刘裕，字德舆，小名寄奴，原籍彭城（今江苏徐州市），史书称其为汉高祖刘邦之弟、楚元王刘交之后。刘裕生于晋哀帝兴宁元年（公元363年）三月，早年丧父，家境贫寒。年轻的刘裕，曾在新洲（今镇江市西，长江中小洲）伐荻，又曾挥汗躬耕于田野，上山砍柴，下泽捕鱼，备尝生活之艰辛。
一、京口起兵朝中辅政
刘裕的飞黄腾达，当追溯至元兴元年（公元402年）发生的一场大动乱。这年，朝廷以尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事、加黄钺，以刘牢之为前锋都督，发军讨伐荆州都督、桓温之子桓玄。但由于司马元显怯战，刘牢之被收买，桓玄挥师进入建康，从此总揽朝政大权，成了东晋的主宰，而刘牢之这一北府名将，最终也没能逃出桓玄的毒手。
刘牢之死后，桓玄又先后杀害北府将领吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、高平相竺郎之、辅国将军刘袭、彭城内史刘秀武、冀州刺史孙无终等。一时间，北府将领人人自危，惶惶不安。刘裕却镇定自若，他知道自己还不够格，桓玄不但不会杀他，反而会起用他。果然不出所料，桓玄任命从兄桓修为南徐、南衮二州刺史，镇守北府（京口）以后，桓修就以刘裕为中军参军。刘裕后因击破卢循之功，又加官彭城内史，深得桓氏倚重。他不露声色，表面上对桓氏忠心耿耿，暗地里却加紧活动，团结了一大批北府军中下级军官，时刻准备举旗倒桓。
桓玄进入京师之初，罢黜奸佞，提拔贤才，故京师人人欣然，认为从此可平安度日。好景不长，桓玄很快露出了凶相，奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，凌侮朝廷，众心失望。
元光二年（公元403年）九月，桓玄加快了篡位的步伐，自封楚王，加九锡，离皇位只有一步之遥了。十二月，桓玄正式即皇帝位。刘裕随桓修入朝庆贺。桓玄一见刘裕，便觉他气度不凡，对司徒王谧说：刘裕风骨不俗，看来是个人杰。以后每当游集，都对刘裕另眼相看，引接殷勤，赠赐厚礼。刘裕见桓玄如此着重他，心中甚觉不安，但表面上一点不露，依然不卑不亢，谦恭有礼与其周旋。桓玄的皇后刘氏对刘裕很不放心，私下劝桓玄：我见刘裕，龙行虎步，风度不凡，恐终不能为人下，不如早点除掉他。桓玄答道：我刚刚平荡中原，眼下正是用人之际，非刘裕无可用者。等关、河平定后，再作打算吧。
元兴三年（公元404年）正月，刘裕与何无忌同舟返回京口。一路上，二人密谋回京口后立即分头联络各路反桓之士，以恢复晋室为名，兴兵进京，推倒桓玄。
元兴三年二月，刘裕与何无忌、檀凭之、弟弟刘毅等百余人在京口起兵。清早，何无忌身穿传诏服，诈称是朝廷敕使，导引众人一齐冲入城中，高声大呼，吏士惊慌四散，无人敢反抗。桓修毫无防备，当即被斩首。刘裕看着桓修的首级，放声恸哭，下令厚加殡殓。忽然军吏前来报告，桓修司马刁弘得知城中起事，率文武佐吏前来攻城，现已到了城下。刘裕当即登城，高声对城下讲：郭江州已在浔阳奉天子反正，我等受密诏，诛除逆党，桓玄今日想必已经枭首于大航了！诸君难道不是大晋之臣吗？今日前来，想干什么？因晋安帝司马德宗被逼退位后，居于浔阳，所以刁弘等人听了刘裕的话，也就信以为真，引兵而退。
桓玄闻知刘裕等举兵反，忧惧无计。有人见他这样害怕，很不理解，对他说：刘裕等人乃乌合之众，势力微弱，必然不会成功，陛下为何如此忧虑？桓玄摇摇头，叹道：刘裕足为一世之雄；刘毅家无斗粮之储，而赌起钱来却一掷百万；何无忌酷似其舅刘牢之。这些人共举大事，怎敢说他不会成功！说完，仍愁眉苦脸，心神不定。
三月，刘裕率军与桓玄手下的骁将吴甫之在江乘相遇。刘裕手执长刀，大呼一声，率先冲入敌阵，士兵见状，人人奋勇，无不以一当十，只一战便斩吴甫之，大获全胜。刘裕乘胜进击，遇到了右卫将军皇甫敷的阻击。刘裕与檀凭之各带一支人马与敌决战。檀凭之战败阵亡，只剩刘裕孤军作战，被敌兵层层包围，只得背倚一棵大树与敌厮杀。面对强敌，他面无惧色，越战越勇。皇甫敷高声呼喊刘裕：汝欲怎样死法！今日是死定了！刘裕怒目圆睁，大声叱骂，皇甫敷挺戟猛刺，慌乱中竟未刺中。正在危急时刻，刘裕的援军赶到，一箭射中皇甫敷的面额，皇甫敷应弦倒地。刘裕挺刀向前，只见皇甫敷挣扎说道：你是上天注定当皇帝的，我死后只求你能照顾我的子孙。刘裕点头应允，斩其首，又对其后代厚加抚慰。
刘裕这两仗打出了威风。桓玄听到两将战死的消息大惊，一面继续派扬州刺史桓谦出战，一面悄悄预备舟船，准备一旦形势紧急就溜之大吉。
桓谦率大军迎战刘裕，无奈部下多为北府人，都畏服刘裕，没有斗志。而刘裕兵将斗志正旺，刘裕身先士卒，将士皆殊死而战，喊杀之声惊天动地，鼓噪之音震动京邑，桓谦兵败如山倒，溃不成军。桓玄闻讯，率亲信数千人，诈称出战，坐船逃遁而去。刘裕率军乘胜进入建康城，派刘毅、何无忌追击桓玄，自己坐镇京师。
刘裕进入建康之初，面对百废待兴的局面，应付自如，指挥若定。他以身作则，严以律己，因而政纪肃然，令行禁止。主簿刘穆之鼎力协助，入京后，凡重大处分刘裕都委托于他，他也尽心竭力辅佐刘裕，虽时间仓促，但事事得体，件件有方。又发布命令纠正桓玄时的朝政弊病，不过十日，建康风俗顿改，民心安定。
四月，刘毅等在峥嵘洲（今湖北鄂城县）击败桓玄军，桓玄败退江陵，不久被杀。次年三月，白痴皇帝司马德宗被迎回建康，重登皇帝宝座，四月，刘裕以南徐、南青二州刺史的身份领北府兵回镇京口，后解南青州刺史，加领南兖州刺史，北府旧兵全掌于刘裕一人手中。
二、入京辅政功成自威
义熙四年（公元408年）正月，尚书右丞皮沈来到京口，首先面晤刘穆之，称朝中计议欲以中领军谢混为扬州刺史，还有人建议刘裕在丹徒领扬州刺史一职，朝事实际上交给尚书仆射孟昶处理，朝廷命他来征求刘裕的意见。刘穆之一面听着，心知按功名与实力，本应由刘裕入京继任扬州刺史，而如今却提出了这么两条建议来，分明是刘毅等人不愿让刘裕入京辅政而定的计谋！想到这里，他对皮沈说要上厕所，就急急走了。他匆匆写了一张纸条：皮沈始至，其言不可从。让人交给刘裕。刘裕正在与皮沈谈话，从左右手里接过条子看后，就暂令皮沈外出，将刘穆之召进，问：卿讲皮沈之言不可从，是什么意思呢？刘穆之便将自己的想法一一陈述：您兴复晋室皇祚，勋高万古。既有大功，便有大位。仁大勋高，难以持久，您观今之形势，岂能居谦自弱，甘心作一守藩之将呢？刘毅、孟昶诸公虽然当初一时推功，却并非宿定的臣主之分。您与他们势均力敌，最终必会互相吞并。扬州为朝廷根本，不可交给别人。一日失去权柄，就再难得了。刘裕听了这一番话，心动了，他何尝不想入京辅政，掌握朝廷大权呢！只是自己位高权重，若伸手要扬州刺史一职，怕引起朝野疑心，影响自己的形象。刘穆之好像看出了他的心思，继续说道：您功高勋重，不能直接要求任扬州刺史，不然，朝廷疑畏交加，异端互起，必引出大祸。现今朝议如此，可先暂且应酬一下，最好的办法是您先回京师共议此事，您一旦入京，他们决不敢越过您而另授他人了。刘裕听了连连点头。
刘裕进京后，朝廷果然以他为扬州刺史，并授录尚书事之职，总掌政事。义熙五年（公元409年）二月，南燕主慕容超派军攻破东晋宿豫（今江苏宿迁县），不久，南燕又侵扰济南。南燕的入侵引起了东晋人民的强烈反响，要求讨伐南燕的呼声甚高。刘裕经过分析权衡，认为征伐南燕一来可以满足人民的抗敌要求，二来如果征伐成功，自己的功业声望就可以完全压倒刘毅等人，因此立即下令北伐南燕。
刘裕北伐南燕的打算立刻遭到朝廷一些人的反对。豫州刺史刘毅竭力阻止刘裕亲自带兵北伐，说宰相远出，易倾动国家的根本。刘裕不听，决意亲自出征。四月，刘裕率水军自建康出发，沿淮河、泗水到达下邳（今江苏睢宁县西北），又沿陆路出发，六月，进围广固。慕容超慌忙向后秦求救，姚兴不敢轻举妄动。刘裕精神抖擞，指挥大军全力猛攻，次年二月，攻下广固，灭南燕，生擒慕容超，送至建康斩首。
这次北伐南燕的胜利，收复了青、衮广大地区，朝廷内外无不赞颂刘裕的功德。刘裕的功业，此时已经超过祖逖、桓温，他的声望一下子大大提高，朝中再也无人能与他相抗衡了。
此时，从广东起兵的农民起义军卢循、徐道覆已攻下长沙、巴陵（今湖南岳阳市）、南康（今江西赣州市）等城，兵锋直指建康。江州刺史何无忌自浔阳（今江西九江市）南下，抵御徐道覆，战死于豫章（今江西南昌市）。刘裕听到这一消息，大惊失色，慌忙班师南归，把大队人马甩在后面，只带了几十人，于四月间赶到建康。
刘毅听说卢循、徐道覆挥师东下，直指建康，决心率军与其交锋，趁机显示一下自己的能耐。刘裕写信劝阻，并派刘藩前往谕止。刘毅见信大怒，对刘藩说：当年只是一时推功而已，你就以为我真不如刘裕！说完，把信狠狠地摔在地上，率舟师2万，从姑孰（今安徽当涂县）溯江而上，阻击卢、徐。五月，二军战于桑落州（今江西九江市东北），刘毅大败，丢掉全部船只和辎重，只带了几百人狼狈逃回。
刘毅兵败的消息传到建康，顿时人情汹汹，惶惶不安。由刘裕带回的军队，因连续征战，士卒多有创伤，有战斗力的只剩数千人。因此，朝廷里人言藉藉，都认定了刘裕难以抵御卢循，纷纷恳请迁都。刘裕坚决不同意。
卢循击败刘毅后，从被俘士兵口中得知刘裕已经赶回建康，心里害怕起来，欲退还浔阳，攻取江陵，据江、荆二州以抗朝廷。徐道覆力主乘胜进击，卢循犹豫多日，才勉强同意进军建康。这样，刘裕就赢得了周密布署的时间。卢循率大军兵临建康城下时，刘裕已完全做好了防卫准备。经过近两个月的相持，卢循一无所获，终因师老兵瘦，只好退回浔阳，准备西取荆州。刘裕亲率大军出战，在破冢（今湖北江陵县东南）、大雷（今安徽望县）等地大破卢循军。刘裕得胜后，得意洋洋地回到建康，派遣其他将领继续追击围歼卢循等。义熙七年（公元411年）二月，朝廷军队攻克始兴，徐道覆战死。四月，卢循在交州（今越南慈山、仙游地区）兵败，投水而死。
刘裕在镇压了卢循、徐道覆之后，威望进一步提高，官至太尉，自感羽翼丰满，该进一步采取行动了。