忽必烈异常震怒，道： 我将你从布衣提拔至宰相，委以重任，授以政柄，待你不薄，你为什么如此负恩寡义？ 不待 王文统狡辩，忽必烈便伤心地命令推出斩首。处置完王文统后，忽必烈将他曾经最信任的汉人幕僚窦默、姚枢、王鄂、子僧、张柔等召至跟前，拿出王文统与李璮的 通信，递给幕僚们传阅，问： 你们说应该判处王文统什么罪？ 柔弱文臣皆回道： 人臣谋反，当诛。 已有些颤栗的诸幕僚，异口同声高呼道： 当诛！
忽必烈听完这摇尾乞怜般的回答，轻叹一声说： 王文统已死于朕前了！
忽必烈并未因此而高枕无忧，相反，他天性中的猜疑益加泛滥。叛将的同党同谋竟打人忽必烈的身边，并位列忽必烈的亲信之位，其危险之至不能不使忽必烈为之心惊胆战。接着，忽必烈追究王文统的来路。
曾经，包括现在仍被忽必烈委以重任的廉希宪、张易、商挺、赵良弼、子聪都举荐与推崇过王文统，自然被列为重点怀疑对象。恰好费寅上告廉命宪是王文统在西 南地区的朋党，同时牵连到商挺、赵良弼，忽必烈大惊失色，急忙下逮捕令，关押审讯。经过细致核审，查明费寅原为诬告，商、赵得以无罪释放。
王文统案发后，忽必烈想，交相引荐的汉人幕僚每一个人都互相勾结，欺骗自己。汉人自古，似乎天生就会交结朋党，互相攀缘，党同伐异，互相攻讦。但窦默、许衡儒流之辈却将迂腐之见与学术之争引入朝廷，声称 治乱休戚，必以义为奉。
被儒家学术流派与汉人党派之争搅得心烦意乱的忽必烈，实在搞不清楚门户之见是怎么莫名其妙附着在聪明的汉人身上的，最后只好改命姚枢为大司农、窦默为翰林侍讲学士，许衡为国子监祭酒。不就，许衡负气辞职，称病还乡。
忽必烈能欣然接受汉人治人的高超手法，与一整套治理国家的官僚系统，还有不杀人的博爱思想，但对汉人间的互相倾轧，而且是因为无谓的思想意识间争辨不清小事，对昔日竭力帮助自己的旧日幕僚，他不得不刮目相看了。
王文统的变节，使忽必烈对汉儒彻底失望。他震怒后的自省，便是对汉儒从人格上的怀疑，连自己最信任、屡次袒护的王文统都会出卖自己，那么，谁能保证哪个汉儒不会再次忘恩负义呢？
第二，史天泽擅杀事件。李璮被擒后，审讯李增的是汉人世侯军阀严忠嗣与史天泽。严忠嗣问： 你为什么这样做？ 李璮回答道： 你和我已约好，到时候却又 不来。 严忠嗣怒不可遏，提刀向李璮肋下刺去。史天祥问： 你为什么不投降？忽必烈有什么地方亏待你？ 李璮却反问道： 你有文相约起兵，何故背盟？ 史 天泽对手下俘虏更为残暴，命人砍去李瑾两臂、双足，剖胸挖肝，最后才割去首级。接着史天泽以 宜即诛之，使安人心 为由，宣布处死李璮，并向忽必烈请 擅 杀 之罪。
尽管忽必烈不可能获悉李璮的追随者流亡南宋后追忆的那段擅杀李璮的细节，但忽必烈依然能够捕捉史天泽超乎职权，迫不及待擅杀李璮的疑点。
除了张邦直等议人万户直接叛附，其他的汉人世侯与李璮也已查明有书信来往。李璮叛乱的最根本原因就在于汉人世侯威权太重，地方军民权力集于一身，俨如春 秋时期星罗棋布的国中之国，所不同的只是其宗主除蒙古人汗之外，还有个南宋的汉人。而这种归宗认祖的潜意识一直不能从他们心底泯灭。
当然忽必烈感受不到李璮抑或其他汉人世侯军阀内心的苍凉，但对这些拥兵自重、各霸一方的军阀们如果像逮捕文人商挺似的，穷加追究，势必引起兔死狐悲，群起自保的局面，忽必烈心中则早已预料。因此，忽必烈与汉人军阀间的关系一直很微妙。
对此，忽必烈十分谨慎、小心，唯恐因自己的不慎引起连锁反应。他多次敕命在圣安寺作佛顶金轮会，给自己压惊、祈祷，稳定自己的暴躁情绪。并忐忑不安地对 史天泽说： 朕或乘怒欲有所诛杀，卿等宜迟留一二日，上奏后再行定夺。 从中，我们真切地感到忽必烈对自己的愤怒是多么缺乏自信！但内不自安的不仅仅是忽 必烈，史天洋等世侯也惴惴不宁，他们比忽必烈更能预见自己的危机四伏与根源所在。史天祥首先上书，替忽必烈排忧解难。主动将十七位史氏子侄的兵权上交忽必 烈。张柔、严忠嗣等世侯也纷纷效法，表忠求全。忽必烈喜笑颜开，顺水推舟，巧妙利用有利形势，推行一系列环环相扣的加强汗权及中央集权的措施，堵塞叛乱之 源。
其实，忽必烈即位伊始，郝经就提出 建监司以治诸侯 的建议，而忽必烈坚决设置十路宣抚司已带有收权中央的性质，李堆之叛一定程度也是 强于弱枝 政策的产物。李璮之叛正好又奉给忽必烈一个治愈失眠的药枕，取消世侯特权，建立地方基层政权自然便不再停滞于理论。
第一，忽必烈下令实行军民分治，规定各路总管兼万户，止理民事，军政勿预，管民官理民事，管军官掌兵戎，不再兼任。
第二，削弱以致消灭世侯。规定各姓世侯军阀除一人仆官外，子弟官职例行解任。取消世侯封邑。易将，各世侯军阀互换万户或另派万户，兵归中央。进而叉罢诸 侯世守制，实行迁转法，即调官法，在世侯领地置牧守，重新确立中央集权政治。这一措施同时也符合汉地黎民及上层地主的意愿，罢世侯后，领地上的黔首们对昔 日主人视如陌路。甚至追咎怒骂，一如世侯的崛起，其衰落与走向墓地也同样是历史的必然。