第一道遗嘱：选窝阔台为继承人
公元1219年，成吉思汗因花剌子模帝国（乌孜别克撤马尔罕）一再挑衅，连续杀掉了他所派的一百名商队人员及多名使者，非常愤怒，决定亲自出征。此时，成吉思汗早已统一了蒙古，建立了强大的帝国，并沉重地打击了西夏与金国，夺取了金国的中都（北京），但这一次却是他发动的第一次西征。所以，成吉思汗此次出征，带有很大的风险，妃子也遂向成吉思汗进奏：
“大汗您，越高山，渡大河，长途远征，只想平定诸国。但有生之物皆无常，一旦您大树般的身体突然倾倒，您那织麻般团结起来的百姓，交给谁掌管？一旦您柱石般的身体突然倾倒，您那雀群般的百姓，交给谁掌管？您所生的杰出的四子中，您托付给谁？这事该让诸子、诸弟、众多下民、后妃们知道。谨奏告所思及之言，请大汗降旨。”
成吉思汗一听，觉得有道理。继承人的事关系着整个蒙古汗国的前途，确实应该有所交代。于是经过思索后，成吉思汗把继承人拟定为窝阔台。成吉思汗在立下这些遗嘱后，就开始了第一次西征。在其强大的攻势下，花剌子模被征服了。
公元1227年，成吉思汗终于在征伐的途中病倒。一天晚上，他忽然做了一个奇怪的梦，据此，他意识到自己将不久于人世，于是派人将驻兵于附近的儿子窝阔台与拖雷召到身边，郑重地立下临终遗嘱：
“吾儿，父殆至寿终矣。赖长生天之助力，吾已为汝等建此大帝国。自国之中央达于四方边极之地，皆有一年行程。设若汝等欲保其不致分解，则必同心御敌，一意为汝等之友朋增加富贵。汝等中应有一人承大位。吾死后，汝等应奉窝阔台为主，不得违我遗命。察合台不在侧，应使其勿生乱心。”（勒内格鲁塞：《成吉思汗》）
第二道遗嘱：征服西夏
成吉思汗一生发动的最后战争，就是对西夏的战争。当时他已生病，但仍然不顾自己的身体状况，一定要攻下西夏。成吉思汗于1225年冬天开始做出征西夏的准备，1226年秋天率大军出征，在途经阿儿不合地区的时候，时间已到了冬天。有一天，成吉思汗所骑红沙马突然受到一群野马的惊扰，将成吉思汗摔了下去。成吉思汗被摔得很重，他的儿子及部属们建议回师，等成吉思汗身体好了，再去征讨。但成吉思汗不同意，说：“如果我们这样回去，唐兀（即西夏）百姓会认为我们胆怯。我们先派使者去，看他们有何话说。”这其实是西夏免除兵祸的一个好机会。
成吉思汗执意带病攻打西夏，但是身体已经到了生命的极限。眼见着自己将一病不起，这都是不忠的西夏人导致的。成吉思汗愤恨不已，他决心要把出尔反尔的西夏消灭干净，杀死！而他本人却不能亲手做到了。所以，他留下了第二道遗嘱：一方面令部属隐瞒自己的死讯，使西夏人不再改变投降的主意，使其国王亲自来到蒙古大军的营帐，另一方面，他又密令，要将唐兀人，自父母及其子孙，全部斩尽杀绝，作为他遗体前的祭品。
1227年8月18日，成吉思汗死于六盘山附近的清水县，终年66岁。成吉思汗的部下严格执行他的遗嘱，秘不发丧，等西夏最后一个皇帝来到大汗帐篷外行礼时，以为成吉思汗只是生了病不能见他。三天后，西夏末帝被杀。蒙古大军进入兴庆府（即今宁夏银川）后，大肆屠杀。在成吉思汗的第二道遗嘱下，西夏被灭，从此再未复苏。
第三道遗嘱：灭掉金国
《元史》卷一中记载了成吉思汗的第三道遗嘱：成吉思汗临崩谓左右曰：“金精兵在潼关，南据连山，北限大河，难以遽破。若假道于宋，宋、金世仇，必能许我，则下兵唐、邓，直捣大梁。金急，必征兵潼关。然以数万之众，千里赴援，人马疲弊，虽至弗能战，破之必矣。”言讫而崩，寿六十六，葬起辇谷。