关于李莲英之死，野史语焉不详，以“病故”，“及死去”言之。1908年10月，慈禧太后去世，据《李氏家谱》载:“百日孝满，出宫养老。”李莲英搬进北京棉花胡同家中，整日吃斋念佛，闭门不出。3年后，李莲英去世。据李家后人之说，李莲英是病死的，病因是痢疾不治，得病后三四天即殁。但是，清史档案和墓志铭，则用了一个“殒”字，模棱两可。直到近几十年，才峰回路转，引出大段公案。
1966年初夏，原北京“六一”学校的赵广智等老师，在革命造反派的监督之下，挖开了原清朝恩济庄太监坟地（恩济庄太监坟地之名为雍正所赐，当年皇帝曾拨银万两修建，据说该坟地所埋太监共有2700余人）中的李莲英墓。令人吃惊的是，李莲英棺椁里只有一颗骷髅头，却不见尸骨。只有头骨而没有尸身的李莲英，不可能是病死的。唯一的原因，他可能死于“他杀”。
李莲英究竟为何人所杀，概括起来有三种说法。一是为革命党人所杀。盖因他在慈禧太后和光绪皇帝的争斗之中，支持太后，而打击帝党。但是，也有学者反对，认为李莲英并没有参与朝廷内的党派之争，他也不可能得罪革命党人。关键之点，他临死之时，早已出宫3年，对于政事没有影响，杀他没任何意义。
二是为江朝宗和小德张所杀。此说法，主要是颜仪民先生的观点。他甚至在文章中，引用了江朝宗儿子提供的“细节”，说时任九门提督的江朝宗请李莲英吃饭，然后派人杀其于北京后海。支持该观点的人认为，江朝宗是袁世凯的亲信，小德张则是李莲英的后任。两个人出于不同的目的杀了李莲英。李莲英曾得罪袁世凯，这是事实，因此袁有可能授意亲信下手;而小德张则为了争夺其遗产之事，而萌生杀人动机。但立即有人反对此说。
有学者考据说，江朝宗宣统二年正在陕西汉中镇总兵任上，直到1912年才回北京担任北洋政府北京卫戍司令。江朝宗远在几千里之外，并不在所谓的“九门提督”任上，怎么可能请李莲英吃饭并设局杀之呢？同时，也有人认为，小德张同李莲英，并没有共过事，两人没有利害冲突，杀人动机不存在。