不过后来如何粉饰，清军屠杀扬州百姓的罪状都是不可否认的，面对清军的猛攻，死守城池的史可法最终不敌，那么最终史可法下落如何呢？
扬州城破之后，有关史可法的下落成为一个千古不解之谜。当时人洪承畴就曾发问："果死耶?抑未死耶?"此后关于史可法去向的记载、传说颇多。
"数点梅花亡国泪，二分明月故臣心。"这是扬州史公祠里的一副著名的对联。梅花、明月、亡国、故臣，这些苍凉悲切的词藻，使人油然想起二百多年前以身殉国的那位民族英雄。
史可法，字宪之，号道郐，明万历三十年(1602)生于河南祥符，即今开封。他的先人在明太祖时做过锦衣百户，官虽不高却是皇帝近臣。祖父是万历间举人，做过知州，为官清廉。父亲没有什么功名，是个本分人。史可法的祖父曾说过："我家必昌!"可知家人对于史可法的出生是充满了期望的。然而在史可法出生之际，不仅家运不昌，国运更糟。崇祯十七年(1644)三月十八日，李自成率领农民军攻破北京，崇祯帝次日凌晨吊死在煤山的一棵槐树上。史可法一心想苦苦支撑的明王朝大厦，一夜之间哗啦啦倒塌下来。
顺治二年(1645)初，摄政王多尔衮命令豫亲王多铎，按原定计划，由西安掉转兵锋，直下东南，往取南京以消灭南明弘光政权。弘光政权是南方的明朝官僚勋贵，得悉北京沦陷、崇祯帝殉国的消息后，在南京拥立福王朱由菘政权，接续明朝正统，年号弘光。
是年七月，多尔衮致书南明"领袖名流"、东阁大学士、督师扬州的史可法，责怪其拥立福王称尊为非法，应立即削号归藩，则"永绥福禄"。并引诱说如"南州群彦翩然来仪"，即南明臣僚投降我清朝，则像对待降清的吴三桂那样，"列爵分土"。警告史可法"取舍从违，应早审定"，而"南国安危，在此一举"。这是劝降书，史可法虽然不为其所动，却仍然天真地幻想着能"坚同仇之谊，全始终之德，合师进讨，问罪秦中"。但同时也表示了忠心报国的态度："法处今日，鞠躬致命，克尽臣节"。
顺治二年(1645)正月，被清收买的明总兵许定国诱杀了明江北四镇将之一的兴平伯高杰。史可法痛失一位收复失地之志甚坚的抗敌将领，深感清兵会随时南下，必须加强河防。乃紧急调兵遣将，部署堵御事宜，不料行动神速的多铎已率兵杀来。多铎于二月初八日奉旨往取南京，分兵三路挺进，三月二十二日取归德(今商丘市南)，二十九日下颖州(今阜阳)。
四月十九日，多铎大兵将扬州包围。为了活捉史可法，多铎下令诸军暂缓攻城。在此之前，多铎已遣使致函史可法，署称"豫王致书史老先生阁下"，史可法却将其书转呈朝廷。后多铎又接连五六次发出招降书，但史"皆不启，投之火中"。至此，多铎无奈之下，又令明降将李遇春持书前往扬州城下劝降。史可法怒斥其变节通敌。李遇春说："公忠义闻华夏，而不见信于朝，死何益也!"史可法大怒，令发箭射李。
多铎在屡屡招降失败后，知道史可法殉国之志不可移，于是加紧攻城。二十五日，扬州城破随后的几天，因恨扬州兵民固守，抗命不服，多铎命清军大开杀戒，留下了屠戮扬州十日的历史记录。
有的说，史可法于城破时出城逃生。具体出逃过程又各执一端。一为缒城出走，计六奇在《明季南略》中记曰：四月二十五日，清兵诈称明总兵黄蜚的援兵到，史可法令开西门放行，清兵进城，即攻击明军。史可法于城上见此状况，知无可挽回，即拔剑自刎，左右相救，遂与总兵刘肇基缒城潜去。二是跨骡出城，乾隆《江都志》载扬州故老所言：城被破时，史可法"跨白骡出南门"，为此还有人赋诗云："相公誓死犹饮泣，百二十骑城头立，瞬息城摧铁骑奔，青骡一去无踪迹。"
康熙年间孔尚任《桃花扇》，则认为史可法是沉江而死。史可法出城后，骑马渡河，因马蹶落水溺死。或说他出东门遇清兵堵截，自觉无望，即赴水自尽。
还有说清兵破扬州时，史可法便销声匿迹，不知所终。计六奇于顺治六年(1649)外出，途中坐船遇一嘉兴人，自称是当年扬州抗清失败后逃出来的，他说城破时史可法下落不明。
一般史家通过对清代的史料加以分析，认为史可法于扬州之役被俘遇害。《清实录》云："攻克扬州城，获其阁部史可法，斩于军前。"《明史》说，史可法自刎未遂，被部将拥至小东门，为清军抓获，史可法大呼："我史督师也。"遂遇难。还有史可法嗣子史德威著《维扬殉节纪略》记述道，扬州城陷时，史可法自刎未遂，为清军捕获。多铎对史可法"相待如宾，口呼先生"，并劝降说："为我收拾江南，当不惜重任也。"
史可法答曰："我为天朝重臣，岂肯苟且偷生，作万世罪人哉!我头可断，身不可屈""城亡与亡，我意已决，即劈尸万段，甘之如饴"，丁是被杀。此外，史可法于四月二十日左右写过五份遗书以及给其母亲、夫人、叔父兄弟及致嗣子史德威的书中，都表示了"一死以报国，固其分也"的坚定态度。可见他早就抱定一死之心，说他得以逃生似不可信，且其部将刘肇基在扬州城陷前已中流矢而亡，不可能与史可法一同"缒城潜去"。