康乾时期的君主专制达到历史顶峰。康熙时着手整顿吏治，恢复京察、大计等考核制度;派心腹包衣（即家奴）如曹寅、李熙等人打探地方物价、人民收入与官绅不轨之事，并以密折奏报，此即密折制度的萌芽，到雍正时期趋于完善。
在中央，由于皇帝推崇乾纲独断，导致内阁形同虚设，清初还保留政大臣共同议政的形式。康熙设立南书房，实际上成为皇帝的机要秘书处。雍正时设军机处，为政府最高决策机构，而军机大臣也是“跪受笔录”。乾隆时期直接撤销议政王大臣会议，政治权力全部掌握在皇帝手中，成为清代中央集权制度的顶峰。明清虽然不设宰相，但是明代内阁大学士就有宰相之实，而清朝只有内阁大学士兼军机大臣才有宰相之实，可见清代对大臣的管制之严。而三代帝王更是充分利用秘密访查、秘折上奏等方式以秘治秘、秘密治理力求最大限度的加强社会控制。
地方
清朝在地方每省设巡抚（有的一省或几省还设总督），这种制度在雍正时期确立。总督、巡抚的权力很大，手握一省或几省的军政大权，但是清代有严密的监察体系和措施（包括御史制度和密折制度），所以清代地方权力虽大，但是一直是效忠中央。
康乾时期的政治制度一直保持着高效的办事效率，且没有出现地方督抚叛乱的情况，即便是遭受列强侵略，国家并无分裂，可以看出康乾制定的政治制度是成效的。
但时，当欧美国家纷纷走上民主政体，消除专制制度时，康乾盛世的三位帝王却在一步步收紧权力，18世纪，中国的君主制度发展达到顶峰。这种体制缺少约束和监督机制，而过度的中央集权制度严重地阻碍着资本主义的发展。此时康乾盛世却是另一番景象，官吏以权谋私，权钱交易。贪污腐化，贿赂行私层出不穷，最终不仅导致中国传统社会的发展陷于停滞，而且严重阻滞了中国由传统向现代的变革之路。加以国际大势剧变，清朝已濒于西方列强宰割的绝境。从这可以看出康雍乾的政治制度虽卓有成效，但却不合时宜，大开倒车。