广泛流传着这样的故事：“神风”在中国元朝时期曾两度施威，摧毁了元朝入侵者的船舰，将日本从危难之中解救出来。此后数百年中，日本人一直对“神风”顶礼膜拜，兴起了大规模拜神的活动。然而，最新的科学发现却否定了这个传奇故事。发表在英国《新科学家》周刊的一项考古新发现指出：拙劣的造船工艺和船体设计是导致元军舰队葬身鱼腹的主要原因。
元军征日，
忽必烈第一次远征日本公元1274年，忽必烈第一次远征日本，遇上台风，即日本人传说中的救了他们的“神风”。
历史记载，元至元十一年（1274年），元世祖忽必烈命凤州（今陕西凤县）经略使忻都、高丽军民总管洪茶丘，率900艘战船和1.5万名士兵，远征日本。元军在战争开始阶段取得了很多辉煌战果。
元军征日
井上靖这样记载：“（蒙古于）公元1274年十月初，占领了对马、壹岐两岛，继而侵入肥前松浦郡……使日军处于不利，不得不暂时退却到太宰府附近。元军虽然赶走了日军，但不在陆地宿营，夜间仍回船舰。当元军回到船舰后，恰遇当夜有暴风雨，元舰沉没两百余只，所余元军撤退，日本才免于难。”
台风乍起之时，由于不熟悉地形，元军停泊在博多湾口的舰队一片混乱，不是互相碰撞而倾翻，就是被大浪打沉。午夜后，台风渐停，但暴雨又降，加上漆黑一片：落海兵卒根本无法相救。忻都怕日军乘机来袭，下令冒雨撤军回国。此役，元军伤亡达1.35万人。日本史书称之为“文水之役”。
第二天早上，日军在太宰府水域列阵，但不见元军进攻，派出侦察人员始知博多湾海面已无元军船只，元军撤退了。日本朝野对突如其来的台风赶走元军十分惊喜，在全国范围内展开了大规模拜神活动，称之为“神风”。
忽必烈第二次远征日本
至元十八年，忽必烈第二次东征日本，两个月之后，又是一场巨大的台风让元军惨败。
当时，忽必烈以日本杀使臣为由，结集南宋新附军10万人组成一支大军远征日本。兵分两路，洪茶丘、忻都率蒙古、高丽、汉军共4万，从高丽渡海。阿塔海、范文虎、李庭率新附军乘海船900艘，从庆元（今浙江庆元）、定海启航。高丽国王为元朝提供了1万军队，1500名水手，900艘船和大批粮食。然而，日军已有前次抗击元军的经验，他们在箱崎、今津等处沿岸构筑防御工事，并以精锐部队开进志贺岛，与东征元军进行激烈战斗。
元军因内部高丽、汉、蒙古统帅之间的矛盾而不能协调作战。这样，元军在毫无隐蔽的情况下，每前进一步都要付出沉重的代价。双方对峙达两个月之久，元军没有看到胜利的希望。两个月之后，一场巨大的台风袭击了库树海岸，元军企图再次撤到海上，但他们这次的努力是徒劳的。
在此次台风袭击下，元军东路军损失三分之一，江南军损失一半，一些靠近海岸的士兵被日本人屠杀或溺死。汉文史料也记载，由于元军战船“缚舰为城”，因而在“波如山”的台风袭击下“震撼击撞，舟坏且尽。军士号呼溺死海中如麻”。元军第二次东征日本又以惨败而告终。
元军征日
元军征日失败原因
据汉文史料记载，至元十一年正月，忽必烈命令高丽王造舰900艘，其中大舰可载千石或四千石者300艘，由金方庆负责建造；拔都鲁轻疾舟（快速舰）300艘，汲水小船300艘，由洪茶丘负责建造。并规定于正月十五日动工，限期完成。六月，900艘军舰完工。
当时，造船业发达的中国江南及沿海地区尚未被忽必烈完全征服，部分地区仍在南宋军队的控制之下。所以，忽必烈不得不将造船的任务交给技术较为落后的高丽人。一方面，高丽人对于造船很反感，认为元朝出兵日本肯定会要求高丽参战，这必将给高丽人带来沉重的负担。另一方面，让造船技术落后的高丽人在如此短的时间内完成如此艰巨的任务实属难事。高丽人只得在匆忙间敷衍了事，这些舰船的质量也就可想而知了。
元朝军队的大多数战舰都是平底河船，采用了当时较为流行的水密隔舱设计，而此种战舰的结构并不适于航海作战。所谓水密隔舱，就是用隔舱板把船舱分成互不相通的一个一个舱区，舱数一般为8个或13个。它大约发明于唐代，宋以后被普遍采用。虽然该结构便于船上分舱，有利于元军在航海途中进行军需品的管理和装卸，但是舱板结构取代了加设肋骨的工艺，简化了主体结构，削弱了船舶整体的横向强度。佐佐木指出：“迄今为止，我们还没有在高岛附近海域发现V字形远洋船的龙骨，我们可以想象那种为内河航运而设计的船遭遇海中大风浪时将会出现何种混乱的情形。”
佐佐木还发现：战舰残骸的碎片没有一块超过3米，大多数碎片都在10厘米到1米之间。他据此推测，元军战船可能采用了类似新安古船的一种“鱼鳞式”船壳结构形式。其船壳板之间不是平接，而是搭接的。这种结构在巨浪的拍击之下容易碎裂。佐佐木表示，对沉船遗址的现有研究只是冰山一角，他希望能够借助声呐和雷达，得以更深入地了解当时元军的造船技艺，进而破解沉船真相。