在全国各地爆发的暴乱中，黄巾大起义规模最大，对朝廷打击最重，影响最为深远。当时，没有被边境战争直接 波及的中原地区黄河两岸，因军需孔亟，在苛捐杂税、沉重徭役和官员贪暴、地主剥削、土地兼并等重重压迫之下，引起大规模逃亡和民变，逃亡和民变又引起因劳 力缺乏而产生的水灾旱灾蝗灾，水旱蝗灾又引起农村破产，到处发生人吃人的可怕饥谨，“白骨露于野，千里无鸡鸣”，形成一系列连锁的恶性循环。而政府中宦官 正跟士大夫斗争得如火如荼，哪会有人关心那些在死亡线上挣扎的农民？为了生存，千百万农民们逐渐集结在一个标帜“黄巾”之下，希望自己决定自己的命运。
黄巾军最早的领导人是巨鹿（今河北平乡）张氏三兄弟，老大叫张角（？—公元184），老二是张宝，老三为张梁。张角精通医术，平时和百姓接触较多，尤其 是对穷人从不收出诊费，所以有广大的群众基础。他认真分析当时的国内形势，知道农民深受地主豪强的压迫剥削，渴望过上一个太平的日子，便在这种形势下创立 “太平道教”并自称“大贤良师”（但同时他又称弥勒佛转世，成为佛道二教的混血儿），宣传他的想法，还招收了一些弟子，并让他们到各地宣传，利用符水治病 传教，联合更多农民，培养更多教徒，不断扩充自己势力。大约花了10年时间，张角将遍布青、徐、幽、冀、燕、荆、扬、兖、豫等全国8大州的数十万信教群众 秘密组织起来，分成36方，小方六七千人，大方约一万人，每方都有自己的首领（称为“渠师”）。“岁在甲子，天下大吉”，他们约定在甲子年（公元184） 三月初五，全国各地同时起义，并打上“苍天已死，黄天当立”的口号。“苍天”指的是当时腐朽的东汉王朝，“黄天”当然是指太平道。各地公共场所，城墙上， 城门上，到处出现“甲子”的字样，人心振奋，公元184年成了天下穷苦百姓的殷切盼望。
由于联合起来的农民没有很高的文化和觉悟，组 织不严密，中平元年（公元184），在他们起义前一个多月紧张的筹备阶段，内部出现了叛徒唐周，就像是基督教里的犹大，向政府变节告密，事机泄漏。不久 后，负责首都洛阳联络工作的马元义被捕并牺牲，遭受车裂极刑，另外还牵连到一千多群众惨遭杀害。面对突发事件，张角兄弟三人仓促间认为应先下手为强，决定 提前起义。各方首领接到张角的命令后，也在各地纷纷发动起义。起义军头裹黄巾作为标志，所以称为“黄巾军”，这次起义也就叫做黄巾起义。张氏兄弟三人随后 各自封了将军，分别以“天”“地”“人”命名，即张角为天公将军，张宝为地公将军，张梁为人公将军。各地起义军进攻的首选目标，便是当时统治者聚集的郡 县。他们烧官府，开粮仓，杀贪官，攻打豪强坞壁，没收官吏、地方豪强的钱财，释放囚犯，给东汉政府来了个措手不及。旬日之间，天下响应，气势浩荡。
全国各地正受起义军进攻和面临着危险的郡县，纷纷把告急文书递到京城洛阳。灵帝慌了，马上召集文武官员商量。整个朝廷一片混乱，不知如何是好，先急急忙 忙派重兵防守洛阳京畿之地。灵帝最后封外戚何进为大将军，主要将领还有皇甫嵩、朱、、卢植等，兵分几路对各地黄巾军进行镇压。但是，面对这么大规模 的全国性的农民起义，单靠灵帝派出的几路人马，根本抵挡不住起义军如狼似虎的进攻，最初官军损失严重。大将军何进无奈之下，不得不建议灵帝下诏书，允许地 方各州县招兵募马，以共同对付黄巾军。
黄巾军英勇奋战，张曼成南阳部、波才颖川部和张角兄弟亲自率领的冀州地区主力部曾不断获胜。张 角自己曾在广宗（今河北威县东）与北中郎将卢植相持，又击败东中郎将董卓。但由于缺乏作战经验，又没有正规的军事训练、精良的武器装备，最后还是被强大的 官方军队打败了。双方先后主要进行了三场重大战役：长社（今河南境内）之战——颖川黄巾军大败朱，试图趁胜追击皇甫嵩于长社，当时起义军数万人，城中守 城官兵才数千人，但还是久攻不下；黄巾军依草扎营，被皇甫嵩抓住机会，利用黑夜火烧兵营，数万人烧死或战死。广宗之战——在这场战斗中灵帝三易主帅，先卢 植再董卓最后皇甫嵩，期间黄巾军总指挥张角不幸病重而死，对义军是一个沉重的打击，群龙无首，军心涣散；皇甫嵩吸取前两位主帅的教训，对敌军主力部队毫不 懈怠，抓住时机，突袭对方，张梁在战斗中英勇抵抗最后壮烈牺牲，黄巾军3万人被杀，5万余人赴河溺死，黄巾军家属全部被俘；皇甫嵩还将张角“剖棺戮尸，传 首京师”。下曲阳（今河北晋县西）之战——趁着广宗战役的胜利，官军进攻张宝在下曲阳的部队，最后张宝战死，黄巾军战死和被俘的共10万余人。
黄巾军面临着中央和地方两批武装的共同大肆疯狂镇压，最后起义坚持了9个月，主力军基本被消灭，但是各地零星的黄巾军余部仍坚持战斗和抵抗了20余年。 中国历史上第一次利用宗教形式，有组织、有准备的大规模农民战争，给了腐朽的东汉王朝以沉重打击，破坏和瓦解了封建统治秩序，世界再也无法恢复到过去的状 态，东汉名存实亡，自此国家陷入一种无序混乱的状态，濒临彻底覆灭的边缘。