265年，司马炎废掉魏主，建立西晋，又灭蜀、吴，统一了国家。以后西晋统治爆发了长达16年的“八王之乱”，匈奴贵族刘渊乘乱起兵，建立汉国，于316年灭西晋。在此后的120多年中，入居黄河流域的匈奴、鲜卑、羯、氐、羌族以及部分晋人在北方相继建立了19个政权，史称“五胡十六国”。在南方，司马睿在西晋灭亡后建立东晋。在这个乱世的时代，疫病流行异常频繁，在中国历史上也是比较特殊的。
西晋立国五十年左右，但有确切年份记述的疫病流行共有12次之多。东晋的疫病比起西晋来，总次数略有增加，标明年份的疫病流行共有130次。
晋武帝泰始十年(274年)大疫，就连南方的吴国也被波及到。咸宁元年(275年)十二月发生大疫，京都共死了约十万人，《晋书﹒武帝纪》形容“洛阳死者大半”。这场疫病一直流行到咸宁二年才渐渐消退。太康三年(283年)，又有疫病出现。
晋元帝元康年间，八王之乱开始爆发，西晋统治出现危机，社会生活条件恶化，疫病接二连三，出现了一个流行高峰。元康元年(291年)，雍州疾疫。元康二年冬十月，大疫。元康六年，关中大疫。元康七年七月，秦、雍二州疾疫。
晋怀帝永嘉年间，西晋统治危机日益严重，政乱朝危，持续了16年之久的八王之乱终告结束。“魏晋以来积蓄，扫地无遗。”这一时期，天灾人祸交织在一起，疫病也不时流行。永嘉元年(307年)，关中出现疾病。永嘉四年五月，秦、雍州饥疫至秋。十一月，襄阳大疫，死者达三千余人，永嘉五年，石勒向江汉地区进攻，遭到王导的抵抗，石勒军队接连出现疫情。永嘉六年春季，石勒军队在汝南出现大疫。
西晋末年和东晋初年，由于晋朝政权不稳及北方少数民族的入侵，战争四起，疫病更多。
东晋元帝大兴三年(320年)，晋军在渑池发生大疫，本想和石勒主力决一雌雄，但因为疫病只能不战而退。永昌元年(322年)，前赵刘曜亲征氐羌，部队流行疫疾。刘曜为父和妻修陵墓，人民劳作辛苦，关中“疫气大行，死者十三四”。这时的石勒“境内大疫，死有─十二三”。河朔地区的情况也是相差不多。永昌二年，江淮地区又流行寄生虫病。
成帝咸和五年(330年)夏五月，发生严重旱灾，引起饥荒和疫病。明帝时期，“兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。”尽管疫病没有具体的系年，但可知流行的范围较广，次数较多。穆帝永和五年(349年)发生大疫，具体地点不详。永和七年，中原地区发生饥疫。这年四月，刘显杀石祗及诸将帅，“山东大乱，疾疫死亡。”永和九年五月，再次发生大疫。
海西公太和四年(369年)冬，大疫。孝武帝太元四年(380年)三月，大疫。这年冬天，又发生疫情，一直延续到太元五年的五月，“多绝户者”，造成了严重的后果。
东晋末年安帝时期，战乱加剧，疫病也多。义熙元年(405年)十月，流行斑疹伤寒，疫情较重。义熙四年，刘敬宣伐蜀，部队大疫。义熙七年(411年)春，又出现大疫。
两晋时期疫情严重空前，主要与当时社会秩序比较混乱有关。西晋初年，统一全国后，疫病就比较少，但自八王之乱以后，统治涣散，疫病增多。东晋在政权相对稳定后，疫病减少，但东晋末年，疫病出现的次数就明显增加，可见社会动乱对疫病的流行影响非常大。
不断的疫病流行，造成了严重的社会后果。大量人口死亡，这是疫病之后最明显的后果。东晋初年，京兆韦泓的亲属“遇饥疫并尽”，全部没有能逃过灾疫的侵扰。晋孝武帝时的疫病，史书记载为“多绝户者”，即有很多人是全家死绝。疫病的另一后果是造成饥荒。西晋惠帝元康元年(291年)七月，雍州先是大旱，接着“殒霜疾疫”，于是饥荒出现，“关中饥，半斛万钱“。疫病的一再出现，必会造成社会秩序的混乱。江统在《徙戎论》中谈到北方的社会混乱时说：“方今关中之祸暴兵二载，征戍之劳，劳师十万，水旱之害，荐饥累荒，疫疠之军，礼瘥夭昏。”《晋书﹒食货志》对西晋时期疫病的流传分布和产生的后果进行了总体评价：“及惠帝之后，政教陵夷。至于永嘉，丧乱弥甚。雍州以东，人多讥乏，更相鬻卖，奔迸流移，不可胜数。幽、并、司、冀、秦、雍六州大蝗，草木及牛马毛皆尽：又大疾疫。兼以饥馑，百姓又为寇贼所杀，流尸满河，白骨蔽野。刘曜之逼。朝廷欲迁都仓垣，人多相食，饥疫总至，百官流亡者十八九。”
社会黑暗，疫病接踵而至。疫病频频流传，又把社会更推向黑暗的深渊，社会的混乱破败不可避免。