1644年的中国，正是明清交替。历史舞台上有三位主角：明朝皇帝朱由检、农民起义军闯王李自成、清朝的摄政王多尔衮，或许还应加上一位，明朝的辽东总兵吴三桂。其实，还有一位主角一直为人们忽略：小老鼠。
1644年，农历3月15日，闯王李自成率大顺军抵达北京城北郊的居庸关。这里是北京城的最后一道天险，然而关隘却无人防守，明朝总兵唐通出降。接下来发生的事，人人皆知：李自成的队伍势如破竹，在3月18日攻破北京城，朱由检吊死在景山一棵老槐树上。
然而，1644年3月李自成所面对的北京，实际已是一座疫病蹂躏的鬼城。这场大疫，是从崇祯六年到崇祯十七年间流行，发源地大致在山西的兴县，然后到大同，再到潞安。接着，鼠疫传到陕西的榆林等地。崇祯十四年时，大疫传到河北大名府、顺天府等地，那里的地方志上，都有“瘟疫，人死大半。互相杀食”的记载。崇祯十六年，也就是北京城破的前一年，北京也发生大疫。
为何判定北京的这场大疫是鼠疫？明人当时的笔记称这场大疫为“疙瘩瘟”、“疙疽病”，这实际是对腺鼠疫患者淋巴结肿大的称呼，而当时的传染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”只有鼠疫才能有如此烈性威力。
到崇祯十六年四月时，北京每天死人上万，以至于城门都被运出的棺材堵塞。沿街的小户居民，十之五六死去，死在门口的最多，街头连玩耍的孩子都没有了。有一个统计数字，这场大疫夺走20万北京人的性命，而北京城当时的人口，估计在80万到100万，也就是说，每四到五个北京人中，就死掉一人。“堪称是一场超级大瘟疫”。当时的北京城里盛传种种白衣人勾魂的流言，一到晚上，民间整夜敲击铜铁器驱鬼，“声达九重”，官方也没法制止――这是怎样的一座鬼气森森的城市！
这时候，政府还能做点什么？当时的皇帝似乎已经顾不上这事。虽然在崇祯十六年二月疫情就爆发了，直到了七月，驸马巩永革上疏说，请皇帝“轸念孓遗，亟赐拯救”，这时朱由检才下了一道谕旨，拨银两万两，令五城巡城御史收埋死尸，再拨一千两银子给太医院，医治病民。然而病人、死人太多，这点银子杯水车薪，根本不够用。
即使贵为宫廷官宦，也不能幸免鼠疫的肆虐。开始宫中每死一人，还能得到四千钱的抚恤，后来，连这个钱也没了。
可以想象，这时驻在北京的明朝军队怎能幸免于瘟疫。当时在北京的明朝军队，名义上说有十来万，大疫过后，少了一半。按一位明朝遗民张怡的说法，当时李自成的队伍杀过来时，能上京城城墙上防守的军人，连一万人都凑不齐。不但是士兵、小贩、雇工大批倒毙，北京城连叫花子都找不到了。当时的守城将官低声下气求人来守城，“逾五六日尚未集”，朱由检下令让太监三四千人上了城墙。到了李自成兵临城下时，北京内城上五个城垛才有一个士兵，而且都是老弱病残，“鸠形鹄面，充数而已”，三月十七日李自成已经到了西直门时，京城还没什么像样的防御，而士兵们每天只有百余文钱去买粥充饥，怎能抵挡李自成的精锐之师？
有史料说，当时的明朝军队打仗时，士兵躺在地上不肯动，军官“鞭一人则一人起”，可是这个起了那个又趴下，说他们是军心涣散也罢，全无斗志也罢，或许，这都是一群半死的病人。
但是，这里仍有疑问。首先就是，李自成的队伍攻进一个大疫之城，他们自己难道不会被传染？专家对此的解释是，李自成进城的时刻恰逢其时。正好到这个时候，北京的腺鼠疫已经基本平息，而肺鼠疫，因为天气转暖，还没能流行开来。
这里要解释一下腺鼠疫与肺鼠疫。一般人们都知道，鼠疫是一种由老鼠传染的烈性传染病。具体说，是由老鼠身上所带的跳蚤，将鼠疫杆菌传染给了人。这是腺鼠疫。腺鼠疫的显着特征，就是淋巴结肿大溃烂。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫转化而来，表现为剧烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厉害，在于它是人与人之间的传染，已经不需要老鼠作为中介。但是肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在气温低的条件下。