孔四贞的苦难还没有结束，她被掳到了昆明，名义上是保护她的安全，实际上却形同软禁。孔四贞被幽禁了6年，直到三藩之乱平定后，才孑然一身回到了京师。有野史说她被康熙收入后宫，其实这不过是无稽之谈，回京时的孔四贞只是个人老珠黄的寡妇，也失去了政治利用价值，是不可能被康熙看上的。
孔四贞的晚景颇为苍凉，早在她举家前往广西后，清廷便将她的名分由和硕格格降为郡主，并明确下不为例。失去了皇恩的庇佑，又无夫无子，她心如枯井，冷清度日。康熙五十二年（1713），孔四贞走完了她传奇又凄凉的一生。
传说孔四贞死后葬在京西公主坟，此说一直流传于民间。公主坟的主人到底是不是孔四贞呢？
1965年，北京修建地铁，工地施工经过公主坟。人们发掘时，惊异地发现公主坟有两位公主的墓葬。这两位公主不是传说中的民间公主，也不是孔四贞，而是嘉庆皇帝的女儿庄敬和硕公主和庄静固伦公主。庄敬和硕公主是嘉庆第三女，她于嘉庆六年（1801）下嫁蒙古亲王索特纳木多布济，嘉庆十六年（1811）卒，享年31岁。
庄静固伦公主为嘉庆第四女，于嘉庆七年（1802）下嫁蒙古族土默特部的玛尼巴达喇郡王，嘉庆十六年（1811）卒，享年28岁。两位公主同年相继逝世，所以葬在了同一处地方。
既然孔四贞没有葬在这里，那她究竟魂归何处？史书上对此并没有明确记载。据考证，她有可能葬在了阜城门外的孔王坟、其父孔有德的墓旁，历经了半生富贵、半生凄凉之后，她最终回到了父亲的身边。
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