1644年10月，年仅七岁的顺治帝在北京南郊告祭天地，即皇帝位，向天下宣布“兹定鼎燕京，以绥中国”，标志着清朝正式入主中原。此后清朝开始进行长期的统一战争，但在清朝前期，这个王朝最大的敌人既不是南明，也不是李自成、张献忠的起义军，更不是吴三桂，那么这个王朝最大的威胁到底是谁呢？
其实清朝前期最大的威胁并非南方的反清复明势力，而是来自西边漠西蒙古准噶尔部，这一点从时间上就能看出来！清朝对付南明用了39年（1644年至1683年收复台湾），对付李自成的农民军用了20年，对付张献忠的农民军用了18年，对付吴三桂用了8年，而为了对付准噶尔部，竟然用了将近百年，历经康熙，雍正，知道乾隆年间才将其彻底平定！准噶尔部讲究是怎样的部落呢，他又为何能与清朝相持百年之久？
明末清初的时候，蒙古分为三部，漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三部。漠南蒙古大致相当于今天的内蒙古，漠北蒙古相当于今蒙古国，而漠西蒙古呢，它大概占据今天的新疆、西藏以及中亚地区。漠西蒙古分为四大部，准噶尔、和硕特、土尔扈特、杜尔伯特，其中准噶尔的势力颇为强大。
明末清初之际，当清朝在东北崛起的时候，准噶尔部在西北同样强大起来，他们欺凌土尔扈特部，把他们赶到了伏尔加河流域，接着又侵占杜尔伯特的领地，通过不断的对外扩张，准噶尔已经占据北接额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游，南至西藏阿里地区，西包巴尔喀什湖，东至蒙古萨彦岭及色愣格河流域，拥有将近四百余万平方公里的土地。
但此时的准噶尔颇为低调，对清朝依然采取纳贡称臣的举措。但随着其首领的病死，其内部发生夺位之战，就在此时，已经出家的噶尔丹成为准噶尔部新的首领。噶尔丹继承汗位后，雄心勃勃，对漠北蒙古喀尔喀部进行战争，意图统一蒙古诸部，重新建立一个强大的蒙古帝国，甚至想与清朝一决高下，从而入主中原！
康熙帝此时已经看出噶尔丹的威胁，为此他先后三次亲征，大败噶尔丹。东征受挫的噶尔丹的四面楚歌，他的侄子策妄阿拉布坦也在背后“捅刀”，噶尔丹被迫服毒自杀，他的妻子女儿向清朝投降。在影视剧中噶尔丹娶了清朝的公主，必须说明这是虚构的。
噶尔丹虽死，但准噶尔的势力并未减弱，策妄阿拉布坦与他的儿子噶尔丹策零继续统治准噶尔部。准噶尔部开始进犯西藏、青海等地，与清朝的战争又起，康熙帝甚至派出自己的第十四子为大将军王，率军平叛，此后雍正帝又派亲信年羹尧坐镇西北。至1734年，清朝与准噶尔部议和，双方甚至划定可边界。
但随着噶尔丹策零的死，准噶尔又爆发了夺位之争，严重削弱了自身实力。乾隆帝此后再次用兵，并派出大将兆惠为帅。至1757年，兆惠率军占领乌鲁木齐，此后他又平定策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳的叛乱，彻底将准噶尔部平定。不久新疆又爆发大小和卓的叛乱，清朝为巩固在新疆的统治，设立伊犁将军、塔尔巴哈台领队大臣等职务，将新疆正式纳入中央朝廷的直辖统治之下！