红巾军 起义后，得到了广泛的响应。很快起义之火就燃遍了全国。有的团结在宋政权的周围，也有的割据一方，独自称王。在这些起义势力中具有影响的是：张士诚的天佑 政权、徐寿辉的天完政权，受红巾军领导的郭子兴势力，其中徐寿辉后来被陈友谅取代，而郭子兴手下更开创了明王朝的基业。
宋政权 一建立，元政府就调集军队对起义军加紧镇压。但由于自高邮战役后，元政府再无力组织大规模的军事力量，所以主要依靠驻守在各地的地方军事力量对付起义军， 收效甚微。从1355年6月，元河南行省平章答失八都鲁统帅诸王藩将兵马开始对刘福通用兵后，尽管表面上互有胜负，但总的看来对十分不利。一方面藩王 势力越来越大，而另一方面起义军则越剿越多。
1357年夏天，刘福通在击败元军围剿，稳定住形势后，决定派出三路大军同时北伐，对大 都形成包围，试图一举推翻元朝。从战争的部署和实际结果来看，刘福通的这次北伐举动过于轻率。这次北伐各军的协调十分不好。先出发的是由李武、崔德率领的 西路军。后来这支军队又改由大刀敖、李喜喜等率领，在陕西，他们被察罕帖木儿打败。李武和崔德因一直没能取得战功，遭到刘福通的斥责。1361年5月，他 们竟然向元朝汉将李思齐投降了。
中路军的结局也不比西路强到哪儿去。他们由关先生、破头潘等人率领，越过太行山，进入山西。这支部队 犯了孤军深入的错误，他们原计划是从山西配合东路军进攻大都，可由于元军的堵截，竟贸然北上。尽管他们先后攻克了上都、金宁、辽阳，进入今天的朝鲜境内， 但一支缺少补给，没有后援，而且攻击的地点都不是元朝致命处的军队，最后战败就是必然的了。最后关先生等人在高丽战死，破头潘退到辽阳时也战败被俘，中路 军全军覆没。
在三路北伐军中，唯一能够有效打击元朝统治的是由毛贵率领的东路军。毛贵首先夺得了元朝的海船，从海路奇袭山东，只几个 月，就占领了山东大部分地区。但他后来也犯了孤军深入的错误，1358年2月，毛贵继续北伐。先击败了元大将董抟霄兄弟，跟着又连克青、沧两州，3月，攻 克蓟州，直逼大都。但很快元军从四面八方赶来支援，毛贵军被击败，退回到了山东济南。
在三路大军北伐的同时，刘福通展开了对宋朝故都 汴梁的攻击。1357年6月刘福通首次对汴梁发起攻击，但这一年并没能攻下。1358年，刘福通再次进攻汴梁，元守将竹贞弃城逃跑，刘福通终于攻下了汴 梁，迎来韩林儿，将汴梁改为宋政权的都城，大有继承正统的意味。而事实证明，在没有强大的军事力量作后盾的情况下，刘福通的这一举动非常的不明智，他触动 了元人非常警觉的神经。三路北伐军相继失败后，元军步步紧缩对汴梁的包围，刘福通也陷入了孤军奋战的境地。最后刘福通冲破元人重围，保护着韩林儿逃到了安 丰。就在刘福通被迫逃入安丰的时候，1363年2月，同是起义军的张士诚投降了元人（尽管这种投降只是名义上的，不受元人任何制约）。张士诚为扩大自己的 势力，他趁安丰空虚，对刘福通发起了进攻。而刘福通在北伐中已经失去了自己的主要军事力量，在这危急时刻，只好向在名义上仍然是红巾军的朱元璋求援。这一 举动的直接结果就是使朱元璋在红巾军中的地位迅速提升。
自脱脱被害后，起义军越闹越凶，在这“山河破碎风飘絮”的时刻，元军当年平定 四方的气势哪里去了？元顺帝又在做些什么呢？答案是元朝统治集团内部在这关键时刻正忙着争权夺势，而元顺帝则早就失去了对江山社稷、祖宗基业的责任心，整 天依红伴翠，“不爱江山爱美人”，沉迷在淫乐当中。
从1354年到顺帝逃离元大都这十余年时间里，顺帝先后起用右、左丞相竟有十余人之多，一个个不是奸佞小人、无能之辈，就是军阀武夫，结果祸国殃民，反而加速了元朝的灭亡。
元末的这场权力争夺从察罕帖木儿和答失八都鲁开始。答失八都鲁出身蒙古名门，他总领河南军马，但在与红巾军在冀、鲁地区的交战中屡战屡败，于是元政府派 察罕帖木儿率军从关陕入河南，帮助答失八都鲁镇压起义军。没想到察罕帖木儿进入冀、鲁地区后却侵占了答失八都鲁的势力，答失八都鲁也因此忧愤而死。答失八 都鲁的儿子孛罗帖木儿接替了父亲的职位，开始了与察罕帖木儿间的势力争夺战。这下可好，本来已经内乱频繁了，元朝内部自己人还打了起来。这两股元朝末期的 主要军事力量，如果不是有起义军攻入他们的势力范围，根本就不理睬长江以南起义军的扩张，双方打得不亦乐乎，多次由元廷出面，命各还本镇才稍有停歇。
1360年，察罕帖木儿在山东被起义军田丰、张士诚刺杀，他的养子王保保（蒙古名字是扩廓帖木儿）承袭父职，双方的内讧愈演愈烈。1363年6月，孛罗 帖木儿乘王保保与山东起义军交战的时候，他派竹贞攻击王保保统辖的陕西。王保保立即派部将李思齐攻击竹贞，竹贞战败投降了王保保。由此可以看出双方这一时 期的战斗规模确实不小。
最可悲的是，两个地方军阀之间的交战与宫廷内部的矛盾又结合到了一起。脱脱死后，哈麻当上了中书左丞，他的弟 弟雪雪成为御史大夫。元朝的朝政全把持在了这两兄弟手中。人的野心真是无法预测，已经专权的哈麻还想得到更大的权力，他密谋拥立皇太子爱猷识理达腊，想要 废掉顺帝。结果被秃鲁帖木儿告发，被顺帝贬去了广州，途中被乱杖打死，结束了他罪恶的一生。哈麻死后，搠思监主政。这搠思监是个大贪官，为了搜刮财物，他 甚至下令印造伪钞。国家政府带头制造伪钞，政府腐败程度可见一斑。而顺帝这个时候更加沉迷在“大喜乐”的快感中，还很有“创造精神”地组织起身边的美人， 编演了新的“大喜乐”舞蹈——天魔舞，对国家政事简直厌烦透顶。