1262年，色目人阿合马借兼诸路都转运使的机会，大肆在任职地推广他的“高利贷业务”因此，他所任区域内的收税效率比别的地区都高。当时，忽必烈正在为南征南宋的经费发愁，阿合马的出现无异于雪中送炭。于是，阿合马的官位也得以一路高升，到1267年，元朝的财政权和人事权几乎被他一人抓在手里。
忽必烈平定东南地区后，阿合马奏请在当地大设转运司，用以收取商品过路费。大批钱财滚滚而来，东南商品经济却遭到了前所未有的打击，可此时的忽必烈已经被阿合马哄得心花怒放，甚至宣称他是百官之首。有皇帝撑腰，阿合马有恃无恐，开始大肆排斥异己，尤其是那些有战功的蒙古老臣。
阿合马的专权，在朝堂上下早就引起了公愤。本来元朝在平定南宋期间，汉臣汉将与蒙古族勋贵之间的关系就一度紧张。阿合马仗着忽必烈的宠信，把两边都得罪了，这么一来，他离末日也就不远了。
1282年三月，益都千户王著与一僧人合谋，谎称为真金太子做佛事潜入大都，又假以真金太子之名，诏令枢密副使出兵相助。接着，王著以真金太子随从的身份觐见阿合马，谎称真金太子要见他，阿合马果然上当，被骗出宫来，王著手持大锤，当场杀死阿合马，并高喊“为天下除此贼”。事后，王著主动投案自首。
忽必烈知道此事后极其震怒，下令御史中丞和礼霍孙严查。和礼霍孙办事效率很高，几天就定了案，说是汉人恼恨阿合马加税，因此杀他泄愤。忽必烈一开始非常痛惜，不忍心查办阿合马，但蒙古勋贵纷纷附议，历数阿合马之罪状，众议汹汹之下，忽必烈只好下令彻查阿合马。
结果让人瞠目结舌，阿合马除拥有大笔金银外，仅小妾就有五百人。更让忽必烈恼火的是，在阿合马家里还搜出一张人皮，其小妾招供说是阿合马每天做诅咒用的。忽必烈认为阿合马是在诅咒自己早死，顿时勃然大怒，接下来：阿合马全家被抄，阿合马的坟墓被掘，尸体被狼狗吃得只剩白骨。
事情到此还没结束，在真金太子的要求下，忽必烈彻查了阿合马的同党，一共714人，或免或贬。
后人多说是王著出于义愤，杀掉了阿合马，事情并没有这么简单。在整个审理过程中，和礼霍孙一直都是从速从严。按照王著等人的供词，他们是冒用了真金太子的名义，假托真金太子的诏书调动军队，成功除掉了阿合马。但问题是，阿合马怎会如此轻易上当？而且蒙古大臣对阿合马的死无不拍手称快，在阿合马死后短短几天，就有大量的奏折揭发阿合马的罪行。如果说之前没有串通过，显然难以让人置信。
因此，阿合马的死，很可能是真金太子策划的。因为如果阿合马继续横行，与真金太子继续交恶，随着忽必烈对阿合马宠信的加深，真金太子的地位势必会受到影响。因此先下手为强，才是最好的选择。
但这场惊天动地的谋杀案并没有改变元王朝的内外政策。阿合马死后，财政收入锐减，忽必烈起用了阿合马善于理财的同党。真金太子觉得忽必烈不信任他，大受打击。后来又因为江南御史台奏请忽必烈禁止后宫干政，忽必烈怀疑这份奏章是真金太子指使的，冲他发了一通邪火，真金太子竟然吓得一病不起。1286年，这位怀有“行汉法”理想的太子逝世，元朝汉法派的势力从此日渐式微。