元丰三年(1080年)神宗起用章惇为参知政事。是时王安石意志消沉，退居金陵。而熙宁新政在元丰间基本上能够得以延续，同章惇、蔡确(元丰五年任相)等变法派领袖坚持变法立场是分不开的。
随着政局的动荡，章惇一生几起几落，《宋史》竟把他列入“奸臣传”，给他定的主要“罪状”是，尽复熙丰旧法，黜逐元祐朝臣；肆开边隙，诋诬宣仁后。
个性豪俊，博学善文。中进士之后，初任县官，以欧阳修推荐，入朝试馆职，被劾，复出任县官。
宋神宗熙宁二年（1069），王安石秉政，赏识章惇之才，用为编修三司条例官，协助推行新法。荆湖溪峒诸蛮为患，熙宁五年（1072），章惇受命察访荆湖北路，经制蛮事三年有馀，开拓境土数百里。其后历任朝廷及州郡官。
宋哲宗即位，迁章惇知枢密院事。其时宣仁太后临朝，用司马光、吕公著主政，尽罢新法，章惇力争，因而被黜出外郡。元祐八年（1093），宋哲宗亲政，以绍述熙宁、元丰为志，明年改元为绍圣，起用章惇为尚书左仆射兼门下侍郎。章惇既为相，复行新法，对元祐诸臣大肆报复，生者流窜，死者追贬夺谥，并企图追废宣仁太后，因宋哲宗感悟其非而止。章惇虽对付旧党手段过激，事同弄权，但能不以官爵私其亲人。
宋徽宗立，迁章惇特进，封申国公，然以章惇尝反对其嗣立，遂生嫌隙，改用韩忠彦、曾布为相，调和新旧两党。章惇则以罪贬逐于外，至崇宁四年卒。
章惇为人阴险狡诈 ，整治政敌毫不手软甚至提出掘开司马光的坟墓，暴骨鞭尸；后来又因与苏轼政见不合，对苏轼也大下辣手把苏轼贬到偏远的惠州。苏轼在惠州以苦为乐写诗道：为报诗人春睡足，道人轻打五更钟。诗传到京城，章惇睡不着觉了，他妒忌苏轼在逆境中也能这么逍遥就把他贬到更偏远的海南，在宋朝，贬到海南是仅比满门抄斩罪轻一级的处罚。由此可见章惇之狠。