曹操杀华佗，似乎自断后路，所以后人多有疑者。《三国演义》的作者，是反曹派的大将，他写到曹操的儿子及自己生病，悔杀华佗时，得意之色，纸不能掩。不过我们知道，《三国演义》里的许多故事都是杜撰的，比如关羽刮骨疗毒，这个事是有的，但不是华佗所为。
古时，医人不为时所重，著名的张仲景，在正史中就无传，华佗有传，却在《后汉书》的《方术传》，及《三国志》的《方伎传》中。欲为名医，得给名人看过病，张仲景医中亚圣，而且做过太守，但论政事，他大概没什么可传的，论医术，他诊治过的最有名的人，不过是文人王粲，所以百代医师，史竟无传。华佗给曹操、司马懿看过病，得入《方术传》，已经算幸运了。
华佗被曹操召至身边，身份是术士。曹操前期，对道术在半信半疑间。除华佗外，魔术家左慈，通房中术的甘始，能藏在壶里的费长房，会辟谷的郗俭，身子能发光的东郭延年，他都罗致到都中，既是好奇，也是防范这些人在外面生事。华佗医术虽高，在曹操看来，大概也是方士者流，并不真正看重。把华佗下狱时，也有人劝他，说华佗的医术着实不错，人命所系，应该宽宥。曹操说:“不忧，天下当无此鼠辈耶？”
曹操对人，是宽容还是严苛？难以定论。有些人，胡作非为好多次，他也容忍，有些人，他却因小故杀之。大约曹操以智术自雄，最不愿受人欺。他有慢性的头痛病，华佗对他的病，可能说过一点大话，所以曹操觉得，华佗其实能治好他的病，却不肯给他去根，欲以自重。曹操心生恨意，宁肯头痛，也不愿为“小人”要挟，便把华佗杀了。
华佗能治好曹操的病吗？
古代的医生，一半身份是术士，仅治常见病，是出不了名的，
别的故事，也都与此相类。别的名医，也都有这样的故事。如张仲景，能“穿胸以纳赤饼”，何等骇人，徐之才治脚病，剖出两只蛤子，亦属神术，唐代的孙思邈，用疯狗的脑子治狂犬病，更是想象力惊人。
并非是这些医家有意骗人，而是有所不得已。那时医学的基本理论没有建立，医生的地位，也在非医非巫，不仙不道之间，常见病便是治了百例，人也不以为佳，所以遇到稀罕一点的病，医生往往隐藏真实的手法，而示人以异术，又或编造奇事，使人传诵，用现在的话说，都是生活所迫。只是长此以往，对医生自己，以及对医学的发展，终是不利的。
慢性头痛病，在今天来说，病因花样百出，有说得清的，有说不清的，治愈很难。但曹操会想，他既然这么了得，什么稀奇古怪的病都能看好，怎么会看不好我的头痛病？一定是有意欺我。
华佗是士人出身，后以医术立身，那在当时是贱业，他的心里，是不愉快的。他的脾气坏，不会取悦于人，在都中住了些年，便生归意。他找了个托辞，回到家里，曹操召了他几次，他也不出来，说妻子生病了，无法就道。曹操派人前去看验，若华佗的妻子果然生病，便赐小豆四十斛，若是假病，就抓到狱里。不知是他的妻子果然没有生病，或使者倾害，华佗被捉到许昌拷问，一代名医，就这么死在狱中。
古书里说华佗能剖开人腹，湔洗胃肠，在今天看来，很难相信。他的麻沸散，处方没有传下来，后人考证，里面或有曼陀罗花。但即使有曼陀罗，再加上酒的作用，能使人在刀割肚子时昏无所觉，也是无法想象的。不过，虽然有夸大其辞的成分，华佗大约确曾发明一种麻醉的办法，减少手术时病人的痛苦，可惜我们已不知其详，因为华佗的医书，一本也没有传下来。后来托名华佗的书有上百种，都是后人伪托。