对于成吉思汗的死因，以前最流行的有三种说法：
1、被马踩死
蒙古人撰编的《元朝秘史》（卷十四）记载，成吉思既住过冬，欲征唐兀。从新整点军马，至狗儿年秋，去征唐兀，以夫人也遂从行。冬间，于阿儿不合地面围猎，成吉思骑一匹红沙马，为野马所惊，成吉思汗坠马跌伤，还被后面的马所踩，伤重身亡。
2、被雷劈死
蒙古人迷信“上天以雷电警告不孝者”，成吉思汗因惹母亲生气导致母亲去世，有不孝之嫌，所以特别害怕雷电。但越怕什么越来什么，1227年夏天，成吉思汗在外行军时遭遇大雨，被雷电劈死!
3、被西夏王妃咬掉生殖器而死
据俄罗斯历史学家搜集的资料表明，成吉思汗在西夏作战时俘获一西夏后妃，在猥亵她时，这位后妃一口咬掉成吉思汗的生殖器。成吉思汗怕丢人硬忍着不叫，血流而死!西夏王妃投河自尽。
但据有关专家最新研究成果，成吉思汗确实被雷劈过，但没有劈死；也跌落过马，但没摔死；也被西夏王妃咬过下体，但只咬掉了一半，人并没有死。成吉思汗的真正死因是被其三子窝阔台毒死。成吉思汗一开始立窝阔台为大汗继承人，但后来又想立自己最喜欢的四子拖雷，窝阔台知道后，为了维护自己的地位，一不做二不休，在成吉思汗所送的饭菜中下毒，将其毒死。之后，又嫁祸于人同时也是杀人灭口，将当日守卫成吉思汗大帐的亲兵随从统统杀掉。 历史就是这样的残酷，可怜“一代天骄”竟然被自己的亲生儿子毒死。后来拖雷也遭到窝阔台的毒手。1232年拖雷在率军打击金军的回去途中，被窝阔台所派之人秘密毒死，对外宣称病死，可怜拖雷死时年仅39岁。这个窝阔台对于下毒很在行啊。其父和其弟都是被他毒死的。