公元1069年（熙宁二年二月），赵顼任命王安石为参知政事，主要负责变法事宜。同时调整了人事安排，组成新的执政班子。变法措施大概分为三个部分：即富国之法、强兵之法和取士之法。随后新法逐渐出台。新法刚一出台，便招来朝野间一片指责和谩骂，不仅从内容和效益上对新法进行非难，而且在思想、道德上大肆指责，说王安石“变祖宗法度”，“以富国强兵之术，启迪上心，欲求近功，忘其旧学”，“尚法令则称商鞅，言财利则背孟轲，鄙老成为因循，弃公论为流俗”。在朝议纷纷面前，王安石不为所动，喊出了“天变不足惧，人言不足恤，祖宗之法不足守”的口号，赵顼对王安石表示支持，说：“人臣但能言道德，而不以功名之实，亦无补于事。”主张道德与功名并重，反对守旧派空言道德、在政治上无所作为的做法。
在两派争议当中，赵顼先后罢退了一批对变法持否定意见的官员：如御史中丞吕公着“以请罢新法出颍州”;“御史刘述、刘琦、钱锣、孙昌龄、王子韶、程颢、张戬、陈襄、陈荐、谢景温、杨绘、刘挚，谏官范纯仁、李常、孙觉、杨宗愈皆不得言，相继去”;“翰林学士范镇三疏言青苗，夺职致仕”;欧阳修乞致仕，“乃听之”;“富弼以格青苗解使相”;文彦博言市易与下争利，“出彦博守魏”。
公元1070年（熙宁三年），擢王安石为同中书门下平章事，位同宰相，让其有了更大的权力，于是农田、水利、青苗、均输、保甲、免役、市易、保马、方田等新法先后颁行天下，变法进入了高潮。
为了及时有效地制定和推行新法，赵顼特命设置了“制置三司条例司”，即制定户部、度支、盐铁三司条例的专门机构，由王安石和知枢密院事陈升之主持。
在这个机构中，赵顼听从王安石的举荐，起用了吕惠卿、章敦、蔡确、曾布、吕嘉问、沈括、薛向等一批新人。