康熙二年（1663），乡试中举，授广东香山知县，因擅开海禁，罢官从商。三藩之乱后，捐资募兵，投入康亲王爱新觉罗·杰书麾下，署诸暨知县，屡献奇谋，擢为浙江温处佥事。康熙十五年（1676），劝降耿精忠，迁福建布政使。
康熙十七年（1678年），升任福建总督，负责平台事宜。康熙十九年（1680），率兵攻克海澄，收复金厦，迫使郑经退兵澎湖，授兵部尚书衔、少保兼太子太保、右都御史。康熙二十一年（1682），协助水师提督施琅收复台湾。功高不赏，郁郁而终于福州。
姚启圣为政统军执法严明，在收复台湾过程中功勋卓著。著有《忧畏轩奏疏》、《忧畏轩文告》等。
姚启圣一生性爽朗，视钱如粪土。关心故乡绍兴建设，曾修郡邑庠及三江闸、西江塘。其还是个诗人，在徐世昌编的《晚晴诗汇》及钱仲联编《清诗纪事》中，都收了姚启圣的诗。
人物生平
早年时期
姚启圣，浙江会稽（今浙江绍兴）人，字熙止，号忧庵，从小有豪侠之气。顺治初年，清军占领江南。姚启圣前往通州，为当地土豪侮辱，因而投效清兵，被委任为通州知州。姚启圣随即将土豪抓捕杖杀，后辞官离去。一次郊游萧山，姚启圣遇见两个兵卒抢掠女子， 上前佯装好语相劝，夺取佩刀杀了兵卒，救下女子送还其家。
姚启圣前往依附族人，被列籍汉军镶红旗。康熙二年（1663年），姚启圣在八旗乡试中考中第一名，被授予广东香山知县。前任知县因财政亏空数万而被下狱，姚启圣代为偿还。不久后因擅自开放海禁，被弹劾罢官。
剿靖南王
康熙十三年（1674年），靖南王耿精忠在福建举兵叛乱，进入浙江境内，攻取温州、台州、处州等下辖县。康熙皇帝命康亲王爱新觉罗·杰书率兵讨伐，姚启圣与儿子姚仪募壮兵数百，赶赴康亲王麾下效力。姚启圣被委任为诸暨知县，剿平紫山土寇。
康熙十四年（1675年），康亲王将姚启圣的功绩上奏康熙皇帝，姚启圣因而被破格提拔为浙江温处道佥事。后随都统拉哈达剿平松阳、宣平县的叛兵。康熙十五年（1676年），姚启圣与副都统沃申、总兵陈世凯等协同平剿耿精忠，攻打石塘，将木城焚毁，斩杀众多耿军，乘胜收复云和县。 同年十月，姚启圣父子随康亲王军征讨耿精忠，军队攻入仙霞关，逼近福建，耿精忠投降。姚启圣被提拔为福建布政使。当时郑成功之子郑锦占据漳州、泉州和兴化，清军前往征讨。吴三桂麾下将军韩大任骁勇善战，被称为“小淮阴侯”，自赣入汀试图与郑锦会合。姚启圣将其说降，得到其部卒3000人编入亲军。
康熙十六年（1677年），姚启圣随康亲王攻克邵武和兴化，完全收复漳、泉之地，郑锦逃回厦门。总督郎廷佐上奏康熙称姚启圣与其子姚仪屡获战功，且养军购马、备置甲胄弓矢，先后用银五万两都是自己筹措出资，康熙皇帝下诏嘉奖，晋升福建总督。
收复台湾
康熙十七年（1678年）七月，姚启圣偕同海澄公黄芳度从永福进兵，收复平和、漳平二县。郑锦麾下大将刘国轩等进逼泉州，立营于蜈蚣岭。姚启圣率壮士出战，将军赉塔、都统沃申等夹击，连破郑锦营寨，斩杀其部将郑英、刘正玺等十余人，刘国轩兵败逃遁海澄。姚启圣乘胜攻克收复长泰县，因战功被进封正一品。同年九月，姚启圣派遣其子姚仪进兵同安，敌军弃城逃遁。十月，姚启圣偕副都统吉勒塔布、提督杨捷等进攻海澄，接连在江东桥、潮沟击败刘国轩。
康熙十八年（1679年），刘国轩等准备毁断江东桥以攻取长泰。姚启圣偕赉塔、杨捷及巡抚吴兴祚协力追歼，大败郑锦军队，先后招降官吏400余名、士兵14000余人。康熙十九年（1680年）二月，姚启圣与赉塔及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路合击，破敌19寨。另派遣军队渡海，攻下金门、厦门，招降朱天贵、杨彪等，进封兵部尚书、太子太保。
康熙二十一年（1682年）二月，姚启圣因攻克海澄、金门、厦门之功，被授予世袭骑都尉，加一云骑尉。当时郑经已死，其子郑克塽袭位，称延平王，表示愿意对清称臣进贡。姚启圣上奏，康熙不许，命水师提督施琅攻取台湾。康熙二十二年（1683年），施琅攻克台湾，姚启圣还兵福州。
病逝福建
康熙二十二年（1683年），姚启圣还兵福州不久背部旧疾复发，很快病故，终年六十。朝廷商议姚启圣修造船舶、军械仍亏欠四万七千帑金，应予追缴。康熙皇帝感念姚启圣生前劳苦，免于追缴。
《清史稿·列传四十七》有记载。
主要成就
平定三藩
姚启圣在追随康亲王爱新觉罗·杰书平定耿精忠叛乱之役中声名鹊起，其以不凡的勇气和谋略，协助康亲王攻克收复了江浙陷于耿精忠部署的土地，并一路进取福建，彻底平定耿精忠叛乱。
收复台湾
• 击退刘国轩
康熙十七年（1678年），郑成功部将刘国轩率军进攻福建沿海，攻陷漳州门户海澄。姚启圣上任后迅速进剿郑军，很快扭转败局，迫使刘国轩收缩兵力在漳州附近，为后续逐步收复台湾奠定基础。
• 制订平台方略
姚启圣上任伊始即向康熙奏请自己的战略部署，提出以“剿抚并用”的方式，一边攻取收复失地，一边招抚敌方不坚定的盟军将领。这一策略正适合清初国情，很快被康熙采纳，使得清廷顺利收复台湾。
• 招抚郑军
姚启圣以从郑氏集团内部分化瓦解，逐渐削弱敌方势力的方式智取郑军。康熙十八年（1679年），在漳州设置“修来馆”，以高官厚禄招降郑经部属，先后有陈士恺、郑奇烈、朱天贵等名将携所属官兵近五万人投诚，可谓成效显著。
• 壮大水师
清朝初年，朝廷没有强大水师，对于盘踞海岛的郑军久无良策。姚启圣担任福建总督期间奏请朝廷委派重臣专职水师提督， 重视水师事务。康熙于是调拨万人从江浙选战船百余艘，从湖广拨发新式西洋火炮，大为增强福建水师的力量。
• 恢复经济
姚启圣收复金厦后，上书恳请诸岛终止移民，最大限度恢复因连年征战、清廷“迁界禁海”政策而遭受严重破坏的地方经济，保护了百姓的利益。
• 荐举贤良
人物评价
陶元藻：“迨台湾之乱，冲锋陷阵，虽施琅功，然运筹帷幄，决胜千里，应时以输军饷，重犒以收士心，俾琅用兵多寡，出师缓急，靡不如意者，皆少保（即姚启圣）之力也。刘国轩败，澎湖凯旋，琅于海道奏捷，七日而抵京师，少保遣飞骑由内地驰报，迟琅二日，琅已先封靖海侯矣！”
郑观应：“国初海寇内犯，而姚启圣、施琅、蓝理、李之芳之将才出；三藩同叛，而岳乐，穆占、赵良栋、梁化凤、王进宝之将才出；准噶内闯，而超勇亲王策凌之将才出；四部犂庭，而兆惠、明瑞之将才出；金种捣穴，而阿萨、海兰察之将才出；川楚征剿，而额勒登保、德楞泰、杨遇春、杨芳之将才出；发，捻等逆纵横扰乱，而向、张、江、塔、罗、李诸帅之将才出。”
萧一山：“张勇、赵良栋、王进宝、孙思克奋于陕；蔡毓荣、徐治都、万正色奋于楚；杨捷、施琅、姚启圣、吴兴祚奋于闽；李之芳奋于浙；傅宏烈奋于粤；群策群力，敌忾同仇。”
《简明清史》：“施琅与姚启圣，在收复台湾战役中各有功绩。尽管最后率军攻入台湾的是施琅，但若没有姚启圣前期的准备与铺垫，施琅不会轻易取得这场胜利。康熙皇帝本人及清朝史书多将平台之功归于施琅一人，皆因施琅攻取台湾后，抢先姚启圣数日奏报朝廷，得以进封靖海侯。而实际劳苦功高的姚启圣，却一无所获，返还福州。即在病痛中，郁郁而终。”
《清史稿》：台湾平，（施）琅专其功。然（姚）启圣、（吴）兴祚经营规划，勘定诸郡县。及金、厦既下，郑氏仅有台澎，遂聚而歼。先事之劳，何可泯也。
个人作品
《忧畏轩遗集》
亲属成员
夫人：何氏，力大可举石臼，姚启圣赞叹称奇而娶何氏。
长子：姚仪，随父从军任职，力大可开强弓，能于百步之外射穿木札。
妹夫：黄锡衮，清康熙年间东阁大学士（宰相），掌管兵部事。水师提督施琅是黄锡衮之妹夫，在收复台湾一役中，三人以姻亲关系并肩作战。
后世纪念
纪念碑亭
清朝名臣姚启圣安葬于浙江绍兴柯桥区漓渚的一处山岙。2015年漓渚镇对姚启圣墓进行了修复，建起纪念亭和墓碑。姚启圣纪念亭用石料砌成，古朴而庄重。墓碑有一人高左右，正面刻着“姚公启圣之墓”六个大字，遒劲有力。墓碑的背面刻着姚启圣的生平事迹。
神道碑
太子少保兵部尚书兼都察院右都御史总督福建世袭轻车都尉会稽姚公神道第二碑铭：
康熙二十二年六月，闽督姚公用密计授水师提督施烺下台湾，七日破之，诏封烺为靖海侯，而公自陈无功，故赏亦不及。是年十有一月。公疽发背薨，归葬于越。呜呼！蒍子冯为楚画平舒之策，及其身后屈建成之，而曰先大夫蒍子之功也，归封邑于其子。羊叔画平吴之策于晋，及其身后杜预、王浚成之，而武帝曰是羊太傅之功也。唐裴晋公之平淮，则李凉公不免有惭德矣，然凉公之有憾于碑，非敢以揜晋公也，特欲轩之颜允古通之上耳，且所争亦不过在文字，而酬庸之典则自晋公而下，颜允古通固无不及也。今公以航海数千里之提封，滨海数百城之巨患，三世不宾之馀孽，累年筹运，一旦而廓清之，又并非蒍、羊二公不及其身者之比，而彤弓信圭移之别将，溘然长逝，并不蒙秬鬯黄肠之泽，虽在劳臣报国岂敢有言，而彼偃然开五等之封者，吾不知其何以自安矣！
姚公故居
姚启圣故居，位于浙江绍兴市区龙山后街6号，现称姚家台门。台门坐北朝南，门厅及主轴线上所有建筑均已无，仅余基石。门厅西侧存朝东石门框，主轴两侧房屋尚有存留。现为绍兴市级文物保护单位。
影视形象
2001年电视剧《康熙王朝》中，苏廷石饰演姚启圣
2003年电视剧《施琅大将军》中，王虎城饰演姚启圣
2017年电视剧《于成龙》中，张山饰演姚启圣