且不提与康熙尚无关系的扬州十日、嘉定三屠，只说康熙在平定三藩时，清军对平民的屠杀，从许多记载来看也是相当惊人。这里不必长篇大论，就引两则相关史料也可见一斑。
《清史稿.王骘传》里记载的王骘在康熙的上疏中说“四川祸变相踵，荒烟百里，臣当年运粮行间，满目创痍。自荡平后，修养生息，然计通省户口，仍不过一万八千余丁，不及他省一县之众”
这份上疏是什么时候写的？所谓当年运粮行间是什么，荡平是指什么时候的荡平？这些问题我们继续查一下《清史稿》的原文就知道了。“王骘，字辰岳，山东福山人，……康熙五年，典试广东。历刑部郎中。十九年，出为四川松威道。时征云南，骘督运军粮，覆舟坠马，屡经险阻，师赖以济。”
“时以太和殿工，命采蜀中鼓尽ｆ锶腙睿疏言：四川祸变相踵……”
可见这份上疏就是在康熙平定三藩之乱以后，所谓“当年运粮行间”，就是指康熙十九年“出为四川松威道。时征云南，骘督运军粮”，那么这个所谓的荡平自然就是指康熙时期清军镇压吴三桂反抗，荡平四川云南了。
荡平之后，“通省户口，仍不过一万八千余丁，不及他省一县之众”，这个时期四川人口的损失，平民的死亡显然和清军是脱不了干系的。
其实不仅是四川，其他相关地区也遭受类似的厄运，比如江西百姓遭受屠戮的数量就不少，康熙十八年，浏阳县知县曹鼎新说“自甲寅吴逆倡乱，……以至王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分，老幼死于锋镝，妇子悉为俘囚，白骨遍野，民无噍类”。
这里说的就更明确了“王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分”，联系到清军一向有屠杀平民的传统，再加上清朝方面的官员也不会故意抹黑清朝自己，所以这类记载的真实性是没有疑问的。无论以什么理由作为借口，如果一个皇帝手下的军队有大肆屠杀平民的行径，那么这样的皇帝再将其称为仁爱，那也是很不妥当了吧。