汉武帝晚年发生巫蛊之祸，主要有以下几方面原因：
政治方面：
皇权与外戚矛盾激化：汉武帝时期，卫青、霍去病等外戚势力因战功崛起，卫氏家族在朝廷中权势日盛。随着卫青、霍去病等相继离世，卫氏势力有所削弱，但仍具有一定影响力。汉武帝晚年对权力的掌控欲更强，对外戚势力的强大产生猜忌和防范之心。这种皇权与外戚的矛盾为巫蛊之祸的发生埋下了隐患。例如，在巫蛊之祸中，丞相公孙贺为了给儿子公孙敬声赎罪，亲自抓获了被通缉的阳陵游侠朱安世，却反被朱安世诬陷公孙敬声与阳石公主私通且行巫蛊之术诅咒汉武帝，导致公孙贺父子被论罪死在狱中，这也削弱了卫氏在汉廷内部的权势。
朝堂政治斗争复杂：汉武帝时期朝堂上政治斗争激烈，不同势力集团之间相互倾轧。巫蛊之祸成为了各方势力争斗的一个导火索，一些与卫氏家族对立的势力趁机落井下石，利用巫蛊事件打击卫氏及其支持者，以争夺政治权力和利益。
社会风气方面：
迷信之风盛行：汉代迷信风气浓厚，人们普遍相信巫蛊之术可以害人或治病。在这种社会氛围下，后宫佳人为了争宠或维护自己的地位，多与巫师勾结，使用巫蛊之术对付竞争对手，使得后宫之中巫蛊之事屡有发生。这种迷信行为逐渐蔓延到朝堂，甚至影响到了政治局势。
个人因素方面：
汉武帝晚年多疑：汉武帝晚年身体状况不佳，疾病缠身，这使得他的精神状态受到影响，变得多疑、敏感。他对身边的人不再信任，对各种可能威胁到自己统治和生命安全的因素都格外警惕。例如，汉武帝曾梦到有数千木人持手杖欲敲击他，醒来后便感到身体不舒服、精神恍惚且健忘，这使得他轻易相信了江充等人所说的巫蛊作祟的言论。
江充等奸佞小人的推动：江充是汉武帝的宠臣，与太子刘据关系恶劣。他害怕太子即位后对自己不利，于是利用汉武帝对巫蛊之术的迷信和恐惧，诬陷太子以巫蛊诅咒父亲，引发了巫蛊之祸。江充等人在调查巫蛊之事时，大肆制造冤假错案，使用各种手段逼迫他人认罪，使得事件不断扩大化。
沟通不畅方面：
父子间缺乏有效沟通：汉武帝晚年与太子刘据在政治理念上存在分歧，太子主张宽厚仁慈、与民休息，与汉武帝的强硬政策有所不同。但由于汉武帝经常外出巡游或养病，父子之间缺乏有效的沟通和交流，导致彼此之间的误解和矛盾不断加深。在巫蛊之祸发生时，太子刘据想要面见汉武帝解释，但被江充和苏文等人阻挠，使得太子无法自辩，只能被迫起兵，最终引发了严重的政治动乱。