今天所见的简牍文书，可粗分为官文书、私文书两大类，官文书又是行政文书的主体。官文书有纵向、横向划分之别。所谓纵向，是以其自身特征、功能为依据，大体可分六类：
（一）书檄类。书檄类是简牍文书中最活跃、最常用的类别。其主要特征是通行性，即它一旦被制作出来，必然要由此及彼运行，运行的方向、收件者都十分明确。常见者有书、檄、记、传、致、教等。
（二）律令类。简牍所见律令多以条款形式出现，包括律、令、科、品等，数量不多但内容比较集中，比较典型的是睡虎地秦简的《秦律十八种》、张家山汉简的《二年律令》等。秦汉律令研究之所以成为当下热点，从根本上说是源于律令类文书的不断发现。
（三）案录类。案录之类是对客观事物及言行的实录，有的还带有数据，皆有凭证备查功能，常见者有案、录、刺、志、课等。如汉简中所见的“功劳案”，是有关官吏功、劳的档案；如刺是谒见禀报的实录文书，尹湾简牍中有不少名刺出土，功能相当于今天的名片。
（四）簿籍类。簿籍属经济文书，如同今天的账簿、名册，服务于经济活动与行政管理，内容与会计、统计相关，在简牍文书中所占比例最多，常见者有簿、籍、算、计、校等。早期簿、籍混用，但两者各有侧重：簿通常以人或钱物的数量值为主项，籍大多以人或钱物自身为主项，数量为辅。
（五）符券类。符券为信用凭证，一式两份或多份，由当事各方分别持有，常见者有符、券、等。以契刻为合符形式者，称为“符”或“券”，或者是“符券”连称；以笔画线条为合符形式者，称为“傅别”或“”。
（六）检类。关于检类文书，上文中曾有所提及：检类文书的主题为标识文书，但也以公、私文书的面目出现。
所谓横向划分，指属于同一大类的简牍文书，又可从不同角度划分文种：按发文者划分（如皇室文书、官府文书等，皆冠以发文机构、官职或具体人名）、按事类划分（如日记簿、赐劳名籍之类，皆冠以某项事类）、按行文方向划分（如上书等，皆冠于行文方向）、按传递方向划分（如南书、北书等，皆冠以传递方向）、按简牍外形划分（如扁书、六寸符券等，皆冠以简牍外观形态或尺寸等内容）、按稿本形态划分（如上书副、定簿等）、按文书期限划分（如月食簿、四时吏名籍等）。
简言之，纵向划分以性质特征及功能为依据，横向划分侧重于按事类、发文者、稿本形态等方面，纵、横的交点往往是具体文件所在的坐标。
书檄类文书与簿籍类文书，尤其应引起我们的关注。簿籍类文书主要是户籍，及与之相关的各类簿籍，本书他处已有叙述，此处不赘。
书檄类文书大体可分下行文书、平行文书、上报文书三种。下行文书是上级向下级下达的晓谕指令，平行文书是同级机构间的公文往来，上报文书是下级向上级的申请述说。一般来说，下行文书多使用“下”、“谓”、“言”等动词，平行文书或同级文书多用“移”，上报文书中多有“敢言之”等字样。就书檄类文书而言，皇帝下达的命令文书级别最高。皇帝下达的命令文书有多种称谓，如策书、制书、诏书等，其书写方式的具体情况已难以知晓。日本学者大庭成功复原元康五年诏书册，对我们理解诏书的公文格式及下行程序提供重要线索。为直观了解汉代行政文书的样式，今将大庭复原的元康五年诏书册移录如下简文后缀数字系出土时编号，这是册书复原的重要依据之一。文字以《居延汉简释文合校》为准，为便于阅读，进行标点且标示人名、地名。“制曰可”一句，保持原文书抬头（即同一简牍中某些文字因特殊原因位置高于其他简文）格式；“中二=千=石”等句，保持原有的重文符号（“=”），所代表的文字是中二千石、二千石。：
御史大夫吉昧死言：丞相相上大常昌书言、大史丞定言。元康五年五月二日壬子日夏至，宜寝兵。大官抒井，更水、火，进鸡鸣，谒以闻，布当用者。●臣谨案：比原泉御者，水衡抒大官御井，中二=千=石=令官各抒别火10·27
官，先夏至一日，以除燧取火，授中二=千=石=官，在长安、云阳者，其民皆受，以日至易故火，庚戌寝兵，不听事，尽甲寅五日。臣请布，昧死以闻。5·10
制曰：可。332·26
元康五年二月癸丑朔癸亥，御史大夫吉下丞相，承书从事下当用者，如诏书。10·33
二月丁卯，丞相相下车骑将=军=、中二=千=石=、郡大守、诸侯相，承书从事下当用者，如诏书。少史庆、令史宜王、始长。10·30
三月丙午，张掖长史延行太守事、肩水仓长汤兼行丞事，下属国、农、部都尉、小府、县官，承书从事下当用者，如诏书。/守属宗、助府佐定。10·32
闰月丁巳，张掖肩水都尉谊以近次兼行都尉事，下候、城尉，承书从事下当用者，如诏书。/守卒史义。10·29
闰月庚申，肩水士吏横以私印行侯事，下尉、候长，承书从事下当用者，如诏书。/令史得。10·31
大庭复原的元康五年册书，不仅使事情的线索一目了然，上报、下行文书也蕴含其中。
册书的具体内容是：元康五年（前61）五月二日适为夏至，太史丞定建议应举行息兵、改水火等仪式。所以，御史大夫丙吉拟定息兵、改火等具体事项，并向皇帝（宣帝）请示。这一部分是典型的上报文书，是臣下因某事向奏请皇帝。“制曰可”一句，是皇帝对奏请的平复，即同意丙吉的奏请。这三枚简构成了典型的皇帝诏书。作为告谕性质的诏书有三类：一是皇帝直接下书给某官，二是臣子奏请、皇帝批准下达（如元康五年诏书册），三是臣子奏请、无皇帝批覆，但有“已奏，如书”等字样（即奏闻皇帝而下行）。第二类又是充分反映文书行政的基本史料。此后的五枚简是下令执行的下行文书，上级向下级下达一次命令，文书数量也就增加一份。改火、息兵之事系全国问题，故丞相向负责军事车骑将军、将军，以及中央九卿、郡国守相下达命令，这些官员在接到命令后再向下传达。册书中“三月丙午”以下三简，是张掖太守向郡内诸官（军事系统）传达命令的内容。皇帝诏书就从中央逐级下达到边境的最末端机构（燧），下达命令的示意图清晰可见：御史大夫→丞相→张掖太守→肩水都尉→肩水候（鄣候）→肩水候长→肩水燧长。张掖郡民政系统的下行程序，似应与军事系统无大差别：御史大夫→丞相→张掖太守→县令、长→乡→亭、里。命令下达到最基层的燧或亭、里后，还需要进一步的布告吏民百姓，即“明白大扁书乡市里门亭显见”、“明白扁书乡亭市里显见处”参见谢桂华、李均明、朱国：《居延汉简释文合校》，第230页；魏坚主编：《额济纳汉简》，广西师范大学出版社，2005年版，第230页。。换言之，上级下达的一些重要文书，如诏书等，要采用扁书或大扁书形式，在吏民百姓聚集或居住之处布告，要让百姓知道上级政令的内容。
如此，皇帝或朝廷的政令方针，通过文书运作而传达基层。同时，为了督促政令方针的施行，上级经常询问或核查下级，下级通过上报文书答复，这来来往往的文书运作，构成了文书行政的基本内容。比如，《居延新简》中有一较完整的册书甘肃省文物考古研究所等编：《居延新简——甲渠候官与第四燧》，文物出版社，1990年版，第487页。：
●甲渠言：府下赦令诏书。●谨案：毋应书。EPF22：162
建武五年八月甲辰朔 甲渠鄣候 敢言之。府下赦令EPF22：163
诏书曰：其赦天下自殊死以下诸不当得赦者，皆赦除之。上赦者人数、罪别之。EPF22：164
会月廿八日。谨案：毋应书，敢言之。EPF22：165
简文大意是说：居延都尉府下发赦令诏书给甲渠候官，要求将赦免殊死以下不当蒙赦者的人，全部赦免，并分别将赦免人数及罪名汇报上来。建武五年（29）八月甲辰日，经调查，甲渠候官上报说：本处没有应赦免者，谨言。这份文书是甲渠候官对上级机关（居延都尉）下发的赦令诏书的答复，其上级机关居延都尉再将汇总的情况向张掖太守上报，经层层上报后而汇总于朝廷的御史大夫，并由其上报皇帝。谷至以扇子为喻就此说道：以皇帝命令为首的下发文书呈扇状散布浸透，来自下级机关的上报文书则向扇轴集中上报；位于扇轴的是皇帝，扇子的形状就是中央集权国家。文书行政在维持、强固中央集权国家及其正常运作方面的意义由此得以凸显。
文书运作过程中邮传系统意义重大，邮传制度是文书行政运作的基础。“邮”、“传”、“置”等，是传递文书的机关；“以邮行”、“以亭行”、“驿马行”等，表示文书的传递方式。张家山汉简《二年律令·行书律》，是我们认识秦汉邮传制度的重要文献。根据交通条件、开发程度等因素，《行书律》中对邮的设置有不同规定：十里设置一邮，是设置邮的一般规定，针对长江以北地区；二十里设置一邮，针对南郡江水以南至索南水；三十里设置一邮，针对北地郡、上郡及陇西郡等地；设邮间距不确定者，主要针对边境、地势险狭等地区，可便利设置。各邮都有邮舍，供邮人传交文书和往来官吏住宿。
各邮配置一定数量的邮户，通常情况下是一邮12户，但长安大邮是24户，敬（警）室邮（传递紧急军事情况）是18户。邮户去世或离开，代替者拥有其田宅。邮人可免除徭戍，田租也可减免，主要以行书为职事。邮人按规定次序步行传递文书，一日一夜行二百里；如传递不符上述标准，或者是邮人滞留文书，都会受到一定的惩罚。一般来说，用“邮”传递的文书，多是紧急或重要文书；寻常文书多通过“传”传递。传又称驿传或传舍，设于交通路线之旁，为过往官吏提供食宿，也有文书传递之职能。《张家山汉墓竹简》［二四七号墓］，第169~171页。与“传”性质相近的是“置”，但“置”的级别高、功能更全，其是否普遍设置并无文献记载。从汉代悬泉置遗址及相关汉简来看，悬泉置有置、厩、传舍（悬泉置下设有悬泉驿）、厨等机构组成，既负责各类往来人员的食宿接待，更负责传递军情急报与各类文书。为了确保传递公文的保密与安全，以及保证文书被及时无误的传递，也就有封检、邮书刺（文书传递记录）等附属文书的发达。