毛文龙与袁崇焕一直是史学界焦点，二人谁忠谁奸一直没有定论，下面就摘抄《满文老档》中努尔哈赤时代关于毛文龙的部分，事实胜于雄辩。
当天，新城城主赵游击得到准确信息，派人报告给努尔哈赤：镇守山海关的袁军门让游击毛文龙领兵二百去朝鲜送信。毛文龙在海上和从朝鲜返回的使臣相遇，他们一起向朝鲜去。消息传到镇江，镇江城中军官陈良策就和毛文龙私通。二十日晚上，镇江城外有数百名村民呐喊，陈良策在城中响应，大喊：明军来了！城主佟养元登城视察，被陈良策抓起来。佟养元的儿子、侍从等六十多人被杀。二十一日，陈良策把佟养元带到马头山去见毛文龙。汤站堡、险山堡的堡主都被手下人抓住献给毛文龙。永甸堡主被抓、长甸堡主自愿投降。这些地方都已经归了明朝。
毛文龙曾经派人劝赵游击投降，赵游击把他派来的人杀掉，首级献给努尔哈赤。努尔哈赤赏赵游击一百两银子。初五日，努尔哈赤去信询问凤凰城的李游击：毛文龙是在海岛上，还是在朝鲜城内？或者是不在城内而野外？镇江汉人渡河而去的，是不是被毛文龙收留了？现在他在什么地方？你去探听消息，报给我知。当天，派人给朝鲜送去书信，书信内容如下：毛文龙、陈良策、赵成功、李应龙、赵俊这些人，驻扎在你们朝鲜的弥山，经常派兵进犯我河西一带，我如果带兵去征剿，又怕连累到你们朝鲜，所以一直没去。如果你想要我们两国真诚和好，就把毛文龙、陈良策抓来给我，这样我们两国可以共享太平、相安无事。如果不把毛文龙、陈良策抓来给我，那就是你们口称和好而心怀虚伪了。如果你们情愿，就马上把他们送过来，不然，毛文龙、陈良策等人知道我要抓他们，恐怕会服毒自尽，或者逃到别的地方去。到那时，你们就算说朝鲜大金和好，我也无法再相信你们了。
十四晚上，我军为了寻找毛文龙而渡江，十五日到达朝鲜的龙川，毛文龙没在龙川，而是去了九十里外的树林边。我军得到消息，前往追击，毛文龙只带领几个从人逃走。我军斩杀陈良策，俘虏陈良策的家小，斩杀了吕游击，还有千总、把总、军士等一共五百多人，后来又剿灭当地男丁一千余人。叛逃之人，全数被抓回来。每个牛录留下八人在当地驻守。 努尔哈赤给朝鲜国王去信说：明朝集结十三省之兵来攻打我，尚不能胜，你朝鲜国王收留一个毛文龙，想怎么样？我向来遵守天道，绝对不首先侵犯别人。可是应该我得的，我也绝对不会随便丢弃给别人。如果你把毛文龙还给我，我就把你的元帅放回去，这样也可以表示你们和明朝断绝关系。如果你不把毛文龙还给我，明年春天必定还有比毛文龙职位高的官员来到，到那时候，我不怨恨来的官员，只怨恨你朝鲜国王。我和明朝交战四年以来，多次派人给你去信，你朝鲜国王没有一句好言回报，却把明朝当成父母之国，不肯与之断绝。你们这样做，运气好了，能躲得一时之祸，如果一时不慎，定会招来难以估量之大难。据说，从我这里渡河到你们那里的汉人，你们供给衣物饮食，多所周济，现在命你把属于我的逃人，全数送还给我。
努尔哈赤传谕凤凰城的军士：派人去把守朝鲜来路，朝鲜使臣如果过来，守路的人就问他们是否归还毛文龙，不管朝鲜使臣怎么回答，都要把他留在当地，然后马上把情况禀告给我。朝鲜三名总兵驻扎在边界，他们从毛文龙那里得到消息，说是女真兵已经进驻新城。朝鲜总兵就派人到新城察看消息。十二名察看消息的朝鲜人在返回的路上，被我军擒获。这些人被带到努尔哈赤这里来，努尔哈赤让学者达海审问他们的来意，为首的人说：朝鲜国王让我们前来探听消息，看看你们是否已经得到了广宁和山海关，如果你们已经攻取了广宁和山海关。我国就与你们和好。达海问：朝鲜国王为什么不把毛文龙抓住献来？。为首的人说：明朝是父亲、朝鲜是儿子，父亲家里的人，儿子怎么敢抓呢？达海告诉了努尔哈赤，努尔哈赤让把这些人扣押下。扎克丹城的千总李恭寅去新城一带寻找残留百姓，总共得到五十四个人。他又俘获了毛文龙派来的四名甲士。努尔哈赤赏赐李恭寅四十两银子。二十三日，接到禀报：有五名朝鲜使者前来。努尔哈赤说：将前来的朝鲜使者抓住，分别询问他们有什么话要说。将五名朝鲜使者抓住，五个人说：我国去年来过的官员，今年还要再来，现在住在龙川城，先派我们五个人来送信。看那官员带来的书信，信中说：我朝鲜国和贵国想要真诚修好，哪能因为一个毛文龙受到阻碍呢？上次贵国来信对我国说‘两国若和好以后，没有尊卑、平等相处’，现在依形势看，不是真的。违背天道的人做不出善行，恃强凌弱的人不讲良心。努尔哈赤看到书信内容，大怒：朝鲜国言不及意，纯属废话。你们五个人来此什么目的？是不是探听消息？把这五个朝鲜人全都扣留。二十九日，都堂发布命令：听说毛文龙派遣五十人到我国来离间挑拨。谁如果把毛文龙派来的人抓住，立功；如果知情不报，被他人首告，则治以灭门之罪，首告者立功。岫岩以南，让爱塔副将负责；孤山一带，让赵义和游击负责。
三十日，负责炼铁的把总张秉仪，在铁匠的配合下，把毛文龙派来的一名挑拨离间者抓住。张秉仪升为千总，那名铁匠被赏银十两。
当天，努尔哈赤说：据悉，毛文龙派人到我国各处张贴告示挑拨离间，沿岸戍守的统兵大臣，要密切注意两个驻防点之间的疏漏，严加搜寻踪迹。初四日，炼铁的石城地方，备御王子登追赶二百里，抓住毛文龙派来挑拨离间的人。王子登被升职为游击。都堂官给青苔峪的堡主去信说：有人向我报告，你那里有三个人，同毛文龙派遣的奸细相互勾结，准备叛乱。一人叫景天彦，住在萌磐驿；一人叫王百求，信在达塔峪；一人叫曹留全，住在桦皮峪。你要带人，把这三个人，还有毛文龙派去的人，全都抓住送来。
二十四日，李世功因为擒拿奸细，升职为备御。
张德玉因为检举奸细，升职为游击。
王元皎因为擒拿奸细，升如何为备御。
刘吉宽告发双山备御苗宜庄私通毛文龙。苗宜庄被革职，刘吉宽升职为德御。
沙厂备御王子登查获毛文龙派来离间的奸细，被升职为游击。岫岩备御乔邦魁同毛文龙私通密谋，被家人发现告发，命把乔邦魁宗族全部杀死，把乔邦魁的妻子和家产都给了告发的家人。努尔哈赤说：外地的普通百姓，可以经常擒拿奸细送来，难道我辽阳城里，就没有奸细吗？众们官员，你们有些人是明朝皇帝判处死罪投在大牢中的，有些人是在明朝遭到贬黜壮志难酬的，有些人是我在战场上擒获得来的。我让尔等为官，如果念及我的恩养之情，为什么不把毛文龙派来的奸细抓住一个呢？为什么查不出叛逃暴乱的呢？如果不为我效力，我养尔等有何用处？凡是发现叛逃即来告发，知道奸细马上擒获的，仍然照旧当官，记功领赏。如果见叛逃而不报，见奸细而不擒拿，被我发现的话，乔邦魁就是榜样。
二十七日，努尔哈赤给总兵官布山去信道：让佟游击回到岫岩城，督察百姓是否耕田，并认真调查毛文龙所派来的奸细。五处女真马兵，每处出两人，保护佟游击。戍守新城的副将巴都虎前来报告：毛文龙兵，渡过江河，在夜间由远处放h呐喊，攻击我方去长甸运粮的十三个人。十三个运粮人听到h声，骑马躲避了。毛文龙兵当天撤退。初十日，戍守千山的素肯，抓到毛文龙方面的六个人，杀死其中五个，剩下一个送到努尔哈赤这里来。这个人说：朝鲜新王即位，原来的国王自缢身死。毛文龙想去会见新王，新王没见。朝鲜新王以毛文龙帮助明朝与金国为敌的理由，把和毛文龙交往的爱州、安州黄州、平壤等地官员尽皆枭首，并且禁止朝鲜百姓卖给毛文龙粮食，毛文龙那边现在全都饥饿缺粮。努尔哈赤命令把这个人暂时留下。
王备御奏称：据报，托兰山有一百多人准备谋叛，我派人前去核实，果然如此，并且探听到毛文龙已经派贾大、贾三两个人同当地百姓联络，准备在下月初一行动。 至于毛文龙，他从去年八月驻扎在铁山以后，所有战船都在岛上，军兵不过七八千人，又都是乌合之众，内地前来的商人很多，财货堆积如山。人数虽多，攻取容易，况且从义州出发，只一个晚上，就能到达毛文龙处。
安州城现有兵民四五千人，也都是乌合之众，如果听到义州失守，安州登时便会土崩瓦解。就算他们守城，只用几句话也是可以使之投降的。
朝鲜京城南面二十里处，有从北边迁来的一百多名瓦尔喀人，其余地方也分散居住一些瓦尔喀人，他们原来都是金国百姓，可以向朝鲜索要回来。
毛文龙派遣的人，一般都在黄海道，京城之内也有一部分。
先王愿意和金国讲和，因此两国使者不断，新王倚仗毛文龙，不向金国派遣使者，现在大汗可以先发出一封议和信给朝鲜新王，然后直接发兵攻打平壤，逼新王前来议和。新王自从继位以来，人多不服，心向故主。我的父亲韩明廉和李只带了三千兵就大获全胜、夺其京城，人心所向以此可见。那时候新王离开京城、向南逃跑，军民没有想跟着他一起走的。不幸的是，我父亲他们的起事因为内乱而失败。现在听说大金国汗军兵与朝鲜原来的官员一同前来，谁能不降？
我们韩润、韩义兄弟两个，情愿归顺大汗，看待大汗如同天地父母，以上所言绝无一句假话，所有建议均属一劳永逸、千载难逢之时机也。二月初一日，努尔哈赤派遣刘维国、金盛晋持书给毛文龙，书中说：
你所派遣的奸细、哨探等都已为我所擒，经审问供述知道，你把明朝皇帝派来的两名大员杀死了，得罪了明朝皇帝。又据从山海关处逃来的人报告，因为你得罪了明朝皇帝。他已经给朝鲜国王送信，让朝鲜国王抓你。现在我已经取下了旅顺口，那里的人也是这么说。据说朝鲜国王给明朝皇帝的回信上说，毛文龙寸步不前、隐身而居，自称有兵欺瞒皇帝、骗取钱粮，实际上是祸害我朝鲜国的鼠盗之辈。我会用计把毛文龙抓住，或者是唆使毛文龙手下的人抓他。
毛文龙，你现在为明朝皇帝效力，可是现在君幼臣昧，对你并不信任，就算你积攒下了朝鲜八道的财帛，就算现在皇帝给你拨再多的钱粮，又有谁羡慕你呢？你能让京城的大臣都称赞你吗？我的意思是：让你去取朝鲜的义州城，然后和我成犄角之势，那样谁敢把你怎么样呢，接下来我们可以逼朝鲜投降，你的前途将不可限量。
现在明朝皇帝要治你的罪，朝鲜国王将不能容你，你将何去何从，请仔细考虑考虑吧。不用担心你和我对抗，且派遣奸细来我处，而我会责罚你。彼时各为其主耳，你当时为明朝皇帝效力，投靠我以后又怎能不为我效力呢？古代的韩信，离开楚霸王而归汉刘邦，胡敬德离开刘武周而降唐，皆因其降而成大功，留美名于后世。又有谁说他们是不忠于故主之人呢？毛文龙的三百兵夜间来袭击海州的叶克舒堡，当时堡内只有无甲之人与之相战，杀了四人，敌兵就撤退。后援军起来，追杀敌兵，杀了一百七十人。堡内有原明朝男丁一百多，这些人曾经与毛文龙约为内应，因此将此堡内原明朝人都杀死。五月二十日，努尔哈赤给毛文龙去信：自古以来，各国之兴坏都是天轮时运，将亡之时大现异兆，最终遍地烽烟、直到灭亡。将兴之时上天默佑、气势昌盛。这你难道不知道吗？当初伊尹知道桀王之运，尔后去商汤王那里为臣；姜太公知道纣王之运，尔后去周武王那里为臣。听说你毛文龙不知道我为什么杀人，如果不杀人，谁不愿意降我，辽阳、广宁之人都是明朝皇帝的百姓，是天将其授我，因此我国土增、兵士增、钱粮增，从旅顺口以北到达开原，从镇江以下到达广宁，我皆养育之，然而我虽欲养尔其不从，竟然杀我所任之官、所遣之使，奸细往来，叛逃而去，对此岂能不杀而平？我所杀者，是有理的。从我这里逃走的人，你收容后不加豢养，却蛊惑将其组建成军，反戈而战，因此各处被杀的人，实际上是死于你手，这才是没有理的。我国恩养昭明，因此远至东海，众国愿归，至于哈达、叶赫、乌拉、辉发之人，虽然曾经鏖战不降，然其败后我仍然聚而养之。那时我出兵蒙古所得百姓还不如自动来归的人多，如今归顺者更是络绎不绝，这都是仰慕我的恩育之声誉而来的。如果我一味屠杀，他们为什么还要来呢？毛将军，我原以为你是明智的人，今尔不知天时，是愚昧也，明朝气运已终，劫数未尽，到处杀掠汉人，安邦彦把山阴、安南、贵州、四川、广西、云南等处，所杀者还少吗？现在正是明朝灭亡之时啊。天之所灭，尔能救吗？当初周国运终，圣如孔孟尚不能救，你难道不知道吗？俗言道：良禽择木而栖，贤人择主而事，韩信弃霸王而归汉高祖、刘整弃宋国而归蒙古忽必烈汗，这都是观天时择主而事，且留芳名于后世，谁会说他们是坏人呢？凡应天命而生的帝王，都不念仇敌、视其功德而养育之。古代的桓公，养射自己的管仲为社稷之臣，唐太宗养仇敌胡敬德，他们都是有用之人。毛将军，无论你如何为明朝皇帝效力，然则明国亡时已至，君臣昏聩，你反易遭致祸殃，有什么用呢？各处现已刀兵纷起，丙辰年北京城大风、戊午年城内河中流血，这都是上天示警啊？古鉴天时，将军难道不知道吗？希望你深思，若错失时机、悔之何及？佟附马、刘副将都是只身投奔于我，李附马及辽东、广宁之官员，都是我从阵前获得，他们都被我提拔任用，将军难道不知道吗？你如果能够诚心归附，我定不慢待于你。闰六月二十日，给毛文龙书信：此战是我引起的吗？是你明朝万历皇帝引起的。现在明朝皇帝如果愿意承担兴兵之错而讲和，则派遣官员持盖玉玺之书，经山海关前来，则可以与你相议。