中秋之时，蒙古人常常是厉兵秣马，准备出征。那天晚上多以月为占候，“月明为利，即兴兵”，“风雨冥为不利，即不兴兵”。在这种情况下，征战在即的蒙古人很多是无暇赏月的，所以历史记载也很少。
在八月十五前后，元朝宫廷太史院会选择吉日上奏请示举行洒马奶酒的祭祀庆典活动，因为这时元皇帝还在上都居住，但已经准备好要返回大都。在中秋节这个特殊的日子里，宫廷内便会经常举办宴席，尽情欢娱，推杯换盏，你敬我来我敬你。
据说，上都北城墙的穆清阁是上都地势最高的地方，也是经常举办盛宴之地。皇帝、大臣、元宫廷中人走到阁楼边登高望远，城内外紫菊和金莲花盛开，漫天遍野的鲜花绽放，在蓝天白云的衬托下，分外高贵美丽。
只见他们簪于帽上的紫菊和金莲花也在空中招摇着，比一比谁的鲜花开得最大，开得最艳，开得最灿烂。
宫廷中除了宴会庆祝，民间中秋节吃“月饼”，互赠月饼自是不能少。南宋期间，民间以月饼相赠，取团圆之义。
除此之外，“中秋节”在元朝时期，还有很多别样的故事。
潮汕地区中秋之夜用意溪朥饼、芋头拜月娘，烧瓦塔，燃烟堆，这些都是这里古老的传统活动。据说这些习俗有一番不凡的来历，这要追溯到元代。那时，潮州人把元兵称作元番或胡人。传说元兵攻进潮州城之后，为了巩固其统治，实行联户制三家一保，每三家人供养一个元兵，只准养胖不准养瘦。还规定三家人晚上不得关门，任由元兵随意上哪家睡觉。百姓受尽欺凌忍无可忍，就在八月十五那天，家家户户拜月娘的供桌上都多了一盘朥饼和一个蒸熟的芋头。
原来这是起义者事先安排好的，饼底下垫着一小块四四方方的白纸，乍看似乎是防止油渍出来，其实上面写了个“杀”字，暗中传递消息，约定拜完月娘请元兵吃朥饼时，一见“杀”字，男女老少一齐端起烛台、香炉、棍棒、菜刀痛杀元兵。
结果一夜之间，十恶不赦的元兵全被斩尽杀绝。农村因为村落分散，为了便于统一行动，只好以烧瓦塔、燃烟堆为号。这大概就是今天月饼外常贴上一张纸的由来。
当地还有中秋吃芋头的习惯，潮汕有俗谚：“河溪对嘴，芋仔食到。”八月间，正是芋头收成时节，农民都习惯以芋头来祭拜祖先，表达对先祖的敬意和怀念。这固然与农事有关，但民间还有一则流传广泛的传说。
1279年，蒙古贵族灭了南宋，建立元朝，对汉人进行了残酷的统治。马发据守潮州抗元，城破后，百姓惨遭屠杀。为了不忘胡人统治之苦，后人就取芋头与“胡头”谐音，且形似人头，以此来祭奠祖先，历代相传，至今犹存。
直到现在，人们在中秋节还继续拜月，吃月饼、芋头。有些农村，各家各户也还有自愿抱出稻草、劈柴堆在一起，燃烟堆和烧瓦塔的习俗。塔高1~3米不等，多用碎瓦片砌成，大的塔还要用砖块砌成，约占塔高的1/4，然后再用瓦片叠砌而成，顶端留一个塔口，供投放燃料用。中秋晚上便点火燃烧，燃料有木、竹、谷壳等，火旺时泼松香粉，引焰助威，极为壮观。
民间还有赛烧塔规例，谁把瓦塔烧得全座红透则胜，或在燃烧过程倒塌的则负，胜的由主持人颁发彩旗、奖金或奖品。据传烧塔也是元朝末年，汉族人民为反抗残暴统治者，于中秋起义时举火为号而由来。
在福建浦城，女子过中秋要穿行南浦桥，以求长寿。在建宁，人们会在中秋夜挂灯向月宫求子。上杭县人过中秋，儿女多在拜月时请月姑。龙岩人吃月饼时，家长会在中央挖出直径2~3寸的圆饼供长辈食用，意思是秘密事不能让晚辈知道，这个习俗是源于月饼中藏有反元杀敌讯息的传说。