当时 淮东、真州、扬州、泰州仍然被南宋的遗臣李庭芝、姜才、苗再成等人坚守。从临安逃出的张世杰、陈宜中、陆秀夫、文天祥等人则很快在福州拥立益王赵昰为帝。 就在这个时候，伯颜回到了蒙古，因为元朝内部又出现了叛乱，蒙哥汗之子昔里吉起兵。元朝人于是把主要的注意力北移，给了南宋的遗老遗少们一定的喘息时间。
在这段时间里，真正做到有效抵抗的只有李庭芝与姜才协守的扬州。留在南方的元将阿术对扬州屡攻不下，正好临安已经投降，伯颜将太皇太后谢氏谕降李庭芝的 手诏送到阿术军前。阿术立即命人在城下宣诏。李庭芝听完宣读后说道： 我只知奉诏守城，没听到有诏谕命令我归降。 阿术没办法，只好继续攻城，依旧不克。 后来李庭芝听说南宋皇室被虏北上，痛哭流涕，尽散家财劳军，令姜才率四万人截击瓜洲，想要夺回两宫。姜才率军出战，与元军血战6个多小时，元兵为防有失， 劫持南宋皇室后撤。姜才紧追不放，边追边打，到浦子市，正遇到前来支援的元军。阿术亲自督战，前后夹击姜才，姜才自知兵少久战，难以取胜，只好撤退。阿术 爱惜姜才勇猛，令人招降。姜才慨然回答： 我宁可死，这么可能作降将呢？ 同时守卫真州的南宋遗臣苗再成，也出兵夺驾，但都没有成功。
这次战役结束后，阿术又多次以太后谢氏的名义谕降李庭芝。李庭芝不答，命士兵发弩射死谕使。阿术于是遣兵守高邮、宝应，断绝扬州粮道，跟着又用谕旨招降 李庭芝。李庭芝再次杀死谕使。这时淮安、盱眙、泗州均因粮尽出降，只有李庭芝力战不屈，粮尽就将铠甲上的牛皮煮了吃。这一时候，扬州城内出现了兵民易子相 食的悲惨景象，李庭芝仍守城不降。恰在这一时刻，张世杰、陈宜中、陆秀夫等人在福州拥立益王赵昰称帝，召李庭芝为右相。李庭芝接诏，令制置副使朱焕守扬 州，与姜才率兵七千赶往泰州。没想到李庭芝刚出城，朱焕就献城出降了。李庭芝马上受到了元军的追击，只好逃入泰州，泰州裨将孙贵、胡惟孝也偷偷打开泰州北 门接应元兵，李庭芝和姜才被俘，先后被杀。
李庭芝和姜才死后，南宋遗臣们的抵抗意志更加脆弱。
1277年元人稳 定了北方局势后，重新集中力量平定中国南部地区。就在这一年，元将唆都依次占领了福州、泉州和广东，1278年占潮州。同样是在1278年，两淮、四川的 抗元势力也先后失败。在5 月8 日，不到10岁，刚拥立不久的宋帝赵昰在心惊胆战中死去。他的弟赵昺又被推到了这一时代的风口浪尖上，登上 皇位 ，成 为南宋残余势力新的心理寄托。但很快，这一寄托也随着汹涌的波涛消失在了大海之上。张世杰等人以雷州半岛附近的硇洲岛为基地，不久，元军的持续进攻迫使他 们再次逃亡，从广州渡海到达崖山岛。
元军迅速对崖山进行了封锁，并展开了进攻。这是历史上罕见的大海战，它将南宋最后的一页展现为凄惨悲壮的画面。
1279年2月，元军都元帅张弘范会同副帅李恒，兵分水陆进攻崖山。张世杰率军进行决战，集结一千多艘舰船，四周加固战栅，构成海上坚城。元军的数次进 攻，均告失败。但张世杰的这种做法无疑将战船的机动性抹杀了，不能有效地进攻，只能进行防御，面对这种被动挨打的局面，战败也就只是时间问题。元军先威迫 被俘的南宋丞相文天祥写信招降，遭到了文天祥的拒绝，于是又利用张世杰的外甥去劝降，结果也被张世杰骂走。于是元人采用断绝补给，长期围攻的办法，占领了 崖山外围，随即截断了南宋的粮、水补给线。南宋官兵吃干粮饮咸水，呕吐疲乏，仍坚持战斗，毫无降意。二月初六，天色晦暗，风雨交加，元军把握住了战机，趁 早、午海潮涨退的机会，大举围攻崖山。3月19日，张世杰决定突围，在经过苦战后，南宋船队最终崩溃。混战中张世杰领少数战船，乘雾突围成功。但少帝赵昺 和丞相陆秀夫被困崖山。无奈之下，陆秀夫杀死妻子，怀揣玉玺，抱着尚不明白发生了什么的少帝投海殉国， 后宫诸臣，从死者众 。
战斗历时20多天，双方共投入兵力50余万，动用战船2千余艘，战斗结束时南宋军队几乎全军覆没，海上浮尸达10万之多，七天不尽。
几天以后，张世杰回来寻找帝室，知道少帝已死，只好带领船队再度出海。三个月后，航至海陵岛一带遇飓风溺死海中，全军覆没。另外还有一部分南宋遗臣逃到 了占城，也就是今天的越南，希望在那里实现他们的恢复宋朝的梦想。不过，当元军开始准备对占城用兵时，这群南宋最后的 忠臣们 也退出了历史舞台。南宋成 为了一去不复返的历史。
点评
面对历史，我们最好做一个冷眼的旁观者，尽量不要把情感掺杂在里面。因为那样的话我 们就不是在阅读历史，而是在用自己的情感去感受、甚至是在改动着历史。就历史本身而言是客观的，但当历史转化成文字形式出现时，就从来没有绝对客观过。因 为书写历史的人是有目的、有感情的。
究其南宋灭亡的原因是复杂的，尽管出现了贾似道这样的奸臣，度宗这样的昏君，但对于这个经济文化 极为发达，而在军事上只能守成，不能开疆拓土的朝代来说，面对着強敌环伺的乱世，灭亡只是早晚的事情。这是客观上的必然。可如果说南宋一定就会在1279 年灭亡，那就是毫无道理的主观认识了。毕竟历史是由一个个事件组成，而事件是由人来演义的。襄樊是可以守住而未能守住的。因为有贾似道、吕文德、范文虎， 贪图安逸、贪图钱财、贪生怕死这样的一群官吏构成了南宋的腐败政治。张世杰是个忠臣，但他却只是一员猛将，而不是一个深谋远虑的帅才。在淮南的战场上，他 铁锁连舟，叫元人一把火将10万大军烧得所剩无几。心怀忠勇，统率大军，却不能将军队的作用发挥出来，这就是张世杰。
南宋是一个不乏 忠臣，也不乏奸臣的朝代，它所缺乏的是能够力挽狂澜的军事家，纵马扬鞭的统帅。这并不是说南宋不存在这样的人，而是即便存在这样的人也很难被重用。有时在 国家危难时刻，虽然被重用一时，危机过后，帅才们会立即被排挤或剪除。北宋末年的李刚是这样，南宋初年的岳飞也是这样。这种对将帅之才的排挤在整个宋朝都 是有传统的。因为宋太祖的皇袍加身就是在武人得志的情况下发生的。因此宋朝重文轻武，对有能力的武人如果不是必要，很少会交给实权，以至于在南北宋320 多年的历史上，宋朝的军队战斗力不能说是不强，将帅的谋略不能说是不高，可却只能丧失土地，却不能开疆拓土。就如同宋高宗担心岳飞专权一样，宋朝皇帝宁可 信任小人，也不会让一个武人得到他应得的荣誉。