性情孝顺，文韬武略，聪明有机断。永昌元年（322年），正式即位。在位期间，凭借弱势之中央，成功制衡权臣世家，推动南方社会安定发展。太宁二年（324年），平定王敦叛乱，停止追究王敦党羽，全力重用丞相王导，保持与江东士族和谐关系，成功做好“王敦之乱”善后工作，稳定东晋王朝的局势，对安定国家大局和皇室权威影响深远。
太宁三年（325年），病逝，终年二十七，谥号明皇帝，庙号肃宗 ，葬于武平陵（今南京市玄武区鸡笼山北侧）。
人物生平
早年经历
建武元年（317年）三月初九日，司马睿即晋王位 。四月初四日，司马睿立司马绍为晋王世子。
司马绍性情极为孝顺，有文才武略，敬贤爱客，喜好文章辞藻。当时的名臣，从王导、庾亮到温峤、桓彝、阮放等，都被亲近看重。曾经与大臣们辩论圣人真假之意，王导等人的意见不能使司马绍屈从。又好习武艺，善于安抚将士。当时江东人才济济，远近都归心于司马绍。
王敦之乱时，王室六军溃败。司马绍欲率将士与叛军决战，登上车子将要出发。太子中庶子温峤坚决谏阻，抽剑斩断马套绳，这才作罢。
王敦平素认为司马绍神武有明略，为朝野人氏所钦佩信赖，打算用不孝的罪名废黜他。于是大会百官，当众问温峤：“皇太子有什么功德值得称道？”声色俱厉，一定要使温峤说出废太子的话。温峤回答说：“探讨高深的治国之道，使国家长治久安，这不是见识短浅的人所能认识的。从礼的角度看，这就是孝。”大臣们都认为温峤的意见是正确的，王敦的阴谋遂被阻止。
登基
永昌元年（322年）闰十一月初十日，司马睿去世， 闰十一月十一日，皇太子司马绍即皇帝位，大赦天下，是为晋明帝，尊生母荀氏为建安郡君。太宁元年（323年）二月，司马绍将父亲晋元帝安葬在建平陵。六月初六日，司马绍立妃庾文君为皇后。
王敦虽于永昌元年（322年）就回到武昌遥控朝廷，但因为图谋篡位，于太宁元年（323年）暗示要朝廷征召自己入朝，司马绍于是以手诏征召王敦。同年，武卫将军王允之乘酒宴而知道王敦的图谋，于是回京告诉其父荆州刺史王舒。于是，王舒与王导一同报告晋明帝，得以早作防备。
及后，司马绍积极准备京师建康的防护，最终于当年七月成功击败王敦派出、王含统帅的进攻建康的军队，平定了王敦之乱。王敦之乱平定后，司马绍下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以琅琊王氏宗族占据诸州以凌弱皇室的失衡情形。
去世
太宁三年（325年）三月初二日，司马绍立长子司马衍为皇太子。闰八月十九日（10月12日），司马绍健康状况不佳，召太宰、西阳王司马羕、司徒王导、尚书令卞壶、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮、领军将军陆晔、丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助皇太子司马衍。闰八月二十五日（10月18日），司马绍病逝于东堂，享年二十七岁。闰八月二十六日（10月19日），皇太子司马衍即皇帝位，是为晋成帝，为父亲司马绍上谥号为明皇帝，庙号肃祖（《资治通鉴》作肃宗）。九月十一日，司马衍将司马绍按葬于武平陵。
为政举措
司马绍聪明敏捷，能随机断事，尤其明白事理。在位期间，兵乱连年，饥荒不断。死于饥荒战乱瘟疫者，超过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。司马绍虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位时间短暂，但对安定国家大局的影响深远。
东晋自建国以来，北方侨姓士族与南方吴姓士族之间的矛盾一直很尖锐，吴姓士族往往受到排挤与压制。明帝为了稳定东晋政权，临终前一个月，还下诏说：“吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”力图调解这个矛盾，以期打破宗族界限，为国家选拔人才。在临终遗言中，他要诸臣为自己治丧时“务从简约”，不得奢侈。
家族成员
父母
父亲：晋元帝司马睿
母亲：宫人荀氏，死后追赠豫章郡君
兄弟姐妹
• 弟弟
二弟：琅邪孝王司马裒，司马绍同母弟
三弟：东海哀王司马冲
四弟：武陵威王司马晞
五弟：琅邪悼王司马焕
六弟：晋简文帝司马昱
• 姐妹
寻阳公主，嫁荀羡
后妃
子女
• 儿子
晋成帝司马衍
晋康帝司马岳
• 女儿
南康公主司马兴男，下嫁桓温
庐陵公主司马南弟，下嫁刘惔
南郡悼公主，下嫁羊曼之子羊贲
司马绍的故事
举目见日，不见长安
司马绍年幼时，其父晋元帝闲坐，将他放置在膝前，正遇长安使者来，因问司马绍说：“你说日与长安哪个远？”司马绍回答说：“长安近，不曾听说过人从日边来，由此就可以知道了。”晋元帝觉得奇异。第二天，群臣宴会时又问他这个问题，回答说：“日近。”晋元帝脸色一变说：“怎么和昨天说的不同呢？”司马绍回答说：“抬头就望见日，但却望不见长安。”由此晋元帝更觉得他是个奇童。
太子西池
司马绍想挖池塘，修亭台，他的父亲晋元帝不答应。当时司马绍还是太子，喜欢招养武士。有一晚半夜叫这些人挖池塘，到天亮就挖成。这就是当时的太子西池。据说是东吴时所挖成的，名叫西苑，后来淤泥积满，司马绍时又修复，故俗称太子西池。
遗鞭脱身
太宁元年（323年）六月，王敦将举兵向京师进发，晋明帝暗中得知，于是骑着巴滇骏马微服出行，到王敦驻地于湖，沿着王敦的营区走了一圈就出来了。王敦的士兵发现了，说：“这不是普通人啊！”这天王敦白天睡觉，梦见太阳绕其城，受惊而起，说：“这必定是黄胡须的鲜卑奴来了。”司马绍的母亲荀氏是燕代人，司马绍状貌类似外族人，胡须黄色，所以王敦这样说。于是王敦派五个骑兵去寻找追赶晋明帝。晋明帝也策马奔驰而去，马拉粪时，就浇上冷水。遇到旅舍卖饭的老妇，送给她一把七宝鞭，对她说：“后面有骑兵来，可把此鞭给他们看。”过了片刻，追骑来到旅舍，问老妇，老妇说：“人已经走远了。”并把七宝鞭拿出来给他们看。五个士兵传递着玩赏，停留了很久。又见马粪是冷的，认为确实已走远，便停止追赶。晋明帝因此得以脱身。
晋祚不长
一次，王导和温峤一起谒见司马绍，司马绍问温峤前代统一天下的原因是什么。温峤还没有回答，一会儿，王导说：“温峤年轻，还不熟悉这一段的事，请允许臣为陛下说明。”王导就一一叙说晋宣帝司马懿开始创业的时候，诛灭有名望的家族，宠幸并栽培赞成自己的人，以及晋文帝司马昭晚年杀高贵乡公曹髦的事。司马绍听后，掩面伏在坐床上，说：“如果像您说的那样，晋朝天下又怎能长久呢！”
黄须鲜卑
《世说新语·假谲》记载，王敦称司马绍为：“黄须鲜卑奴”，并称其相貌特征是“黄须”。注引《异苑》所载，王敦语作：“黄头鲜卑奴”，并加以解释：“帝所生母荀氏，燕国人，故貌类焉”。黄头指的是金发，黄须指的是黄胡子，可见司马绍的相貌特征就是金发黄胡子，具有白种人的相貌特征。
《晋书·卷六·帝纪第六》亦载，王敦称司马绍为“黄须鲜卑奴”，并称“帝状类外氏，须黄，敦故谓帝云”，明确指出司马绍的相貌与其母族相近，说明其母族的相貌具有白种人的特征。既然司马绍被称为“黄头鲜卑奴”或“黄须鲜卑奴”，其生母荀氏应为鲜卑人。
司马绍生母荀氏的身份是宫人，《晋书·后妃传》未载其出身，《晋书·卷六·帝纪第六》称其为“燕代人”，据《晋书·地理志上》：“起雁门以东，尽辽阳，为燕代”，则“燕代”一词显然指的是地理范畴。但《晋书·刘聪载记》称“鲜卑之众星布燕代”，足见燕代地区是鲜卑人的主要分布区，《晋书》之所以称荀氏为燕代人，是本着为尊者讳的原则，不直书荀氏为鲜卑人，而以与鲜卑人关系至为密切的燕代地区代指。《异苑》称荀氏为“燕国人”，此燕国是指鲜卑人建立的前燕政权，也是以此暗示荀氏是鲜卑人。
东晋人认为，司马绍因母亲是鲜卑人而相貌类似于鲜卑人，所以才被称为“黄头鲜卑奴”或“黄须鲜卑奴”，证明“黄头”或“黄须”正是鲜卑人的相貌特征。金发是白种人的显着特征之一，可见鲜卑人、至少是东部鲜卑人中，存在相当数量的白种人。不仅东晋人把“黄头”或“黄须”看成是鲜卑人的相貌特征，在唐朝人的观念中，鲜卑人的相貌特征仍具有金发碧眼等白种人的特点。
人物评价
曹毗《晋江左宗庙歌》之六：“明明肃祖，阐弘帝胙。英风夙发，清晖载路。奸逆纵忒，罔式皇度。躬振朱旗，遂豁天步。宏猷渊塞，高罗云布。品物咸宁，洪基永固。”
南朝齐·谢赫《古画品录》：“虽略于形色，颇得神气。笔迹超越，亦有奇观。”
唐·房玄龄等《晋书》：“帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝骑驱遵养，以弱制强，潜谋独断，廓清大昆。改授荆、湘等四州，以分上流之势，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。”
清·王夫之《读通鉴论》：“明帝不夭，中原其复矣乎！天假五胡以乱中夏，气数之穷也，帝乃早世！王敦之横，元帝惴惴而崩，帝以幼冲当多难，举动伟然出人意表，可不谓神武哉？”
史书记载
《晋书·卷六·帝纪第六》
《资治通鉴·晋纪》