崇祯十七年（1644），闯王李自成领导的农民起义军进攻北京，崇祯帝见大势已去，绝望地叫来太子朱慈并另外两个儿子――朱慈灿、朱慈焕，亲自为他们换上民间衣服，令其逃亡，并叮嘱他们说：“见到做官的叫老爷或相公，见到平民百姓叫老爹或老兄，见到文人叫先生，见到军人叫长官，以此保全性命，勿忘父母之仇，勿忘光复明室。”这是一位父亲对不通人情世事的孩子们如何在乱世中安身立命的教诲，父子亲情及无限感慨尽在其中。
后来，农民起义军攻破城池，崇祯帝自缢煤山。由于局势混乱，太子朱慈出宫后的下落便变得扑朔迷离起来，在当时就已经传闻纷起。
其中第一种说法是，崇祯太子后被清廷处死。如《国寿录・崇祯太子》和《甲申传信录》（作者钱粤只，明末清初人）中都有这样的记载：
当时，太子趁乱逃出皇宫，被一位老太太收留。当老太太得知他是太子，便让他隐姓埋名，在家藏匿三个月之久。后来老太太衣食无着，无力供养太子，就想办法把太子送到了其亲属周奎家。这周奎胆小怕事，不敢收留，甚至听到清廷的搜捕令后，立刻将朱慈上交了刑部。清朝统治者得到朱慈后，恐怕朱慈会成为明朝遗民的精神支柱，于是将他处死，斩草除根。
第二种说法是，被李自成俘获。
《明史》记载：“京师陷，贼获太子，伪封宋王。”
李自成进城后，受命保护皇子的太监怕受牵连，又见李自成下了悬赏令，便把太子献给了李自成。李自成为了笼络人心，将朱慈留在军中，并将其作为招抚吴三桂的人质。
后来，李自成被吴三桂与清军击败，他不得不与吴三桂议和，作为条件之一，把太子交给了吴三桂。后来太子逃出了吴三桂军营，至于以后的行踪，有人说太子被带到了皇姑寺，也有人说太子死于乱军之中，但还有人认为，李自成交给吴三桂的是假太子。
第三种说法是，出家为僧。
据广东嘉应（今梅县）地区的传说，太子朱慈随李自成西去途中，与当初的东宫侍读李士淳一起逃走，到了嘉应州阴那山灵光寺削发为僧。
辛亥革命后，李士淳的后人李大中在《二何先生事略》一文中公开宣称其祖先曾救过崇祯太子，文中称，李氏淳也曾想以太子为号召反清，但是随着清军席卷江南，大局已定，反清无望，太子只好绝望地剃度为僧，以了残生。
还有人说，朱慈逃奔了南明小朝廷。
朱慈出宫后，颠沛流离、隐姓埋名，辗转至南京弘光小朝廷。福王朱由崧召集大臣马士英对他进行盘问，自然对答如流，很多人都认为是真的。可是福王为了稳定自己的帝位，拒不承认太子为真，有言太子为真的皆杀。后来清军攻破南京，朱慈被掳，从此下落不明。
综上所述，由于有关崇祯太子的记载出入很大，流传下来的传说又难辨真假，因此，时至今日，这位明朝末代太子的下落仍然是个谜团。
明朝末代皇帝的子女们下落之谜
崇祯迫周皇后自杀，又手刃妃、嫔、公主后，到万岁山吊死在一颗槐树上。明朝就此灭亡。但人们感到困惑不解的是：明朝末代皇帝的子女们哪儿去了？