疑点一
这次刘裕一生中唯一的重大失败，也给后人留下了两个永远争论不休的话题：一、刘裕发起第二次北伐的主要动机何在？二、假如刘穆之不死，刘裕有统一中国的机会吗？
自从崔浩将刘裕比作晋室的曹操开始，到如今涉及此段历史的多数文章，对第一个问题的答案都大同小异：刘裕为了篡位需要提升威望，所以借北伐立威，并无统一天下的雄心。不过，说得人多就代表正确吗？这个答案果然是无懈可击吗？如果我们把眼界放宽一点儿，不要只睁着刘裕一个人的事，用相似的历史作一下对比，那么就可以发现，这种说法其实漏洞很大。
刘裕要取司马家而代之是肯定的，但这和北伐没有必然联系，北伐成功对他建立新朝只是一个有利条件，绝非必要条件。假如刘裕的目的仅仅是一个皇位，那他完全用不着发动这次战争。
在北伐后秦之前，刘裕已经对内平定桓玄与孙恩、卢循之乱，相当于两挽东晋这座危楼于既倒，对外则攻灭了南燕和谯蜀两国，并曾用外交手段就收复十三郡领土。这样的武勋实际上已超过了当年代魏的司马氏祖孙（即使把篡位前司马氏四代老板的战绩加起来，对内也没有可与刘裕相提并论的功勋，平定淮南三叛性质上仅与刘裕摆平刘毅和司马休之差不多，而对外也只灭掉了一个蜀汉）。
再看看刘裕之后，无论是南朝的萧道成、萧衍、陈霸先，或是北朝的高欢、宇文泰、杨坚，论武功均不能望伐秦前的刘裕项背。
如此，我们不难得出这样的推论：既然这么多道行不如他的篡位同行们，都可以顺顺当当地改朝换代，凭什么武功已经凌驾于众人之上的刘裕就还得再灭一个后秦？
另外从刘裕回师后的具体行止，我们也可以看出一二。刘裕东归后，他的常驻地仍是指挥北伐的战时大本营彭城，而并非国都建康。他也没有在其北伐成功，声望最高的义熙十四年称帝，而是又等了两年，那时晋军已在关中失利，刘裕的声望已然受损。这些事实也可以说明两个问题，一、刘裕回来后并没马上把改朝换代当成第一要务;二、他要称帝，其实已不需要更大威望的支持。总之，刘裕回来肯定是要篡位的，但他并不是为了篡位而回来，就像人吃饭是为了活着，但活着并不是为了吃饭一样。
至于说刘裕不想一统天下，就像说某位穷人白手起家，打拼半辈子创立一家公司，目的只是为了当老板，并不想赚钱一样，你信吗？对已经是国家实际元首的刘裕而言，假如能够完成统一，那么最大的受益人，正是刘裕及其子孙，故而仅从利益的角度来说，他也比那些渴望统一的广大人民群众更有扫平列国的动力。
虽然在商战中，每一个神智正常的公司经营者（少数别有用心的诈骗犯除外），都是希望盈利的，但并不妨碍年年都有很多家公司亏损以至破产。这道理也很简单，因为能不能盈利，并不是由公司老板个人的想法甚至能力所决定的，要受到里里外外很多种因素的制约，经营天下者，业务自然更加复杂，但原理与此类似。那么假设上天格外眷顾，让刘裕始终能后顾无忧，放手于北征，他能开创一个统一的王朝吗？
对于这个问题，北魏崔浩也作出了著名的回答：不能。他提出的理由有两条，一是刘裕不能行荆扬之化于三秦之地，无法巩固他占领的地区;二是由于兵种、地形、气候等方面的差异，晋军在华北作战将是以短击长，所以刘裕不能发吴越之兵与官军（北魏军）争夺河北。
这两条理由有道理吗？都有。但果然无懈可击吗？恐怕不见得。别的不说，就以崔浩服务的北魏帝国为例：当年拓跋称王于牛川时，它只是塞外一个落后的以游牧经济为主的国家，与中原在经济、文化和制度上的差异，较之江东与关中，恐怕只大不小，后来击败后燕，便成功入主发达富庶的河北之地，并且站稳了脚跟，这一成功，难道靠的是行塞北之教化于燕赵之地？
当然，对于复杂的历史事件不能简单类比，要研究拓跋做到的事刘裕能不能做到，我们不妨仔细审看一下现存的资料，利用一些疑点进行推测，看看刘裕本来打算怎么做？
刘裕对关中人事安排的一大疑点是：他明明不信任王镇恶，手下也并非没有其他将才，为何还将关中防务这样的重任交给此人？最常见的解释，是说王镇恶在灭秦之战中功劳最大，所以这次任命属于论功行赏。
但这种解释，显然会在另一个重要人物身上碰钉子，这便是那位论行政职务还在王镇恶之上的安西长史王修（按两汉至魏晋的习惯，长史为掾属之长，而且后来王镇恶被杀后，王修未经刘裕批准，就能任命毛修之接任安西司马之职，也可见一斑）。
令人吃惊的是：这个地位如此重要的王长史，却在《晋书》、《宋书》、《南史》等史籍中都没有传记，我只能确定，他并非出自琅琊王氏和太原王氏这两大政治豪门，而且就在下所看到的史料而言，在他被任命为安西长史之前，这个人就没在史书中露过脸。这就奇怪了，这么一个要名气没名气，要功绩没功绩，要后台没后台的三无人员，怎么就能平地一声雷，跃居众多名将谋臣之上？
好在史书在他头次出场时提供了一点线索：（刘裕）以太尉咨议参军京兆（人）王修为长史[2] ， 京兆，就是晋朝时长安所在的郡名。看出来了吧，王修和王镇恶之所以让刘裕选中的共同点在哪儿？提示一下：并非都姓王。
疑点二
值得推敲的另一大疑点是：刘裕为何只给王镇恶、沈田子等人留下一万精兵？不管以哪个标准衡量，要守卫关中故土，一万人太少了。需知关中周边，强敌林立，即使不考虑东北面的北魏与西北面的西秦、北凉等潜在敌国，只要出长安北行不过二百里外，就有赫连勃勃的夏国军队。
参考夏国以前的战争经历，赫连勃勃能够动员的兵力肯定不少于五万，而且多是些机动性极强的凶悍铁骑，如果中途不受阻拦，跑快点的话，他们只用一天时间就可以冲到长安城下观光！难道刘裕对自己的儿子和百战而得的战果就如此漫不经心吗？
另外一条记载，从侧面解答了这个问题。
在王镇恶被杀前，关中晋军内部出现他要杀尽南人，自立为王的流言。尽管这肯定是一条谣言，但一条谣言要能流传开来，它应该具备最起码的潜在可能性，否则骗不了这么多身经百战的老兵。
这条谣言揭示了问题是，怎么杀？且不说王镇恶的武艺是出了名的差劲，就算他是东方不败或者独孤求败投胎，也很难相信他能自己动手，杀掉一万精兵。因此，在此时王镇恶手下的军队中，一定有不属于那一万北府老兵的新军存在，考虑到流言的内容和关中防务的需要，新军的数量上限无法确定，但下限应不少于一万人。
至此，综合这些零散的蛛丝马迹，也许我们已经逐渐走近历史的真相了：
一、就像二十多年前，已故的总设计师认识到不能以大陆之教化施于港澳，从而出现了今天的港人治港与澳人治澳一样，刘裕出台的政策，是以关中人治关中。因此，他才会提拔了功绩、名声都不显赫的关中人王修，而不用有世家背景的谢晦、王弘等人，或与自己相识已久，关系更亲密的南方旧人如张邵、孔靖等。换句话说，刘裕并不打算行荆扬之化于三秦之地;
二、刘裕要进一步北伐，完成一统，打下华北以至塞北，仅凭现有军队，难度是很大的。因此，刘裕实际上已在北方人中着手编组新军，负责人就是在北方民众中拥有巨大号召力的王猛的孙子——安西司马王镇恶。假如不发生后来的一系列变故，刘裕仍是有经营北方打算的，那时他用于征战北方的军队，将不仅仅是吴越之兵;
三、结合上两条，崔浩预测正确的是结果，而非导致这一结果的原因（从不少迹象来看，崔浩作为一个汉人，可能仍存在对南方政权的认同，他的话不一定完全代表其真实看法）。假如不发生刘穆之逝世和关中变乱的事，那么阻止刘裕统一最大障碍，可能是时间。此时夏和北魏都非国势混乱的将亡之国，刘裕并不具备明朝初年那样速定北方的条件，只有采取稳扎稳打的方针，逐个消灭。但要达成这一目标，起码先得把关中由占领区变成领土和后方基地，同时组建一支有战斗力的新军，特别是骑兵部队，这些事都不是短时间内能够完成的，而从刘裕离开关中之时，距离他寿终正寝之日，已经只有三年半了！总之，如果一切顺利，刘裕统一天下的可能性虽然存在，但非常微小，估计超不过一成;
四、在刘裕手下，既有北方人望，又有大将之才者，唯王镇恶一人。这使得刘裕只要还存有进取北方的念头，他对王镇恶就很难做到疑人不用。但在权术硬币的另一面，一个既有能力又有人望，而且不太听话的下属，又是让每个专制君主（刘裕早已是事实君主）夜不能寐的病根所在，再考虑到自身崛起的经历，要让刘裕对王镇恶做到用人不疑，也是不可能的！正是这一两难处境，将刘裕在关中的人事安排，逼上了一条危险的钢丝，并且最终因为一步失误，全盘皆输！
五、刘裕计划失败的关键，是王镇恶与王修的被杀。王镇恶被杀，使组建新军的努力告吹;王修被杀，使稳固关中的设想破产。而且这两人，原先都是关中汉人心目中的骄傲，也是刘裕赢得关中人心的关键。然而，仅仅在不到一年间，这两个人就相继被害了，而且还是被与刘裕一样的南方人杀害的，这一事实极大的打击了关中人对南方政权的认同感，而彼此的不信任又加剧了双方的矛盾，于是北方人大批叛逃，南方人大肆抢劫。晋军与关中百姓的关系，终于由王镇恶入潼关时的鱼水交融，演变成朱龄石出长安时的水火不容！其中的教训，实在值得后人深思。
综上所述刘裕北伐的目的绝不仅仅是为了扩大自己势力、趁机获取篡夺帝位的政治资本的途径