裴仁基是隋末唐初将领，字德本，河东郡人氏。裴仁基出生名门官宦之家，父亲是上仪同裴定，祖父是北周骠骑大将军裴伯凤。
裴仁基早期在隋文帝身边做侍卫，后来隋文帝出兵攻打陈朝和吐谷浑等，裴仁基自请出征，立下赫赫战功，被封为仪同，后来被封到汉王杨谅王府为侍卫。
隋文帝去世之后，隋炀帝杨广做了皇帝，杨谅十分不满，因此有反叛之心。裴仁基知道后，多次苦苦相劝，但是杨谅不听，执意出征。后来裴仁基因为阻止杨谅反叛，被关押进大牢之中。
杨谅反叛被镇压后，隋炀帝得知裴仁基所为，对裴仁基大加夸奖，并升裴仁基为护军。蛮贼向思多反叛，裴仁基跟随李景出征，后因立下战功升任银青光禄大夫。
裴仁基后来又先后参加对吐谷浑和靺鞨的作战，由银青光禄大夫升为金紫光禄大夫到左光禄大夫。隋炀帝好大喜功，发动对高丽的作战。裴仁基跟随隋炀帝远征高丽，升光禄大夫。
大业十二年，隋炀帝巡幸江都。程咬金等人在瓦岗起义，由李密带领占据洛口，堵住了隋炀帝北归的道路。
朝廷任命裴仁基为河南道讨捕大使，据守虎牢以抵抗李密。裴仁基率领士兵与李密死死对抗，期间俘虏杀死了不少李密的人马。同时己方士兵也十分疲劳，作战越来越不顺心。
为鼓舞士气，也为了奖励士兵，裴仁基将战争所得的一些战略物资，全部都分给下方将士，作为奖赏。但是当时身为监军御史的萧怀静并不同意，士兵们因此对萧怀静多有怨恨。犯了众怒，萧怀静总不能全都给处罚了，所以他就此恨上了提出这个想法的裴仁基。
在此后的多次作战之中，萧怀静经常向朝廷弹劾裴仁基，说了裴仁基的不少坏话。尽管裴仁基没有被处罚，但是在朝廷里的处境却越加不好。
后来在洛口仓城之战时，裴仁基误期未到，被萧怀静抓住把柄。一边害怕被李密打败，一边又害怕朝廷治罪，裴仁基陷入两难。
李密得知之后，就派人去劝说裴仁基投降。裴仁基认为自己继续待在隋朝是没有好下场的，因此就顺势投了李密，加入瓦岗寨阵营。
裴仁基加入瓦岗阵营之后，受到李密重用，封为上柱国、绛郡公。裴仁基一来就杀死萧怀静，立下大功。后来裴仁基又参加了多次战役，包括对王世充的作战，裴仁基战功赫赫。
武德九年的时候，王世充走投无路，决定破釜沉舟，准备与李密决一死战。李密接到邀战书，前往询问裴仁基的意见。
裴仁基认为王世充将所有精锐部队带出，前来决战，那么洛阳定然十分空虚，如果能虚晃一枪，将大部分兵力派去收复洛阳，一定能大有收获。
李密没有听从裴仁基的建议，与王世充决一死战，结果战败逃亡。裴仁基被王世充部队俘虏，后被王世充封为礼部尚书。
裴仁基的儿子裴行俨也随父亲一同降服王世充，王世充对他们十分礼遇，将侄女嫁给了裴行俨。但是随着父子两人的功绩越大，王世充越发不安心，后来起了猜忌和杀心。
裴仁基知道了这个消息后，心中十分不安，最后走上了暗杀王世充的道路。可惜最后失败了，裴仁基被捕，被处以死刑。