明孝陵地宫以前没有被打开过，囿于经济实力和妥善保护墓葬品的科技水平，我们在短期之内也不能将地宫打开来确认朱元璋遗体就在地宫之中。但是，我们也不能同意朱元璋不葬在明孝陵的说法。
在中国传统社会中，以天人感应的思想为基础，中星象占卜、风水堪舆等诸多神秘思想颇为流行，成为王侯将相和平民百姓的普遍信仰。朱元璋出身平民，也深受这种神秘思想影响。明人朱国祯《涌幢小品》说“国朝最重天文”，朱元璋曾说：“朕自起兵以来，与善推步者仰观天象二十有三年矣。”他对星象推步甚为遵信，至正二十一年八月，朱元璋向陈友谅主动出击。刘基对将士说：“昨观天象，金星在前，火星在后，此师胜之兆。”朱元璋也说：“吾亦夜观天象，正如尔言。”遂师发龙湾。
明洪武十六年二月，月犯毕宿，占书中以此天象为“有边兵之急”的征兆，次日，太祖即遣使谕辽东都指挥，当严加号令，多方警备，且运米四十万石渡海，又发步骑数十万屯驻北平、真定等处，并示知凡此“皆为天象之故”。直到晚年，他还经常将星象所主吉凶弛谕边防大将和藩国诸王。
星象占卜与风水堪舆等同属一个信仰系统，为给明孝陵选择一块“风水宝地”，朱元璋还与刘基、徐达、汤和亲至钟山查看，“定寝穴，各志其处藏袖中。三人合，穴遂定”。之所以将陵址选在钟山，刘基认为是因为其地为古今“三大行龙”的“南龙”。
确定明孝陵的“龙脉”地位，是确认明王朝的正统地位的一个重要因素，正如修建南京城也是为了“加强这种神秘性与维护政府所在的威严而设计的”。朱元璋这条真龙当然要把自己葬在“龙脉”所在，在传统思想中，这不但关系到他个人，还关系到他的子孙后代和大明王朝的命运。朱允也不会不考虑这一层，冒天下之大不韪，把祖父葬到别处去。
作为王权的象征，明王朝也不允许对明孝陵有任何损坏或不敬。据《明史・礼志》，洪武二十六年朱元璋就下令：“车马过陵，及守陵官民入陵者，百步外下马，违者以大不敬论。”孝陵防守、巡视、监督皆有定制。《明孝陵志・守缮》载：“孝陵防守，外则孝陵卫，内则神宫监。治民之吏，有令史、典史、所司吏。
孝陵卫军，为亲军卫指挥使司，听南京中军都督府节制。有士卒五千六百名。其后稍有增损，要以专护陵寝为事。……卫、监守护以外，南京守备官当不时巡视。锦衣卫每季亦委百户等巡禁樵采。南京太常寺每月督令铺排、厨役打扫。陵禁甚严，擅入陵门者仗。谋毁山陵者为大逆，盗大祀神御物者为大不敬。二者皆在十恶之科。”当时就是想进入明孝陵区域也绝非易事，遑论破坏了。朱元璋也不必担心陵宫会被盗掘。
当然，虽有严刑峻法，盗伐毁坏等事仍有发生。隆庆三年，就有南京神宫监太监王采以盗伐孝陵树木论斩。但有明一代，保护措施时有加强，崇祯十四年就在明孝陵立《禁约碑》再申禁谕，其中有对墙垣内树木“敢有擅自砍伐者，正犯处死”，对有关山冈“不许骑脊穿窑，凿山锻炼，违者处斩”。此碑现在矗立于明孝陵下马坊的东侧。
总之，通过以上的分析和对上举几种关于朱元璋葬处说法的考察，我们认为朱元璋并非葬在别处，应是葬在明孝陵的。