受《三国演义》的影响，今天的许多史学家也大都认为，华佗不仅医术高明，而且医德高尚，时刻心系天下百姓的疾苦，不肯服侍权贵、专门为曹操一个人看病，于是借口妻子病重离开了曹操，曹操屡次催他回来他都不肯，最后曹操一怒之下把他给杀了。
华佗之死责任果真全在曹操吗?华佗真的没有任何过失吗?南京审计学院教授徐少锦先生和河北省平泉民族师范学校的林振清老师认为，华佗之死责任不全在曹操，两篇论文的发表，终于解开了华佗被杀的真正原因。
曹操为何要杀掉华佗呢?《三国演义》对此的解释可谓深入人心。在该书的第七十八回中，罗贯中详细地描写了曹操杀华佗的经过。
曹操为造建始殿，亲自挥剑砍伐跃龙祠前的梨树，得罪了梨树之神，当晚做了个噩梦，惊醒之后便得了头痛顽症，遍求良医，均不见效。
后来，华歆向曹操举荐了华佗，曹操立马差人星夜将华佗请来为他看病。华佗认为曹操头痛是因中风引起的，病根在脑袋中，不是服点汤药就能治好的，需要先饮“麻肺汤”(按：也就是人们所熟知的“麻沸散”，是华佗发明的一种麻醉剂，然后用利斧砍开脑袋，取出“风涎”，才可能去掉病根。
多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇，于是命令左右将华佗收监拷问，致使一代神医屈死在狱中，而华佗所著的《青囊书》也因此失传。
华佗本为“士人”，入仕为官才是他的人生目标，从医仅是“业余爱好”。
在中国古代社会里，“万般皆下品，唯有读书高”和“学而优则仕”是众多读书人的信条。华佗所生活的东汉时期，社会上读书做官的热潮已经达到顶点，公卿大多数是熟悉经术者，汉顺帝时太学生多达3万人，学儒读经成为社会风尚，而医药技术虽为上至帝王、下至百姓所需，但却为士大夫所轻视，医生的社会地位不高，名医弃医从政的例子很多。这种社会风尚不能不对华佗有所影响。
据《三国志·魏书·方技传》记载，华佗年少时曾经在徐州一带游学，是个“兼通数经”的读书人。徐少锦的文章认为，同当时大多数读书人一样，入仕做官也是华佗的人生目标，从医只是他的“业余爱好”。
但是，该书还记载，沛国相陈珪荐举华佗为孝廉，太尉黄琬征辟他做官，他都不去。这又是为什么呢?
林振清在文章中指出，这可能有两个原因：一是华佗才气大，颇自负，认为陈珪、黄琬荐举的官职都不大，不肯为之。二是他已经迷恋上医学，不愿为此小官而抛弃所喜好的医学。
走上从医道路后，华佗深以为耻，经常后悔，时刻等待入仕为官的机遇。
《三国志》的作者陈寿在该书的《方技传》中写道，“然本作士人，以医见业，意常自悔”，一语道破了华佗走上从医道路以后的心态。在行医的过程中，华佗深深地感到医生地位的低下。他的医术是高明的，名气越来越大，前来请他看病的高官权贵越来越多。在跟这些高官权贵的接触过程中，华佗的失落感更加强烈，性格也变得乖戾了，难以与人相处，因此，范晔在《后汉书·方术列传》中毫不客气地说他“为人性恶，难得意”。在后悔和自责的同时，他在等待入仕为官的机遇的再度降临。
利用为曹操治病的机会，两度要挟，意图求取官爵。
曹操请华佗为他治疗“头风”顽症，华佗用针扎胭俞穴位，手到病除，效果很好，《三国志》对此的记载是，“佗针鬲，随手而差。”后来，随着政务和军务的日益繁忙，曹操的“头风”病加重了，于是，他想让华佗专门为他治疗“头风”病。华佗说：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”意思是说，你的病在短期内很难彻底治好，即使长期治疗，也只能苟延岁月。曹操的病果真那么严重了吗?
据中医界人士讲，“头风”病确实比较顽固，在古代的医疗条件下，想要彻底治愈确实很困难，华佗虽为神医，也未必有治愈的良策。但若说即使“恒事攻治”，也只能苟延岁月，死期将近，就未免危言耸听了，很明显有要挟的成分在内。
在文章中，林振清认为，华佗正是想利用为曹操治病的机会，以医术为手段，要挟曹操给他官爵。曹操后来说，“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重”，意思是说，华佗能治好这病，他为我治病，想借此抬高自己的身价。这说明曹操当时是明白华佗的言外之意的。但是他并没有立即满足华佗的要求。
于是，华佗便以收到家书，想回家小住几天为借口，请假回家，到家后又托辞妻子有病，一直不回，对曹操进行再度要挟。曹操依照汉律，以“欺骗罪”和“不从征召罪”判处华佗死刑，华佗服罪伏诛。
据《三国志》记载，华佗回家后，曹操曾经多次写信催他回来，还曾命令郡县官员将华佗遣送回来，但是华佗还是不肯回来。
曹操大怒，派人前去查看，如果华佗的妻子果真病了，就赐给四十斛小豆，并放宽期限，如果华佗说谎，就拘捕押送他回来。于是华佗就被交付许县监狱，审讯后本人认罪。荀彧替华佗向曹操求情，曹操不理，将华佗给处死了。
曹操杀华佗是不是一时意气用事呢?判处华佗死刑有法律依据吗?
曹操是当时著名的政治家，在历史上以“动以王法从事”著称。无论是理政还是治军乃至齐家、诫子，曹操都以汉律为基本准则。徐少锦在文章中指出，依照汉律的规定，华佗犯了两宗罪：一是欺骗罪，二是不从征召罪。主要是后者。汉律中有“大不敬”罪，对“亏礼废节”之犯者要处以重刑，《汉书·申屠嘉传》便载有人“通小臣，戏殿上，大不敬，当斩”的案例。“大不敬”的具体内容较多，其中“征召不到大不敬”适用于华佗所犯之罪。