崇德八年（公元1643年）农历八月九日，皇太极像平常一样忙碌:先是接见和赏赐了土默特部落前来贡马的甲喇章京大诺尔布、小诺尔布等十五人以及他们的随从;之后，他奖励了护送格隆喇嘛来盛京的土默特部落车克车章京所属诺木习礼和从人;随后他同皇后、诸妃在崇政殿召见远嫁察哈尔、科尔沁蒙古的固伦公主，并挑选最好的绸缎赏赐固伦公主和科尔沁一同来朝的福妃、贤妃及诸福晋。这一天，他没有表现出任何异常。
而就在这天夜里，皇太极端坐在正寝清宁宫东暖阁的南炕上离世，年仅五十二岁。
史上最离奇香艳的谋杀传闻
皇太极从小身体很好，中年以后身体发福，有些偏胖，官方史书从未记载过他有任何病史，而后有关的清代官修史书几乎都记载说皇太极死时是无疾而终。后世野史更将皇太极之死说成是被多尔衮或多尔衮与庄妃谋害，演绎成了一起香艳离奇的谋杀事件。金大侠的《碧血剑》中更是活灵活现地写到，是袁承志亲眼见到皇太极赶到庄妃的寝宫，被正在和庄妃幽会来不及逃走的多尔衮行刺而死。凭什么这样说呢？不过是因为大妃阿巴亥之死、孝庄下嫁多尔衮两件谜案。大妃阿巴亥是否是被皇太极逼死的，我们在之前已经讲过了。那么，孝庄下嫁多尔衮就更不足以作为两人谋害皇太极的理由了。皇太极死时，顺治年幼，皇太极的几个兄弟手握兵权对皇位虎视眈眈。孝庄皇后为了保全顺治的皇位下嫁给实力最强的多尔衮，并封多尔衮为摄政王。得到多尔衮的帮助后，顺治的皇位得到了保证，顺利成为第一个入关进京登上帝位的满清皇帝。而多尔衮一直到死时，都没有对皇位产生不轨的念头，可以说孝庄皇后的下嫁功不可没。
可见，皇太极是被多尔衮或多尔衮与庄妃合谋害死的传说是毫无根据的。
皇太极真正的死因很可能是痰疾
从崇德五年开始，清史的记载中屡次出现圣躬违和或圣躬不豫的字样。
第一次圣躬违和：崇德五年农历七月二十七日，皇太极第一次圣躬违和，到安山（今鞍山）温泉疗养。
第二次圣躬违和：崇德六年农历八月，松山大战前夕，明十三万大军来势汹汹，前线告急。皇太极调集各路人马，决定亲自前往前线坐镇指挥。本来定于农历八月十一日出发，不巧他患上鼻衄（即鼻出血），血流不止，不得不将出发的日期一拖再拖。八月十四日，出血仍未缓解，而前线军情告急。皇太极抱病出征，一路急行，三天后，病情才有好转。
第三次圣躬违和：崇德七年（公元1642年）农历十月二十日，圣躬违和，肆大赦。凡重辟及械系人犯，俱令集大清门外，悉予宽释。显然皇太极这次病得相当重，不但用大赦的方式上向天祈求康复，而且都察院的官员们还上疏建议:皇上不必事必躬亲，可让各旗、六部诸大臣处理一些日常事务，至军国大事再向皇太极奏闻，以减轻政事活动，得以静心休养。
明显感觉力不从心的皇太极不得不同意了这份奏疏的建议，决定以后的政事由和硕郑亲王代善、和硕睿亲王多尔衮、和硕肃亲王豪格、多罗武英郡王阿济格合议处理。
这是一次重大的行政体制的变革。通过这次变革，皇太极基本上交出了处理日常行政事务的大权。这证明他确实病得不轻，或者是宸妃的死，促使他重新掂量生命中的轻与重。当明白死亡正在逼近之时，对生命的依恋之情就会油然而生。
第四次圣躬违和：同年农历十二月，皇太极率众往叶赫出猎，到达一个叫开库尔的地方时，又圣躬违和了，随同前往的诸王、贝勒、大臣都请求停止行猎返回盛京，但皇太极因为此行没有收获，不愿空手而归。就在大家左右为难的时候，年仅五岁的皇九子福临射中一狍，当年一箭可射穿两黄羊的皇太极见状，心中大喜，这才与众人启驾还宫。
第五次圣躬违和：崇德八年正月初一，因皇太极圣躬违和，免群臣的新春朝贺礼。命令和硕亲王以下副都统以上诸人前往堂子，代替自己向上天和历代祖先行礼祈祷。
第六次圣躬违和：农历三月十七日，因圣躬违和大赦，死刑犯以下的人都得到了赦免。
第七次圣躬违和：农历四月初一日，圣躬违和，连续两天向盛京城及境内各地的寺庙祷告，施白金。
农历四月初六日，皇太极遣人至李氏朝鲜世子馆中，要求朝鲜方面进贡一种名为竹沥的药材，并且选派名医前来会诊。而据李氏朝鲜方面的史书记载，皇太极所遣传谕诏令的人曾经告诉李朝世子说皇太极患有风眩之病。
竹沥是竹子中的汁液，入药可镇咳，祛痰。从崇德七年开始，明清处于最后争夺的关键时期，事务繁多，皇太极夙兴夜寐，宵衣旰食，加逢丧妃之痛，难免痰火上升而头晕目眩，病情加重。如果李氏朝鲜方面的史书记载无误的话，那么皇太极很可能死于痰疾。
崇德八年开始，圣躬违和的次数越来越频繁，这说明皇太极的病连续发作。但是从四月开始，这种情况似乎得到了缓解，皇太极的身体状况相对平稳，所以官方史书才会有无疾而终的说法。