曹雪芹的死因究竟为何，目前学术界主要有两种不同的说法。
其一，曹雪芹因痛失爱子，悲伤过度而死。曹雪芹好友敦诚在《挽曹雪芹》诗中小注说：“前数月，伊子殇，因感伤成疾。”周汝昌先生考证认为，乾隆二十八年京城爆发天花，曹雪芹幼子染痘，无力就医而夭亡。这一年北京闹天花一事于史有据，敦诚、敦敏一家就被天花夺去五口人的性命。敦诚曾说：“燕中痘疹流疫，小儿殄此者几半城。”同时期的蒋士诠写诗也记道：”三四月交十月间，九门出儿万七千。郊关痘殇莫计数，十家襁褓一二全！“足见这次大疫病的严重。在《挽曹雪芹》第二首诗中敦诚曾说：”三年下第曾怜我，一病无医竟负君。“曹雪芹痛失爱子，哀痛成疾，终于不治。
其二，认为曹雪芹饮酒过度，大醉以至猝死。1979年曹雪芹的遗箧及其手迹被发现，遗箧中包括曹雪芹夫人的诗作，其中有一句”不怨糟糠怨杜康，克伤乩诼重玄羊”。原中国红学会会长冯其庸认为“怨杜康”指的就是曹雪芹因饮酒过多而死，这与敦诚、敦敏等人的诗里多次提到的曹雪芹善饮的情节是一致的。
但是，也有人认为曹雪芹之死当跟性病不无关系。
首先，曹雪芹死于性病之说，在曹雪芹人生的最后一站――北京市海淀区香山一带早有传闻。
据当地不少老人说，按照其祖上口耳相传，曹雪芹不仅是一个大才子，而且还是一个风流人物。其晚年移居香山一带居住之后，尽管生活十分清苦，但积习不改，而不时地沉溺于女色之中，即跟红尘女子多有交往。最终，毙命于性病。这就像清朝同治黄帝，也是被梅毒夺走性命的道理一样。
诚然，目前没有发现权威的文献资料上有此记载，而仅是香山一带的民间说法，但笔者觉得其可信度非常高。
试问：中国古代的失意文人，有多少不是跟青楼女子为伍呢？就像北宋著名词人柳永，不也“游戏青楼，直把群妓当倩娘”吗？而尤其需要指出的，柳永晚年穷愁潦倒，死时一贫如洗，谢玉英和陈师师等一班名妓念他的才学和痴情，凑钱替其安葬。出殡时，东京满城名妓都来了，半城缟素，一片哀声。谢玉英为他披麻戴重孝，两月后因痛思柳永而去世。死后亦无亲族祭奠，每年清明节，歌妓都相约赴其坟地祭扫，并相沿成习，称之“吊柳七”或“吊柳会”，亦称为“群妓合金葬柳七”。
当然，柳永等人如此，同为失意文人的曹雪芹未必就会如此，但就一般逻辑来看，如果不是亲身体验了不少的“婚外情”，那么曹雪芹能写出那么逼真的非正常之“鱼水之欢”吗？何况，在那个年代，像曹雪芹一样的公子哥们，跟青楼女子交欢也是家常便饭。
曹雪芹去世仅仅才200多年，但至今已经无人知道其墓地了。这本身在一定程度上也表明，曹雪芹生前应该在个人道德情操方面是有一定的问题，即其威望并不高。不然，依照常情，香山本地当有不少人会惦记着他，而把他的墓地告诉后人，甚至会去墓地予以追思。而据周汝昌先生在《曹雪芹传》中写道：“二三友朋，赙赠相资，草草殡葬。西山某处，荒坟一角，衰草寒烟，便是这位文学巨人的归宿之地。”这个，事实上可以佐证曹雪芹当时并不是多么地受其乡里乡亲尊重，且社会声望并不高。否则，曹雪芹不大可能被“草草殡葬”。