元朝制度，以中书省为最高行政机构，但是又置尚书省，与中书省并立。尚书、中书、门下三省并立虽然是沿袭前朝旧制，但元代的中书、尚书二省的职掌则不同于前代。
宋朝制度，财赋官与行政官分立。元朝的财赋官与行政官则时合时分。中间经过多次变动，中统三年（公元1262年），在中书省之外，另设领中书左右部，总管财赋，由阿合马统领。中统五年（公元1264年）罢废领中书左右部，并入中书省，阿合马为平章尚书省事。至元三年（公元1266年），又立制国用使司，管理财富，阿合马为制国用使。至元七年（公元1270年）罢制国用使司，立尚书省，这段史实，《元史·世祖纪》记载甚详，兹引如下：
至元七年春正月，立尚书省，罢制国用使司，以平章政事忽都答儿为中书左丞相，国子祭酒许衡为中书左丞，制国用使阿合马平章尚书省事，同知制国用使司事张易同平章尚书省事，制国用使司副使张惠、佥制国用使司事李尧咨、麦术丁K参知尚书省事……。二月甲申，置尚书省署。
从这段记载可知，尚书省只置平章政事、同平章政事、参知政事等官，而无左右丞相。可见尚书省乃制国用使司罢废之后为代行其职而建立起来的官署：制国用使司为掌管财赋的机构，代行而置的尚书省，自然也是掌管财赋的官署。尚书省在有元一代时置时废，与中书并立前后共三次，其变动情况大致如下：
当阿合马领中书左右部，总理财政事务时，凡事不关白中书省而直奏皇帝，独揽财权，中书省诸官无可奈何。不久，阿合马又设制国用使司，自任该司之长官，成为一个相对独立的财政机构，以便于更自由行权。但是，这个机构的地位毕竟是在中书省之下，行动尚诸多不便。所以，就在至元七年（公元1270年）升制国用使司为一省，名为尚书省，想以此脱离中书省的控制而独立。在两省并立之后，世祖定制：凡铨选名官，吏部拟定资品，呈尚书省，由尚书咨中书闻奏。这个规定虽然把权力的重心移到尚书省，但是仍不能排脱中书省的制约。当时阿合马任平章尚书省事之职，以一省长官自居而渺视中书省，选官任人，既不经吏部也不咨中书。中书右丞相安童多次在世祖面前责备他。但阿合马固争不已，安童只好让步。於是，中书之权完全移到尚书省了。至元九年（公元1272年），世祖发现中书、尚书并立，弊端百出，便合两省为一，废尚书省，恢复中书一省之旧制。以阿合马与张易为中书平章政事，以张惠为左丞，李尧咨、麦术丁为参知政事。这样一来，机构虽然复旧，但掌握实权的仍然是原尚书省的一帮官员。加以至元十三年（公元1276年）以后，不置右丞相，十五年（公元1278年）以后，左丞相也成虚位。事实上，阿合马成为中书省的长官，更加专横跋扈。因而至元十九年（公元1282年）便被杀掉。
至元二十四年（公元1287年），诸大臣中多主张恢复尚书省，世祖许之，就于是年闰二月再置尚书省，并改天下之行中书省为行尚书省，改中书六部为尚书六部。中书省仍存在，以安童为中书右丞相，平章政事以下设官如旧，但只占虚位，并无实际职掌。十月，任命尚书平章政事桑哥为尚书右丞相。桑哥刚愎自用，任右丞相以后，更加专断，至元二十八年（公元1291年）正月被罢，同年五月废尚书省，再次恢复中书省总揽政柄的旧制。
元武宗之世，因滥赐诸王大臣，大兴土木而造成财政贫乏，钞法紊乱。为救财政困难之计，便於至大二年（公元1309年）八月特立尚书省，以皇太子为尚书令，发行至大银钞，并铸造铜钱，但终未能挽救经济穷困之僵局。至大四年（公元1311年）武宗死，仁宗立，又再废尚书省。
总之，元代三次设立尚书省，与中书并立，皆因互相争权，弊害百出，终被废除，而恢复中书一省之旧制。
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