同年5月，与李开芳、吉文元等为北伐主将，率精兵2万余人在扬州誓师北伐，经安徽、河南、山西，攻入直隶，在临洺关（今永年）击溃清直隶总督纳尔经额部万余人，封靖胡侯。继续率军由深州（今深县）下沧州，抵杨柳青，直逼天津，攻克静海（天津市的一个县）。旋因孤军深入，粮草不继，又届寒冬，渐入困境。
1854年南撤，退至阜城，吉文元战死，又退至东光连镇。1855年2月，清军急攻连镇，督师苦战，屡创敌军。3月，连镇失陷，受伤被俘，后解至北京就义。追封求王。
所向披靡
1853年是年5月，太平军北伐，林凤祥奉命与定胡候李开芳、平胡候吉文元统率2万余人从浦口(今属南京)出发，经安徽滁州北上。6月攻克河南重镇归德(今商丘)，击溃清军5000余人，缴获大批铁炮、火药。因无船只，未能渡黄河北上，乃循黄河南岸西行，主力7月于巩县(今巩义)渡过黄河。
渡河之后包围怀庆(今沁阳)，内攻坚城，外防清援军，与敌反复争夺，未能破城，延误战机。9月初撤围，从垣曲进入山西，破平阳(今临汾)，抵洪洞，然后东插太行山，于9月底破临洺关(今河北永年县治)，进入直隶(约今河北)境。清廷大震，于京师成立巡防处，调兵阻击北伐军北上。林凤祥避实击虚，挥师于10月末进抵天津西杨柳青，于静海、独流镇扎营固守，以待援军。洪秀全、杨秀清得悉北伐军在天津受阻待援，于次年2月调集援军7500人，从安庆北上增援。林凤祥久等援兵不至，被迫自静海、独流镇南撤。
林李分军
太平天囯甲寅四年（清文宗咸丰四年，1854）5月5日，至东光县连镇，与李开芳商定分军。李开芳率精骑南下接应援军，驰抵山东高唐，方悉援军已在临清败没，乃据高唐作固守计。林凤祥则继续困守连镇，内缺粮草，外无援兵，以劣势兵力顽强抗击科尔沁郡王僧格林沁部清军。次年（1855年）2月弃守西连镇，集中兵力守东连镇。
清军统帅僧格林沁将连镇层层包围，待至雨季到来，清军又引南运河水，将连镇淹泡，使北伐军陷入弹尽粮绝的境地。可是林凤祥镇定自若，继续指挥突围作战，连僧格林沁也认为，北伐军“虽被围万分穷蹙，粮米断绝，以人为粮，或战或守，从容不迫，毫无溃乱情形”，充分显示出林凤祥的军事才干和大将风度。
孤军奋战
太平天囯乙荣五年（清文宗咸丰五年，1855）3月7日，在孤军奋战9个月后，连镇终被清军四路攻陷，林凤祥因重伤，偕部分将士退入地道暗室，翌日被叛徒施绍垣出卖而被俘。由清侍郎瑞麟、总兵经文岱等槛送到北京，由大将军绵愉办理此案。在清廷严刑逼供下，林凤祥仅留下一份403字的《供词》，录下其身世及经历。最后被害于北京西市。行刑时（凌迟）林凤祥毫无惧色，“刀所及处，眼光犹视之，终未尝出一声”，时年三十一岁。
太平天国起义
因太平天国首义发生在广西，故有大量壮族人民参加了太平天国起义，西王萧朝贵，北王韦昌辉，北伐主将林凤祥、李开芳等等，壮族人。太平天国第一位烈士、后被追封为嘏王的卢六以及后封的慕王谭绍光、赞王蒙得恩皆为壮人。卢六是太平天国起义前的洪秀全、冯云山最得力的助手，为发动太平天国革命作出了重要贡献。（摘自黄现璠撰《太平天国革命中的壮族子弟》——载于1956年5月10日《光明日报》）由国家民委民族问题五种丛书编辑委员会《中国少数民族》编写组所编写的最权威《中国少数民族》（人民出版社1981年版）一书中同样记载“卢六、萧朝贵、韦昌辉、李开芳、林凤祥、蒙得恩、谭绍光”等太平天国名王名将的民族成份为“壮族人”（同书第502页）。可见这些英雄豪杰的民族成份毋须置疑。
窘迫生活
清道光年间，地方官府巧立名目，随意向壮民增派捐税，并四处出告示，声言如有违抗则捕杀。壮民负田租沉重，苦不堪言。当时有人描写农民受剥削的状况是：“六月新债催，十月新租急，两禾造谷穰穰，终岁无一粒”；“八百苗疆亭甲差，散为官司三十六，队队狐行而虎威，村村骑马又食肉。骑马食肉锄头钱，锄到七锄噫可怜。（土人锄地有谚云：一锄供官、二锄供吏、三锄甲差、四锄皂隶、五锄六锄头人把事，七锄锄到自家的）。郁郁菁林成黑地，漫漫烟瘴无青天。”（黄正体：《带江园诗草》，载《太平天国革命时期广西农民起义资料》第41页）。所谓“土人”，就是指壮、瑶等少数民族，他们多居在山区，在地主豪绅和官吏的沉重盘剥之下，“因是鬻及儿女者，往往有之。斯山居之农所常见也”。（民国《桂平县志》卷29）这就是广西众多壮、汉、瑶族杂居区地主剥削农民的状况。
武缘县旱地虽多但田地少，在农耕又封闭的封建社会，田地多才能自给自足，壮民还受地主剥削、压迫更重，百姓苦不堪言。道光二十四年（1844）夏天，洪秀全、冯云山从广东到桂平、贵县一带从事革命的组织宣传活动。在紫荆山区创立拜上帝会，宣传上帝、基督教的人人平等思想，宣传客家（人）、本地（土人）一家，团结起来灭妖精（清朝官吏），得到壮族和其他各族人民的拥护，他们纷纷加入拜上帝会。壮族人林凤祥、李开芳也不愿忍受剥削和压迫，与十几个青年人一道弃家离乡，满腔热血，投奔桂平紫荆山，参加拜上帝会。咸丰元年（1851）1月11日，林凤祥、李开芳等参加举世闻名的金田起义。这次起义是汉、壮、瑶等族人民共同发动的，它揭开了近代中国人民民族民主革命的序幕。
英勇善战
冲锋陷阵
林凤祥和李开芳自参加太平军后，在前军主将萧朝贵的率领下，带头冲锋陷阵，攻城夺寨，屡建战功，在永安建制时，林凤祥被授为御林侍卫、李开芳为金一总制。太平天囯壬子二年（清文宗咸丰二年，1852）4月，林凤祥、李开芳随军从永安北上，6月进入湖南，占道州，连克江华、永明、桂阳州、郴州等。9月11日，太平军进抵长沙城下，林凤祥抢占城南高峰，踞高发炮轰击，清军大溃。李开芳率部入长沙城与清军展开激战，杀死清兵数千人。由于林、李坚毅果敢，骁勇善战，林凤祥被提为土官正将军，李开芳也被提为金一正将军。12月2日，太平军攻克益阳，杨秀清命令林凤翔、李开芳率领先锋部队攻打岳州和汉阳，仅10天时间，就占领了湖北重镇汉阳。因卓著战功，林凤祥升为殿左一指挥，李开芳升为殿右二指挥。
攻克南京
太平天囯癸好三年（清文宗咸丰三年，1853）1月12日，太平军结船为桥，跨长江向武昌进攻。林凤祥在李开芳的配合下带领先遣队埋地雷，炸毁文昌门，入城与清军展开激烈的巷战，击溃了清军，占领了武昌城。同月14日，东王杨秀清升林凤祥为殿左一检点、李开芳为殿右二检点。不久，“天王”洪秀全又加封林凤祥为天官副丞相、李开芳为地官正丞相。2月9日，太平军分水陆两路挥师东下。林、李受命统领陆路大军，速克九江、铜陵、芜湖、太平府、和州等地。3月中旬，太平军包围南京城，李开芳率部攻克聚宝门入城。3月19日，攻占南京。
北伐未捷
南京定都
太平军定都南京之后，骁将林凤祥、李开芳奉命率部东进，4月初攻克扬州。5月，林、李统率太平军两万余人，从扬州北伐，目标直捣清王朝的心脏北京。经仪征攻入安徽，连克滁州、凤阳等地。6月，在皖时得到捻军的配合，挺进河南，大攻河南巡抚陆应谷所部4000余名清军，缴获火药1万余公斤，占领了豫东重镇归德府。后包围开封，扎营在朱仙镇。从朱仙镇西进，时逢暴雨，平地水深盈尺，经中牟、郑州、荥阳到巩县，在巩县洛河得到当地百姓支持，利用民船渡过黄河。9月，太平军挺进山西，旋又折回河南，由武安东进直隶，29日攻克临洛关，大败直隶总督讷尔经额所部清军1万余人。进而挥师北指沙河、任城、藁城、深州等地。10月13日，直逼保定城南30公里的张登镇，北京大为震惊，京城内官绅3万多户逃出。
捷报传至天京，合朝喜庆，封林凤祥为靖胡候、李开芳为定胡侯。咸丰帝急令惠亲王锦愉、科尔沁王僧格林沁负责京畿防务，带兵堵截。由于太平军转战千里，兵员不断损耗，粮食弹药供应不上，战斗力大大减弱。林、李虽尽了最大的努力，终因孤军深入，未能突破保定清兵的防线，只好改变从保定直取北京的计划，决定沿滹河东进，从晋州、深州、献县、沧州一带进占天津，再从天津侧翼横插北京。10月29日，太平军攻克了距天津仅40里的静海县和独流镇。天津知县谢子澄组织地方团练4000余人抵抗，并掘开南运河堤岸，使天津城外成为湖泽，太平军攻势受阻，只好退守静海，与清军对峙3个多月，攻势受挫，渐入困境。
被俘就义
林、李所部由于断绝了与天京的联系，又得不到粮食冬衣的接济，处境十分艰难。太平天囯甲寅四年（清文宗咸丰四年，1854）2月5日，主动南撤，退踞阜城，又受清军重重包围。5月，林、李率部从阜城突围至连镇，挟运河固守以待授军。时闻援军已北上，遂由李开芳分骑兵迎接，行至山东高唐州，知援军已在山东临清溃散，李开芳部被围于高唐州。翌年2月中旬，清军急攻连镇，林凤祥督师苦战，屡创敌军。但因长期缺粮，军士羸饿至不能举戈矛，连镇失陷。3月，林凤翔率余部6000多人突围，不幸中箭受伤被俘，解送北京。3月15日（一说13日），在北京被处以磔刑，壮烈献身。就义时，“刀所及处，眼光犹视之，终未尝出一声”。终年30岁。太平天囯壬戌十二年（清文宗同治元年，1862），太平天国追封为求王（系衔：殿前夏季电察天军顶天扶朝纲求王协千岁）。
清军进攻连镇时，李开芳闻讯率部南归增援。3月17日，李自高唐州突围，至平县冯官屯驻兵抗拒清军。清将僧格林沁引运河水灌冯官屯，李部以700之兵对抗清军万余之众坚守40天，终因众寡悬殊，不能久守。5月28日，李开芳选派勇士130人诈降入僧营，准备里应外合突围，不料被僧格林沁识破，全部惨遭杀害。后李开芳率部百余，泅水突围被俘，解送北京。6月11日在北京被害，终年约40余岁。太平天囯壬戌十二年（即清穆宗同治元年，公元1862年），太平天国追封为请王（系衔：殿前春季电察天军顶天扶朝纲请王合千岁）。
辉煌业绩
卢六、冯云山、萧朝贵、林凤祥、李开芳等一批批太平天国将领壮烈牺牲，最终使这次震荡全国、惊动世界的太平天国革命运动在清王朝和帝国列强的联合镇压下失败而告终，但是，它在中国近代史上留下了最光辉的一页。
由汉、壮、瑶等族人民共同发动的太平天国革命运动，从1851年金田起义到1864年天京陷落失败，历时14年之久，战斗遍及大半个中国的18个省，给予清王朝的封建统战和外来的西方资本主义侵略者以最沉重的打击；同时，其汉、壮、瑶等族人民团结奋斗、通力合作、并肩作战的革命精神，成为后来八桂各族人民合力推翻三座大山，夺取新民主主义革命的胜利，进行社会主义建设，实现民族平等和民族团结，共同创造繁荣富强的广西和南宁的重要“精神基因”。
夜夺扬州
围困扬州
林凤祥兵至扬州城外，先将壁垒布得十分严整，旗帜遮夭，戈矛蔽日。清兵大惧。琦善恐军心散乱，欲先立战功，以镇人心；时交初夏，大时酷热，林凤翔亦恐攻城不利，将各军依山傍木为营，以避暑气：再从内河掘通水道，以备不虞。一面听候清军来战。忽听得清廷再调漕督杨殿邦，领兵万人；前来助战“林凤祥大喜。先锋朱锡琨问道：“今闻满人加兵，元帅喜形于色者何也？”林凤祥道：“扬州城内兵官，不是钦差，就是总督，必不用命。且兵符操于胜保，而琦善以相臣统兵，必不甘受令。不久自生意见矣。吾此时却好用兵也。三军听了，皆为忭舞。实则清国兵符，本在琦善。林凤祥作为此言，不过恐军心闻清国增兵，致生疑惧，故为此言耳。话休烦絮。到次日黎明，林凤祥见军移动，即对众将道：“清军以时方酷热，不便用兵去故清晨来战，彼先攻紫徒庙无疑矣。”少时，又见清军旗帜不多。林凤翔对众将道：“清队此来，必非大队人马，不过欲立小功，以定军心耳。吾可让之。待其小小立志，再兴大队前来，吾将可以二鼓再战也。”遂传令偃旗息鼓，不令出战。说犹未了，只见清军望紫徒庙拥进，约是三五千人马，军中打着双来旗号，直攻洪军。这一路正是朱锡琨的营盘。清军几次冲突，不能得进；林凤翔见了，果令朱营退二三里下寨。双来见是不能得志，又见洪军众盛，恐防有失，即乘势收军。
说称击退而回。琦善听得胜仗，不胜之喜。次日续遣各军出城：先令本部以马队先攻计四桥；以杨殿邦与双来仍攻紫徒庙。方调动间，适向荣令张国梁，以本部林凤祥夜夺扬州府韦昌辉怒杀杨秀清兵五千人到来会战。琦善都令随胜保而去。两路人马，以五更造饭，平明起兵。
巧设奇兵
安排既定，早有细作，报到林凤祥军里。凤祥道：“吾固知彼以为昨日小胜，必以全军求一战也。”遂令曾立昌伏兵于廿四桥西，待胜保过桥时，先折桥以断彼后路；随令朱锡琨以大兵从林里桥东深山，乘夜开地穴埋伏，待胜保过桥后，留军一半，截击清兵，却以一半直趋胜保大营；再以周文佳为前部，迎胜保接战。分拨既定，自与诸将来战杨殴邦。凤翔又下令道：“清军如攻紫徒庙，本营且勿理他。待我军在廿四桥得胜，则彼全军皆乱矣。吾因而攻之，可获全胜。”三军得令，都于四更造饭，以待清军。
且说胜保以本部人马令张国梁为先锋，直望廿四桥杀来。时天色初明，远望洪军不多，却靠廿四桥驻扎。胜保以为洪军精锐，必在紫徒庙大营，故不以廿四桥一军为意。到时胜保拔队攻进洪军队里。周文佳略应一阵，都望桥西而退。张国梁不舍，直趋过桥来。胜保见洪军败得容易，且退时旗帜齐整，乃惊道：“彼非真败也，吾中计矣。”急令前军休进，奈军士进如蜂拥，令传到时，已过了大半。胜保道：“此时便不可退矣。不如齐进，或可并力支持也。”遂督亲军并渡过桥来：只见周文佳的人马，在草地上乱走。张国梁依然赶过来。不上四五里，只见伏兵四面齐起，金鼓响天，喊声震地。胜保太惊。回头望时，又见东南角上伏兵，皆从林里地道而出。而朱锡琨一支人马，如自天而降。胜保与张国梁，只得合力混战。争奈洪军人马多众，凭高看下，势不能抵敌。清兵折伤大半。胜保知不是头路，急传令退过桥来。奈桥已折断，不能得过。军心益惧，更不敢回战。曾立昌人马锐气倍增，逢者便杀。张国梁马下早着一枪，急向左右换了一匹马，奋力望北方杀来，并呼道：“今不尽力，是死地矣。当于死里求生。”清军听得，胆气一振，就杀条血路，直出重围。张国梁在前，胜保在后，且战且走。
是时洪军又复大至，尽把清军围住。胜保传令军士：一头混战，一头筑造浮桥过河，无奈对岸的洪军，把抬枪乱行轰放过来。军心愈慌，纷纷逃走。胜保叹道：“吾死于是矣。”张国梁听得大怒，立刃数人。军士畏惧张国梁，此时不敢逃遁。于是奋力复出重围，迤北而遁。洪军随后赶来。降者死者，不计其数。胜保奔到上流，见追兵远去，即令军士填造浮桥，奔回大营。谁想营中，已换了旗帜。早被朱锡琨分军夺了。胜保仰天长叹，欲拔剑自刎。张国梁急夺其剑抢救。随劝道：“胜败兵家之常耳！何必学小丈大为短智哉？”胜保道：“吾以精锐马队，一旦中了奸计，丧于敌人之手，还有何面目见人？”说罢放声大哭。左右皆来相劝，方始收泪。张国梁便收拾残兵，不过二三千人，自与胜保欲回扬州城。
大获全胜
方欲行时，忽见前途喊声大震，原来杨殿邦往攻紫徒庙之兵，因听得廿四桥清兵大败，并相传胜保不知下落，故人心惶恐，不战自乱。林凤祥统率各路人马，如排山倒海赶过来，势不可挡。杨殿邦正在危急，张国梁欲领残兵相救；怎奈曾立昌、朱锡琨已追到了，只得望后而逃。曾、朱二将就分军，以曾立昌阻击胜保，以朱锡琨截击杨殿邦。因此杨殿邦不能得脱。双来已死于乱军之中，杨殿邦死命杀出重围，军士大半逃走。林凤祥大杀一阵。正是尸横遍野，血流成河，清兵皆不敢回扬州城去。林凤祥即传令收军。是役毁营垒六十九座，倒大旗十余面，部将死者二十名。余外清军死伤，及所获辎重，皆不计其数。这一场大战，三尺小儿，也识得林凤祥名字了。凤祥遂大犒三军。会议攻取扬州城。有说明攻的，有说暗攻的，不能胜记，凤祥奋然道：“用兵全凭一股锐气耳。今方乘胜，何患不得？”说罢，即点精壮军上百余人，皆身材矫健者，皆着随自己而行。约定朱锡琨三鼓时分，带兵到扬州城附近，呐喊助威。朱锡琨领诺。林凤祥又令军士，各带坚固麻绳一条，绳约二丈，绳上各束铁条一枝。二更时分，悄悄到了城外。