蒙古统治者最先接受佛教中的禅宗思想。1214年，蒙古军攻克金人宁远城时，只有13岁的禅僧海云见到了成吉思汗。1219年，成吉思汗传诏，命海云和 他的老师中观一起管理汉地僧人，并免去了僧人的差役。1242年，海云又北上觐见了忽必烈，并在讲解佛法的同时，将刘秉中介绍给了他。蒙哥汗时期，吐蕃佛 教（即喇嘛教）亦开始进入蒙古宫廷。后来，由于受到帝师八思巴的影响，在元朝佛教各派中，吐蕃佛教在朝廷的地位最高，而就全国而言，最为流行的则是禅宗。 同时，从佛教派生的白云宗，即 白莲教 ，在南方也拥有了越来越多的徒众，到元末竟成了农民起义军最初的主要力量。
道教在元代也比较盛行。元朝时期，在北方活动的道教，主要是太一、大道、全真三派及浑元教。在这些教派中以全真对蒙古统治者的影响最深。
全真教由道士王重阳创建，教义主旨在于宣扬儒、释、道三家合一，兼而修之，故号全真。因在金末元初，全真派掌教丘处机西行觐见成吉思汗的关系，全真教在 蒙古帝国时期前期的三四十年内，成为北方道教的主要势力，形成了一门独尊的势头。后来在蒙哥在位时期，佛教与道教为谁是正宗的问题发生争论，全真教在两次 佛道辩论中都失败，结果使道教的地位降至佛教之下，而且也改变了全真教在北方道教诸派中一门独尊的局面。但贯穿元朝始终，南方主要是太一、大道这些自宋以 来就进行传播的宗教，而北方道教依旧是全真为尊。
伊斯兰教早在唐代就已经传入我国。元代一般称伊斯兰教徒为回回人。 回回 一名则是 回纥 的谐音。元朝境内的回回人主要来源于蒙古西征时从中亚、波斯和大食俘掠来的人口或当时投降依附蒙古的官员将领，当然也有相当部分的商人。回回构成 了色目人中的绝大部分，政治上很受蒙古统治者信任，不少人在中央衙门或地方官府担任要职。如元朝的著名能臣赛典赤就是回回。
基督教 （主要指聂思脱里教）也是唐代传入我国的，当时被称为 波斯经教 ，又称为景教或大秦景教。九世纪中期，由于唐政府的取缔，基督教在内地趋于灭绝。但在辽 金时期，景教在中国西北民族中广泛传播。蒙古草原上的克烈部、乃蛮部都信奉基督教。这些部落被成吉思汗灭亡后，基督教也随着被征服的部众重新传入内地。因 为基督教是从西北地区重新进入内地的，所以元代西北地区仍是基督教教徒比较集中的地区，此外因商业原因，大都乃至江南沿海各地也有许多信徒。
摩尼教是唐代传入中国的又一教派。是唐代漠北的回鹘汗国所信奉的宗教。因为回鹘人帮助唐朝平定 安史之乱 有功，所以摩尼教在唐代受到保护。公元840 年回鹘人西迁以后，把摩尼教带入了吐鲁番地区。而内地的摩尼教虽遭唐政府禁限，但并未灭绝，在东南沿海一带的民间仍然被信奉。因为摩尼教崇拜光明，因此也 称 明教 。到了元代，元朝人像对待其他宗教一样对待明教，并不进行干预，将其和基督教一样看待，不加区分。当时明教在泉州、温州地区十分流行，并建有寺 院。
在元朝，天主教也传入了中国。因为蒙古大军的西征，使罗马教廷为之震动。因此法国国王和教廷都曾遣使者到达过中国。蒙古人掳回的战俘中也有东正教徒和天主教徒。后来他们定居在蒙古本土和汉地，所信仰的宗教也随之东来。但影响远不及基督教。
相较于东正教徒和天主教徒，犹太教进入中国的时间就要早得多了。宋代时，就有相当数量的犹太人定居在了开封。他们是来自波斯或中亚落籍不归的西域商旅的 后裔。在开封，这部分犹太人有自己的社区，保存了自己的宗教。金代，1163年，开封的犹太人还在俺都喇的组织下开始修建了 祝虎院 ，即犹太教教堂。元 代，犹太人被称为术忽，或主吾，有的时候也被称为术忽回回。蒙古人并不注意区分伊斯兰教徒和犹太教徒，把他们都视为一类人。总之，只要他们的宗教信仰不损 害蒙古统治的尊严，蒙古人对回回人和犹太人则采取放任态度，不予干涉。
另外，由于宋元时期海上贸易发达，自宋朝起，就有来华的信仰印度教（即湿婆教）的印度人。总之，应该说元朝对于宗教的宽容政策是成功的。在元朝没有发生过像西方国家那样的大规模的宗教战争，与统治者的这种态度是分不开的。