一二七六年（至元十三年）二月，夏贵以淮西诸郡降元。镇巢军统制洪福，原是夏贵的家僮，因战功任镇巢雄江左军统制。迸戍镇巢军的元军是由阿速人组成，极为残暴。洪福诱使他们入城，备酒设宴款待。元兵酒醉，洪福率领城中居民，将元军全部杀死。夏贵来进行招降，洪福不听。元军攻城报复。夏贵伪作单骑入城，与洪福商议。洪福轻信夏贵之言，开城门接纳。元伏兵擒洪福，处死。城中抗元居民全被屠杀。
一二七七年（至元十四年），元军主力北上与昔里吉作战。三月，宋文天祥复梅州，出江西，进复会昌。四月，张世杰复潮州。江西各地军民群起响应。舒州张德兴杀大湖县丞张德顾，与六安野入原民刘源起兵反元，蕲州傅高也起兵响应，攻据黄州、寿昌，传檄淮东四邵，大江南北诸城邑多乘势杀守将响应。湖北宣慰使郑鼎出兵镇压，义军决堤灌水，元军溃败，郑鼎也舟覆溺死。接着，义军进逼阳罗堡，鄂州大震。七月，元军围剿起义军，寿昌、黄州复陷。九月，司空山寨被攻破，张德兴牺牲。傅高出走江西武宁，在官府的追捕下无处存身，变姓名返乡，被当地官府捕获处死。
在湖南，张世杰派遣祁阳令罗飞围困永州，各地义军闻风响应，常宁的黄必达，新化张虎、周隆，潭州境内的文才喻等，阻山为寨，屠杀长吏。罗飞围困永州达七月。一二七七年十二月，元军攻陷祁阳，罗飞被杀，各地义军也先后被镇压。
浙江处州青田的季文龙、章炎在一二七七年率领淮军余部起义。淮军是张世杰的旧部，临安失陷后，这支队伍有很大部分流散在浙、闽各地。季文龙、章炎起事后，杀赵知府，自署两浙安抚使，环近七县俱起响应。处州总管府达鲁花赤赵责以兵围城。义军突围后又集众二万来攻，列阵于恶溪南岸，双方鏖战，自已至亥。元军万户忽都台合兵来攻，义军失败，季文龙溺死。
福建汀州长汀人黄广德在一二七七年四月称天下都元帅，刻都帅印，自立为天从广德皇帝，设铜将军、铁将军等称号。五月，南剑州沙县谢五十自称挚天将军。黄广德与谢五十军先后被元军镇压。农民军陈大举（陈吊眼）及舍族首领许夫人所率领的诸舍峒民军，与宋张世杰军联合，进攻福州。在福州的原淮军李雄部起而响应，杀死了同知宣抚司事潜说友。由于叛臣王积翁的欺骗和镇压，他们的反抗活动也陷于失败。
南宋灭亡以后，人民的起义斗争，汹涌而起，十分激烈。
杜可用（杜万一）起义一二八○年（至元十七年）四月，江西南康都昌县民杜可用利用白莲会组织起义，有众数万。可用号社圣人，建元万乘，自称天王（民间皆事天差变现火轮天王国王皇帝），以谭天麟为副天王，都昌西山寺僧为国师。江西行省参知政事贾居贞与江淮行省参知政事史粥联兵镇压。贾居贞令招讨方文伪装为农商，伏兵仗舟中，驶近农民军居住的茅舍。杜可用失于戒备，和起义军丞相曹某一起被擒牺牲。元朝又一次发布禁令，拘收在民间流传的《五公符》《推背图》《血盆经》等秘密宗教图籍，禁止一切左道乱正之术。
陈大举（陈吊眼）起义陈大举是福建舍族的一名首领。临安失陷后，乘乱起兵，后来受张世杰收抚，合兵进讨叛臣蒲寿庚。南宋亡后，舍族人民仍然坚持斗争。元政府曾诏谕：漳、泉、汀、邵武等处暨八十四畲官吏军民，若能举众来降，官吏例加迁赏，军民按堵如故。起义人民拒不受骗。一二八○年（至元十七年）陈大举的叔父陈桂龙起义于漳州，退守舍洞，凭险拒守。陈桂龙据九层际畲，陈大举据漳浦峰山寨，陈三官据水篆畲，罗半天据梅泷长窖。陈大妇领客寮畲，共有山洞山寨八十余处，据险相维，内可出，外不可入，建年号昌泰，声势浩大。元军征讨无效，福建等处征蛮都元帅完者都、右副都元帅高兴以大军围剿。高兴破高安寨，斩首二万级。陈大举仍连五十余寨，有众十万。一二八二年，完者都以降人黄华为前导，连破十五寨，陈大举退走千壁洞。高兴以谈判为名把陈大举骗至山半。陈大举轻信不备，被高兴仰面执手掣下，斩首漳州。其父文桂、叔桂龙、弟满安投降。余部吴满、张飞等坚持斗争，也被杀害。
林桂芳起义一二八三年（至元二十年）三月，广东新会县林桂芳、赵良铃聚众起义，建罗平国，称延康年号，有众万余。同知广东宣慰司事王守信率官军镇压，擒桂芳，又收降林桂芳弟于新会。南海义军三千人被镇压失败，军帅潘舍人被擒。
欧南喜起义一二八三年九月，欧南喜在清远称王，建元称号，设官置署，众号十万，据平康下里东团村等处。增城县蔡大老、钟大老、唐大老等响应。欧将军（欧锺）擒广东道转运盐使合刺普华，切断通往占城的饷道，并遣所部马帅、陆帅和徐相进袭广州，但在元军打击下兵败。欧将军走新会，与黎德会合。时黎德已集船七十艘，众号二十万，别部吴林以船八百艘围冯村。官军大举进剿，黎德、吴林的义军战败。黎德、欧王及其所署都督、丞相、兵马铃辖等二十四人均被元军擒捕处死。
黄华起义一二七八年（至元十五年）张世杰代蒲寿庚，建宁路政和县人黄华集结盐夫，并联络建宁、括苍舍族首领许夫人奉卫王檄起兵，有众四万。张世杰败走后，黄华军降元，屯驻建宁。一二八一年（至元十八年）完者都讨平陈大举，黄华曾担任向导，使元军得以了解山洞之险，迅速致陈大举义军于死地。一二八年（至元二十年），黄华再度举兵抗元，聚众十余万，军士剪发文身，号头陀军，用祥兴纪年（南宋未帝赵m的年号）。福建一道，收附之后，户几百万，黄华一变，十去其四。（王恽：《秋涧先生大全文集》卷九二）闽中大震。忽必烈急忙抽调在扬州的刘国杰军会合浙西行省的高兴部、参政兀鲁兀伯颜的江淮兵以及福建行省兵，大举进剿。义军攻信州南门，高兴与战于铅山、进陷嘉禾，义军少挫。这时，黄华集众号二十万，分据建宁四区，以示必取。高兴得到建宁受攻危急的消息，即卷甲直趋，会福建之师合击，俘叶都统、梁都统等。黄华败走江山洞，据赤岩山死守。官军猛攻山寨，鏖战半日。起义军终于失败，黄华赴火自焚死。同时起兵的还有青田吴提刑，自署为两浙安抚使。官军讨平之后，在俘获物中有宋前丞相陈宜中的札子和黄华的印榜。
钟明亮（朗）起义一二八九年（至元二十六年）正月，广东循州畲民钟明亮举兵反，拥众十万，进攻赣州，下宁都，据秀岭。时江南义军多达四百余起。元朝政府极为惊慌，忙令签江西行枢密院事也迭迷失率江西行省左丞管如德、福建行省拜降、江推行省忙兀台联兵进讨。五月，钟明亮以众万八千五百人降。闰十月又反，以众万人攻梅州，分遣江罗等八千人攻漳州。韶州、雄州等处的起义军二十余起响应。忽必烈严责也迭迷失、管如德，命与福建、江西二行省合兵镇压。也迭迷失惧怕义军，不敢前往；等义军一走，又诛杀平民冒功。义军利用地形，十分活跃。元廷虽两省一院并力收捕，地皆溪岭，囊橐其间，出没叵测，东击则西走，西击则东轶。（《秋涧先生大全文集》卷九二）一二九○年（至元二十七年）二月钟明亮再降，五月又反。广昌的邱元，赣、吉的谢主簿、刘六十，乐安的卢大老，南丰的雷艾江等纷起响应。钟明亮死后，余众奉其木主，继续进行斗争。
杨镇龙起义与钟明亮起义的同时，浙江台州宁海人杨镇龙据玉山县二十五都龙兴山称大兴国皇帝起义，以历某为右丞相，楼蒙才为左丞相，用黄牌书其所居门曰大兴国，建年号安定。军士在额上刺大兴国军四字。一二八九年（至元二十六年）二月一日，杀马祭天，声言受天符举事。义军众号十二万，以七万攻东阳、义乌；余攻嵊县、新昌、天台、永康等处，浙东大震。时诸王瓮吉带谪居婺州，与浙江行省丞相忙兀台调军镇压，败义军新昌，进陷桃源，义军先锋张九被擒。三月，官军逼龙兴山，纵火焚杀，义军溃败。但余部仍坚持斗争，直到一二九○年三月仍在浙东一带活动。刘六十起义一二九六年（成宗元贞二年）赣州民刘六十聚众万余人起义，建立名号，把斗争的目标指向元朝官府和欺压农民的土豪。元朝派兵去镇压，起义军声势甚盛，元军主将观望退缩，不敢出兵作战。江西行省左丞董士选（董文炳子）去兴国县，处死欺压农民的官吏和激起反抗的豪绅，对起义军分化诱骗。刘六十被擒，起义失败。