陶弘景的《本草经集注》对后世医学产生了深远的影响，主要体现在以下几个方面：
1. 药物分类体系的创新
《本草经集注》首创了按药物自然属性分类的方法，将药物分为玉石、草木、虫兽、果、菜、米食等七类。这种分类方式相较于《神农本草经》的上、中、下三品分类法更加科学合理。它便于医家对药物进行查找和比较，使药物学知识更加系统和有条理。例如，在研究草本植物类药物时，医家可以集中查看和分析该类别下所有药物的特性、功效等，这为后世本草学著作的药物分类奠定了坚实的基础。后世的许多本草书籍，如唐慎微的《经史证类备急本草》等在药物分类上都借鉴了这种分类思路，并且不断完善和发展。
2. 内容丰富与知识传承
该书在《神农本草经》的基础上，增收了魏晋间名医所用的新药，使药物种类更加丰富。一共记载了药物七百余种，大大扩充了药物学的知识范畴。这为后世医学家提供了更广泛的药物选择和应用参考。许多在当时新收录的药物经过后世的研究和实践，成为了常用药物。同时，陶弘景在书中对药物的产地、采集时间、炮制方法、鉴别方法等诸多方面都进行了详细记载，这些内容对于药物知识的传承起到了关键作用。后世医家能够通过学习《本草经集注》，了解到古代药物的具体情况，并且结合自己的实践经验不断更新和完善药物知识。
3. 临床应用指导价值
书中对药物的性味、主治、功效等内容进行了详细的描述，为临床用药提供了精准的指导。例如，陶弘景在书中对药物之间的相互作用进行了一定的阐述，包括药物的配伍禁忌等。这有助于医生在开方用药时避免不良反应，合理搭配药物，提高治疗效果。后世医学著作在讨论药物的临床应用时，常常会引用《本草经集注》中的观点，并在此基础上进行深入研究和拓展。这种临床应用方面的指导价值，历经千年依然对中医的临床实践有着重要的意义。
4. 推动本草学的发展与学术交流
《本草经集注》作为一部承上启下的本草学著作，推动了本草学这一学科的持续发展。它总结了魏晋以前的药物学成就，又启发了后世本草学研究的思路。其学术价值吸引了众多医家的关注和研究，促进了医学领域内的学术交流。在不同朝代，医家们围绕《本草经集注》展开讨论、注释和修订，使得本草学知识在交流中不断更新，形成了良好的学术传承氛围。例如，在宋代，政府组织修订本草书籍时，《本草经集注》中的很多内容都成为了重要的参考依据，并且对宋代本草学的繁荣起到了推动作用。