顺治七年十一月，多尔衮出猎古北口外。行猎时坠马跌伤，医治不得要领，十二月初九日死于喀喇城，享年只有39岁。灵柩运回北京，顺治帝追尊他为义皇帝，庙号成宗。多尔衮的葬礼依照皇帝的规格举行，埋葬在北京东直门外（今新中街三条3号附近）。
多尔衮弥留之际，他的同胞兄长阿济格当时在他身边，两人有过密谈。多尔衮刚一断气，阿济格立即派自己统帅的三百骑兵飞驰北京，颇像发动军事政变的动作。大学士刚林身为多尔衮的心腹，洞悉此中底细，立即上马飞奔进京，布置关闭城门，通知诸王做好防变准备。顺治帝听从王爷们的建议，将三百飞骑收容在押，诔杀殆尽。阿济格随多尔衮的灵柩进京时，立即成了囚犯，被送入监牢幽禁。他在监狱中企图举火，被赐令自尽。这个举动剪除了多尔衮的嫡派势力，清算多尔衮也从此开始。
多尔衮与顺治小皇帝如何结怨的
顺治八年正月，多尔衮的贴身侍卫苏克萨哈向顺治皇帝递上一封检举信，揭发多尔衮生前曾与党羽密谋，企图率两白旗移驻永平（今河北卢龙县），阴谋篡夺;又说他偷偷地制成了皇帝登基的龙袍服装，家中收藏着当皇帝用的珠宝。
这时只有13岁的顺治皇帝，第一次亲理朝政。他召集王爷大臣密议，公布郑亲王济尔哈朗等的奏折，抖数多尔衮的罪状，主要是显有悖逆之心。少年天子福临向诸位王爷宣告说：多尔衮谋逆都是事实。多尔衮被撤去帝号，他的母亲及妻子的封典全都被削夺了。
当时在北京的意大利传教士卫匡国在《鞑靼战纪》中记载说：顺治帝福临命令毁掉阿玛王（多尔衮）华丽的陵墓，他们把尸体挖出来，用棍子打，又用鞭子抽，最后砍掉脑袋，暴尸示众，他的雄伟壮丽的陵墓化为尘土。1943年夏天，盗墓者曾将多尔衮陵墓的正坟挖开，只见地宫中摆放一只三尺多高的蓝花坛子，里面放着两节木炭。当时看管墓地的汪士全向盗墓者解释说：九王爷身后被论罪，其中的金银圆宝都被掘去，据说坟地遭过九索（挖抄九次）。坛子是骨灰罐，是一个虚惊位（象征性的尸棺）。彭孙贻笔记中有关焚骨扬灰的说法，当然是可以相信的。
顺治帝仇恨多尔衮福临对多尔衮是仇恨的，其中有多种原因。
多尔衮是想当皇帝的，暂时没当皇帝只是策略而已，这对小皇帝是个寝食不安的威协。顺治五年十一月，他凭借自己的权力，加皇叔父摄政王为皇父摄政王，用皇帝的口气批文降旨。当时人写的《汤若望传》说：他穿的是皇帝的服装。顺治七年七月二十五日，他操纵追封自己的生母、努尔哈赤的大妃纳喇氏为太皇太后，他自己完全以皇帝的面目出现。顺治十二年，福临对诸王大臣回忆当时的事说：那时墨尔根王摄政，朕只是拱手做点祭祀的事，凡是国家的大事，朕都不能参与，也没有人向朕报告。多尔衮一旦机会得手，亲自登上皇帝宝座，没有任何理由排除这种可能。