改革编制
朱棣统治时期军事组织在武装力量的结构方面经历了四大变化。第一个变化是取消了护卫。第二个变化是把大部分驻在南京的京卫调到北方，并把某些北方的部队提到亲军的地位，这就使驻北京的京卫成为帝国中最大的一支部队。第三个是在京师设营，士兵们通过营定期从地方部队轮换去边境防线服役或进行征战，并在营中操练和受训。第四个大变化包括在长城沿线组织边防的镇;这个措施是永乐帝对付这条边界以北的游牧入侵者的新战略的组成部分。
朱棣取消藩王护卫的愿望是很容易理解的;在朱元璋统治时期建立的分封制下，亲王具有广泛的权力。朱棣曾经利用这种权力建立了自己的军队;这个经验促使他解散护卫，并让他自己的儿子们离开军镇。在内战期间，他的长子和次子都参加过战役。但是在他登基后，当他在外征战时，他让长子当摄政;次子则因策划反对其兄长而在1417年被捕。
同时，像建文帝做过的那样，朱棣也感到非削弱其他亲王――都是他的弟兄――的权力不可;许多亲王被指控有罪而遭到清洗，他们的护卫被解散。
因此，到朱棣统治结束时，在原来朱元璋建立的30支藩王护卫部队中，只有4支完整地保留下来。朱棣原来为燕王时属于他的3支护卫部队，即燕山卫，被并入组成北京皇帝私人军队的亲军之中。剩下的23支护卫部队中，有的被调驻不同的地点。其他的则被解散，它们的部队被改编成京师的新的卫。从此，授给新王的封地很少设护卫，到明朝末年，属于军事编制的藩王卫队不到12支。
把军事卫队调往北直隶之举是永乐年间进行的意义最为深远的一项军事改组。在朱元璋统治下，南京的41支卫队合称为京卫;这些部队包括皇帝私人的12支亲军和29支隶属于五个都督府的护卫部队。当朱棣以北京为京师时，他把南京的许多这些护卫部队调到北方。到1420或1421年，北京的卫包括以下三个部分：原属北京都督府的卫;原来的南京京卫;原属诸王的护卫部队。少数已解散的其他部队也从其他省调到北京。京卫的核心是由构成皇帝亲军的22支护卫部队组成。它们包括3支燕山护卫部队、原属北京都指挥使司的16支护卫部队中的7支，以及曾隶属于南京皇帝禁军的12支部队。这22支护卫部队包括159个所;这些部队号称共有190800人（一卫包括1200人），但是实际人数很可能大大低于此数，因为到朱元璋时期末年，各地区的卫大致只有它们足额兵力的5/8。 其他6支部队并入皇帝亲军的部队依然归他直接调遣;其中3支原属前北京都督府，3支由各解散部队的士兵组成。这些部队提供了进行建设工程的大部分士兵。
南京的军事编制包括29支其他的护卫部队，每支部队分归前京师的各军都督府之一指挥。到1420年，这些部队中大约19支已调往北京，剩下的则是专事水上作战的部队。1420年以后，南京的军事编制由17支隶属于皇帝私人军队的护卫部队和32支由南京五个都督府联合指挥的部队组成。同时，南直隶外围城市原属南京中军都督府管辖的部队则改由北京的中军都督府管辖;这进一步削弱了南京行政的权力。1421年随着北京周围的地区成为北直隶，北京的后军都督府开始对该地区进行指挥。从此以后，北京的后军都督府统辖了16支护卫部队，其中11支后来负责守卫皇陵。
在改组过程中，大批人民搬迁至北京及其周围的地区。至少有435个所，即明朝全部部队的25―30%驻扎在北京地区，其中335个所原从明朝的其他地方迁来。如果采用前面的计算，这些部队的实际总兵力约为25.1万人，但是真正的数字可能略高。另外，许多士兵有家眷。1393年的人口统计数字表明，北京地区有定居人口1926595人。因此，有理由认为15世纪初期北京省（1403年以后之称）的人口很可能大大地超过200万。总之，在1422年以后，长驻在北京的部队形成了首都居民的相当大的一部分，这样就大大地加剧了供养基本上是依附人口的问题。