东晋时期，王室偏安江南，北方十六国你方唱罢我方登场，全国局势变得扑朔迷离，南方的司马家族政权也岌岌可危。
东晋皇权暗弱，众多重臣或拥兵自重，或在朝中结成党派，皇帝只能倚重于其中之一，达到表面平衡。而在这些势力当中，桓家是其中手握重兵的一派。桓家虽不如琅琊王氏太原王氏那样有辉煌的过去，但是桓温用他一辈子的时间，成为东晋救火队长后，硬生生杀出了一条血路，成了东晋权臣，晚年也想过自立为帝，但终因种种原因，未能成功。
桓温死后，他让自己的弟弟桓冲接任扬州刺史，接管他的军队，至于他的南郡公爵位，则由才五岁的儿子桓玄继承。桓温儿子多得很，但是这个最小的是他最爱。桓玄为什么会得到他最多的宠爱?据说他出生时，有光照亮整个房间，就连术士都感到万分惊异，还没从见过如此异象，这可是帝王之兆，桓温就给取个小名叫灵宝。
桓玄性格也像桓温。桓温是一代枭雄，南征北战，立下不世之功，杀伐决断，很是果决干练。桓玄特别像他。桓玄小时候和兄弟们斗鹅，桓玄一心取胜，但是他的鹅总是不争气，老是输，他特别生气，到晚上就到鹅栏杀死了那些强悍的鹅。天亮后大家都很奇怪，须知桓府禁卫森严，谁敢哪些大胆谋刺?当有人向桓冲报告后。桓冲明白一定是桓玄做的，果然，他还是了解桓玄的。
长大后的桓玄，相貌奇伟，博通艺术，善于写文章，他很自负，也和父亲一样认为自己是当世英雄，虽然早期受到打压，但他一出场也是太子洗马的官职，与东宫的关系很密切。当然对于胸有大志的桓玄来说，这官职太小，几年后出任宜兴太守，他也是没放在眼里，他一气之下，干脆回到封国南郡，过起了悠游林下的生活。
他的顶头上司是荆州刺史殷仲堪，殷仲堪对他十分忌惮。因为这地方不仅是桓玄的封地，更是桓玄父亲和叔父经营了二代的地方，在荆州，桓玄比他牛，百姓士林更怕桓玄。鉴于此，殷仲堪拉拢他，而桓玄也需要借着他的兵力，
真正给他绝好机会的是隆安元年即公元397年，尚书仆射王国宝等人要削弱方镇，青兖二州刺史王恭于是打着清君侧的名义造反，殷仲堪很矛盾，桓玄劝他举兵，朝廷惧怕事情越闹越大，杀掉王国宝等息事宁人，桓玄没有任何兵马，也没有出动殷仲堪的大军，最终平白无故捞了军功。
第二年，皇叔司马道子委派桓玄担任广州刺史，督交广二州军事，建威将军包括假节这样的荣誉一并给他，但桓玄接受任命却不上任。