四世班禅额尔德尼，开始学习藏传佛教教义。6年之后的康熙元年（1662年），四世班禅额尔德尼圆寂，噶尔丹转到拉萨，拜五世达赖喇嘛为师，继续学习了4年藏传佛。在这期间除了接受五世达赖喇嘛的培养和教育外，噶尔丹还同日后的西藏地区的实际领导者、第巴桑结嘉措结为了挚友。
康熙五年（1666年），噶尔丹正式向五世达赖喇嘛告别，结束了西藏的求学生涯，回到了自己所在的蒙古准噶尔部开始传播佛法，噶尔丹在蒙古诸部也就此开始建立自己的影响力。
然而噶尔丹的哥哥僧格在康熙九年（1670年）遭到暗杀，使得噶尔丹也迎来了自己人生的转折点。
僧格死后，整个蒙古准噶尔部也随即陷入到了巨大的混乱之中，曾经的部众纷纷反叛，准备投靠其他蒙古部落。而这个时候的噶尔丹率领身边仅有的二十名护卫，直接追上了反叛部队，并带头冲锋，杀向敌阵。结果当这些反叛的军队见到是四世温萨活佛冲来时，没有举刀反抗，相反，全部都跪倒在地上向噶尔丹投降。
在这之后，噶尔丹便利用这样的方式，将已然是一盘散沙的准噶尔部落重新统一了起来，并就此成为部落首领，而这一切都要归功于噶尔丹藏传佛教活佛的身份。
康熙十一年（1672年），噶尔丹放弃了活佛的神职，正式还俗，同时也开始了对外的征战与扩张。
康熙十五年（1676年），噶尔丹在达赖喇嘛的支持下，打败了和硕特部首领鄂齐尔图汗，确立了准噶尔在漠西蒙古四部的领导地位，就此建立准噶尔汗国。之后，在康熙十七年（1678年），噶尔丹挥师南疆，横扫由维吾尔人建立的叶尔羌汗国，统一了整个新疆地区。
在此之后，噶尔丹又不断利用自己在藏传佛教中的影响力，频繁插手漠北喀尔喀蒙古诸部之间的事务，并且在他的挑唆下，札萨克图汗与土谢图汗开始兵戎相向。而噶尔丹则趁机在康熙二十七年（1688年）的时候，突然率兵越过杭爱山，直接攻打土谢图汗，进而降服了整个漠北蒙古，不愿臣服于噶尔丹的漠北蒙古部众也都南逃到了长城以南的地区。
至此，噶尔丹和他的准噶尔汗国达到了势力的最高峰。
面对噶尔丹，康熙必须选择要御驾亲征。
噶尔丹所在准噶尔部属于漠西蒙古，也称卫拉特蒙古，而"卫拉特"，实际上就是"瓦剌"的谐音，当年正是瓦剌首领也先制造了"土木堡之变"，俘虏了明英宗，并率兵围攻北京城，险些将让明朝就此灭亡。
而作为也先的后人，噶尔丹一直以来也有着重现先祖荣光，重新统一蒙古诸部，并不断南下扩张的愿望。为此，还他曾"大言不惭"的向康熙皇帝写信说"圣上君南，我掌北方"，计划与康熙以长城为界，分庭而治。
而在此之前，康熙皇帝先后经历了"平三藩"、"收台湾"以及两次"雅克萨自卫反击战"，确实无暇顾及噶尔丹。等到康熙真正意识到噶尔丹和他的准噶尔汗国的危险的时候，已经处在了生死存亡的边缘，在这样的危急局面下，他也只能选择御驾亲征，直面噶尔丹。
首先，就是噶尔丹那令人忌惮的"活佛"身份。
虽然噶尔丹已经不再担任神职，但其影响力依旧存在，并且满洲人和蒙古人都是信奉藏传格鲁派，在面对噶尔丹时，必然有所顾忌，甚至会选择"放下屠刀、立地成佛"。
所以，康熙御驾亲征，很大程度上是要用自己"天子"的身份，来消弭噶尔丹作为"活佛"的影响力，从而形成震慑效果，以激励士气，确保战争的胜利。
其次，噶尔丹的实力太强大了，他是康熙一生之中所面对过的最强大也是最危险的对手。
当时的康熙统治下的大清王朝，实际控制的领土只有明朝时期的"两京一十三省"以及关外的东北和内蒙地区，总面积也就是700多万平方公里。而噶尔丹控制的区域，包括了今天的新疆、外蒙古全境以及部分中亚地区，再加上这个时候实际控制西藏、青海以及四川、甘肃部分地区的第巴桑结嘉措选择支持噶尔丹，使得噶尔丹坐拥的势力范围也达到了近700多万平方公里，可以说是与康熙"平分天下"。
与此同时，尽管已经与清政府签订了《尼布楚条约》，但沙俄仍妄图进行侵略和扩张，于是在暗中给予了噶尔丹重要支持，包括提供了大量的钱粮、火器，特别是这些先进的火炮以及滑膛枪，极大的提升了准噶尔军队的战斗力，在之后的战争中给予了清军以重创，使之付出了极为惨重的代价。
再次，就是康熙二十八年（1689年）的"乌尔会河之战"惨败，给了康熙以极大的震撼。
噶尔丹亲率两万多人的精锐骑兵部队长驱直入，清朝大将阿尔尼率两万清军主力前往迎战阻击，双方在乌尔会河展开激战，结果是噶尔丹大获全胜，几乎是将阿尔尼的部队打了个全军覆没。
在这一战中，准噶尔军队的勇猛，再加上沙俄暗中提供的武器装备极为先进且威力巨大，这些都是康熙皇帝所始料未及的。
更为致命的是，经此之后，噶尔丹的先锋部队已经抵达了乌兰布通地区（今内蒙古自治区赤峰市克什克腾旗西南部），距离北京不足千里，已然威胁到了北京的安全，这不得不让康熙感到巨大的危机。
于是，在康熙二十九年（1690年），康熙皇帝急忙调集五万军队，兵分两路，一路是由抚远大将军、裕亲王福全统领的三万大军，出古北口，一路是由安北大将军、恭亲王常宁统领的两万大军，出喜峰口，两路大军齐头并进，企图对噶尔丹形成夹击之势。同时，康熙又调盛京与吉林将军麾下一万主力部队，从东向西，协同两路大军战斗。
而康熙在两路主力出发后，殿后随行，这便是他第一次御驾亲征噶尔丹。
三次御驾亲征，康熙终于彻底消灭了噶尔丹。
康熙二十九年（1690年），决定大清王朝与准噶尔汗国之间生死命运的"乌兰布通之战"打响。
噶尔丹摆出"驼城防线"，利于火器进行阵地防守，清军也在康熙"集中火力，攻其一点"的策略下发起冲锋。最终清军取得了战争的最终胜利，但也付出极为惨重的代价，康熙皇帝的亲大舅佟国纲战死，将领、士兵也是伤亡过半。
然而，由于福全的"失误"，使得噶尔丹率残部趁夜色逃走，康熙想要就此彻底消灭噶尔丹的希望落空。
此后经过六年的准备，康熙皇帝决定先发制人，在康熙三十五年（1696年）的时候，亲率三路大军主动出击奔向噶尔丹而来，康熙本人更是坐镇中路直接指挥大军，与噶尔丹正面交锋。最终的结果是康熙大获全胜，噶尔丹仅率数十人逃离，从此再也无法东山再起了。
一年之后，也就是康熙三十六年（1697年），当康熙皇帝得知噶尔丹逃窜到了宁夏地区后，随即再一次带兵亲征，渡过黄河，直扑噶尔丹而来。这个时候的噶尔丹已经是众叛亲离，在绝望中，噶尔丹选择了服毒自尽，结束了其颇具传奇色彩的一生。
至此，康熙皇帝算是彻底消灭了他一生中最为强大的对手和敌人噶尔丹。
康熙皇帝连续三次御驾亲征，极大的激励了士气，同时，大清王朝在整体国力上，确实也要比噶尔丹的准噶尔汗国强盛许多，这些都是康熙能够最终战胜噶尔丹的重要因素。
而实际上，噶尔丹之所以会短短几年之内迅速败亡，还有两个因素是不能忽视的。
其一，是噶尔丹对于自己侄子策妄阿拉布坦迫害，最终导致了"后院起火"。
由于噶尔丹听信谣言，在没有经过任何调查的情况下，就杀掉了自己哥哥僧格的儿子索诺木阿拉布坦，随后又迫害另外一个侄子策妄阿拉布坦，并抢夺了他的妻子。这最终导致了策妄阿拉布坦以及众多僧格旧部的不满，准噶尔内部就此分裂。
而就在噶尔丹与康熙在乌兰布通决战之前，策妄阿拉布坦率兵一举横扫噶尔丹的在准噶尔地区的"老巢"， "尽收噶尔丹之妻子人民而去"，极大的扰乱并牵制了噶尔丹，成为康熙能够取得"乌兰布通之战"胜利的一个重要原因。
其二，就是噶尔丹对其他蒙古部落的部众进行了残酷压迫，从而招致了巨大的不满。
特别是在"乌兰布通之战"后，噶尔丹退回漠北，对漠北诸部进行了更加残酷的掠夺与压迫，使得噶尔丹尽失漠北民心。而当他败退到宁夏的时候，不仅不再得到蒙古部落的拥护，反而遭遇到了持续不断的抵抗与斗争。而康熙也是在得到噶尔丹压迫的蒙古部落的"揭发"和"带领"下，直扑噶尔丹而来，最终导致了噶尔丹在众叛亲离中自尽而亡。