蒙古人征服过数以千计的城市，然而成吉思汗屈尊进入的城市，历史上仅仅提到一座。通常，当胜利得以确保的时候，他就带着他的朝臣侍从撤回到远方更舒适的营地，而由他的勇士去完成剩余的任务。1220年（即龙儿年）3月的某一天，这位蒙古征服者打破他独特的传统，带领骑兵进入到新征服的布哈拉城中心。该城是花剌子模算端（今译苏丹）最重要的城市之一，今属乌兹别克斯坦。尽管布哈拉城既非首都，也非主要的商业城市，但在整个穆斯林世界，它占据了崇高的情感地位，被视为高贵布哈拉。
在或许是军事史上最大胆创新的成功突袭之后，成吉思汗进入到布哈拉。当时，他的一部分军队从蒙古出发，沿着直线正面攻击算端的边境城市;而他自己则与辎重同行，率领另一支部队长距离远征，这一距离比任何其他军队行进的路线都要长——需要穿越两千英里的沙漠、山川及草原。最后，他们几乎不可思议地出现在敌方防线背后的纵深处。即便是商业旅行队也会绕道数百英里，避开克孜勒库姆沙漠，即传说中的红沙漠;不过这正好是成吉思汗选择从那个方向进攻的原因。通过与那个地区的游牧民建立良好的关系，成吉思汗得以率领他的军队，沿着至今仍未能确知的路线，穿越那片沙漠地带。
他的目标布哈拉城，矗立在阿姆河一条支流两岸的肥沃绿洲中部，那里的居民大多数是塔吉克人或波斯人，但却被新建立的花剌子模帝国的突厥部落所统治，花剌子模帝国是那个时代众多短命帝国中的一个。花剌子模算端所犯的一个严重的致命错误，就是他劫掠了蒙古商队，并把派去进行和平商业谈判的蒙古大使毁容，这一行径激怒了成吉思汗。虽已年近六十，但听到自己的人受到攻击时，成吉思汗毫不犹豫地召集了他那支纪律严明、作战经验丰富的部队，再次跨上战马，兴师问罪。
几乎不同于历史上任何一支重要军队，蒙古军队是轻便上阵，没有补给供应的。即便等到最冷的月份横跨沙漠，人和马畜也仅需少量的水。因为这样的季节有露水，可以刺激部分草的生长，这些草可供牧马，并可吸引到猎物，那是以狩猎为生的人所需的。蒙古人不是动作缓慢地运送攻城武器和重型装备，相反，他们带有快速机动的工兵部队，能当场使用可获得的材料，建造任何他们所需的东西。在跨越广阔的沙漠之后，蒙古人遇到第一片林子，他们就将其伐倒，制作攻城的梯子、武器及其他攻击器械。
当先头部队走出沙漠，发现有第一个小部落时，快速行动的特遣部队立即会改变速度，慢慢运行，动作迟缓，仿佛他们是来贸易的商人，而非快速攻击的勇士。在居民们意识到他们是谁，并在听到警报之前，蒙古军队正若无其事地漫步在城镇的门口。
出人意料地从沙漠中出现之后，成吉思汗并没有立即行进，并趁势攻击布哈拉。他知道，没有援军能离开正被他的部队所进攻的边境城市，因此，他可从容地运用一种令人痛苦的方式，左右布哈拉民众的忧虑和希望。这种策略的目标很简单而又往往是相同的：在战斗真正开始之前，用恐吓手段迫使敌人投降。起先通过夺取邻近的几个小城镇，成吉思汗的部队释放了很多当地的平民逃往布哈拉，逃亡者不仅充斥该城，而且大大地加剧了城内的恐惧氛围。
蒙古人在敌军防线背后的侵袭，立即给整个帝国带来了巨大的破坏和恐慌。正如波斯编年史家阿塔篾力克·志费尼所描述的那样，当人们看到环绕在他们周围的乡下居民时，他们被骑兵和骑兵带来的暗如黑夜的灰尘窒息住了，惊吓和恐慌压倒了他们，而且担忧和恐惧盛行。成吉思汗从给予民众两种选择开始，着手准备对一座城市展开心理攻势。
他给城外的民众提供宽待的投诚条款，若他们接受条款就可加入到伟大仁慈的蒙古人之中，用波斯编年史家志费尼的话来说，无论谁屈从于他们都可获得安全和自由，并远离严酷的恐怖与耻辱。对那些拒绝接受苛刻条款的俘虏，蒙古人就会在下一次进攻中，将他们置于军前，充当战争的炮灰。
进攻被设计成一次势不可挡的兵力展示，观众不是布哈拉已被征服的民众，而是远方的军队和成吉思汗下一个目标城市——撒马尔罕的民众。蒙古入侵者展示了他们新造的围攻武器——弩炮、投石机，这些器械作为武器，已被围攻部队使用了几个世纪，它们不仅能投掷出石头和火焰，还能射出燃烧的液体、爆炸装置和燃烧物质。他们调来了装在轮子上的巨大弩炮，而大队大队的人马则带着可伸缩云梯攻上塔楼，从塔楼那里，他们能够击中内城中的守军。从城市上空进行攻击的同时，坑道工兵们开始在墙底挖地道。