谜团之一，罕王仓促迁都只为保江山龙脉？
公元1621年，努尔哈赤率领八旗大军以锐不可当之势挺进辽东，并将都城从赫图阿拉迁至辽东重镇辽阳，大兴土木，修筑宫室。然而，出人意料的是，1625年三月初三早朝时，努尔哈赤突然召集众臣和贝勒议事，提出要迁都盛京（今沈阳），诸亲王、臣子当即强烈反对，但努尔哈赤坚持自己的主张。
努尔哈赤为何如此“仓促迁都”？民间一直流传:努尔哈赤深信“传统风水”，按照风水先生的指点，他在当时的东京城西南角修建娘娘庙；在东门里修建弥陀寺；在风岭山下修建千佛寺，想用三座庙把神龙压住，以保龙脉王气。但是，三座庙宇只压住了龙头、龙爪和龙尾，城里的龙脊梁并没被压住。于是龙一拱腰，就要飞腾而去，一直向北飞到浑河北岸。罕王以为龙是奉天旨意，命他在龙潜之地再修造城池，于是一座新城便拔地而起，并将此命名为“奉天”。又因为浑河古称沈水，而河的北岸为阳（风水中有关阴阳的规定为:山的南面为阳、北面为阴，水的南边为阴、北边为阳），所以又称“沈阳”。
当然，传说似乎过于神奇，但国家清史编纂委员会委员李治亭教授和沈阳故宫博物院研究室主任佟悦表示，历来建都建城，风水都是放首位的。沈阳在浑河之阳，上通辽河，辽河又通大海，可谓是一块“风水宝地”。
但是两位专家同时又指出，努尔哈赤迁都沈阳，更主要的目的应该是出于战略进取上的考虑。首先，沈阳乃四通八达之处，其地理位置对当时的满族而言非常有利，北征蒙古，西征明朝，南征朝鲜，进退自如。其次，原先的都城辽阳满汉民族矛盾冲突严重，而沈阳当时还只是个中等城市，人口少，便于管理，这样可以避免满汉矛盾的激化。
谜团之二，沈阳故宫究竟何年开始建造？
由于史料没有任何明文记载，沈阳故宫究竟何年开始建造，一直是历史上的一大悬案，也是历史学家们争论的一个焦点。
沈阳故宫博物院研究室主任佟悦说，这可能是因为修建皇宫是件劳民伤财的举动，清代统治者认为不值得提倡，而且修建宫殿本身也就是为皇帝建个家，没必要将具体建造年份写进史书。然而几年前，鞍山市文物站的一位工作人员在当地发现了一本《侯氏宗谱》，其中关于修建辽阳东京城和沈阳盛京城的记载非常详细。据《侯氏宗谱》记载，负责为沈阳故宫烧制琉璃瓦的侯振举家族是“于天命九年间迁至沈阳，复创作宫殿龙楼凤阙以及三陵各工等用”。有专家据此推断，沈阳故宫应该是在天命九年，也就是1624年开始建造的。
2003年1月15日，沈阳晚报发表了一篇题为《沈阳故宫到底建在哪一年？》的文章，经沈阳故宫博物院院长、清前史专家支运亭研究员多年研究，认定沈阳故宫的始建年代应为1624年（天命九年）。
但佟主任却不赞同这一说法，他认为，《侯氏宗谱》中所说的“天命九年”指的是侯振举一家迁居沈阳的时间，而不是说侯振举搬到沈阳后就立即开始建造故宫。佟悦认为，沈阳故宫应该是从1625年开始建造的，理由有二:首先，1624年，东京城还没有建好，许多贝勒、大臣都还在忙着建自己的住所，努尔哈赤在没有下达迁都命令之前，不可能在沈阳建造故宫；其次，努尔哈赤居住在位于城北的罕王宫，而不是故宫里。如果沈阳故宫1624年就开始修建的话，那么努尔哈赤为什么不住在故宫里反而要在故宫城旁居住？